同年，大學士孫承宗入京朝見明熹宗，受到閹黨的攻訐，孫承宗隻好"杜門求罷"，並於次年辭職。
就這樣，經過魏忠賢的不斷打壓，東林黨人基本上算是失去了參與朝政的權力。
3.東林黨與閹黨鬥爭的終結
東林黨雖然在朝廷上難以對魏忠賢再構成較大的威脅，但他並未因此而罷手。
天啟五年（公元1625年），魏忠賢汙蔑楊漣、左光鬥等人在"封疆案"中接受了熊廷弼的賄賂，接著便以皇帝的名義，下旨將東林黨人楊漣、左光鬥、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章（時稱六君子）等人逮捕，還將受牽連的趙南星等十五人削籍為民，提問追"贓"。"六君子"在受盡閹黨的酷刑後，慘死在獄中。
同年，在閹黨的操縱下，朝廷下詔毀全國書院，京城的首善書院以及無錫的東林書院首當其衝，這樣就剝奪了東林黨人講學的權利。
天啟六年（公元1626年），閹黨再次製造屠殺東林黨人的大冤獄。魏忠賢對已經被罷官回家的高攀龍、周順昌、繆昌期、李應升、周宗建、黃尊素、周起元等七人（史稱後七君子），汙蔑他們貪贓受賄，然後加以逮捕。高攀龍投湖自盡，其他六人在獄中備受酷刑而死。
據統計，從天啟四年十月至天啟七年八月，十多個東林黨人被殺死在獄中，十幾人被發配充軍，其他革職降級的更是不可勝數。至此，東林黨人遭到了毀滅性的打擊。
在打擊東林黨的同時，魏忠賢讓一些非東林黨人填補了東林黨人留下的空缺，一批曾經被東林黨人打壓過的官員紛紛官複原職，閹黨因此更加肆無忌憚地專權作惡。
天啟七年（公元1627年），明熹宗病死，他的弟弟朱由檢繼承皇位（改元崇禎），政局發生了變化。崇禎皇帝決心把最高權力掌握在自己的手裏，一些朝臣也了解到新皇帝對閹黨沒有好感，於是上疏彈劾。
最終，崇禎帝將魏忠賢革職，發配到安徽鳳陽。魏忠賢在途中畏罪自殺後，又被處以戮屍，懸首示眾。客氏同樣也被處死，閹黨的其他重要人物也分別受到了處治。
崇禎元年（公元1628年），朝廷下詔為受迫害致死的東林黨人平反昭雪，仍然健在的劉一燝官複原職，韓爐回到朝廷仍擔任首輔，朝廷還起用了韓爐的門生袁崇煥為兵部尚書，督師薊、遼地區。
崇禎二年，朝廷公布了"欽定逆案"，除了魏忠賢和客氏二人以外，依附於魏忠賢的閹黨成員分別被加以斬首、充軍、徒刑、革職等處罰。
然而，閹黨的勢力並沒有就此被徹底鏟除，東林黨同他們的鬥爭一直持續到明朝滅亡。