但是，這種不同不是相互排斥的。因而，並不能單用它來解釋：為什麼光複會沒有像華興會那樣，在同盟會成立後它的成員幾乎都加入了同盟會，作為一個組織已不再存在。
造成這種狀況的重要原因是：同盟會成立時，光複會和華興會的具體處境不同。那時，華興會因策劃長沙起義失敗，組織遭受破壞，它的主要成員黃興、宋教仁、劉揆一、陳天華等都逃亡日本。1905年7月，孫中山從歐洲回到日本發起成立同盟會時，首先聯絡的對象就是他們。7月29日，黃興和宋、劉、陳等共同商議是否參加同盟會的問題。會上意見並不一致，“遂以個人自由一言了結而罷”。但次日同盟會召開第一次會議時，黃興、宋教仁、陳天華都當場填寫誓書，參加了同盟會；以後，劉揆一等也參加了。原華興會會員雖然也有很少數不參加同盟會的，如章士釗，但已無關大局。這以後，華興會的組織也不再存在。馮自由說：“黃等對總理備致傾慕，並願率領華興會全體會員與總理合組新革命團體，總理深表讚同。”這個說法，大體上是符合事實的。
光複會的情況就不同了。它原來的活動範圍主要在國內的浙江、安徽、上海等地。華興會起義計劃敗露時，它雖受到一些影響，但組織並沒有遭到破壞，主要成員仍留居國內，未曾逃亡海外。當同盟會在東京成立時，光複會會員參加者極少。它的重要領袖蔡元培、徐錫麟、陶成章等都沒有與聞其事。同盟會第一次會議出席者有七十多人。遍查與會者名單，光複會會員隻找到蔣尊簋一人，而蔣同光複會的關係實在又是很疏遠的。從這些情況來看，自然很難說同盟會的成立是由興中會、華興會、光複會三個組織聯合而成的。
還有一種流行的說法，也是馮自由最先提出來的。他說：光複會會長蔡元培“於同盟會成立之初，已由本部指定為上海分部創辦員，因是光複會員泰半入同盟會籍”。查對一下曆史事實，說得也不對。蔡元培確實參加了同盟會，但時間已在1905年的10月27日（乙巳年九月二十九日），是由曾任愛國學社軍事教員的同盟會會員何海樵由日本到上海後秘密介紹他參加的。接著，他擔任了同盟會上海分會的會長。但由他主盟加入同盟會的共11人（李衡、倪時渡、鄧恢宇、梁鏊、陳家鼎、謝寅傑、唐支廈、林貞幹、張天宋、唐公哲、王邦吉。前兩人是安徽人，後9人是湖南人），其中沒有發現一個是光複會的會員。蔡元培雖然是光複會的會長，但他“聞望素隆，而短於策略，又好學，不耐人事煩擾，故經營數月，會務無大進展”。這時，徐錫麟等在紹興創辦大通學堂，“及既成立，而浙江革命之大本營遂由溫台處會館而移於大通學校，即光複會本部之事權亦已由上海而移於紹興焉”。蔡元培的參加同盟會，對光複會並沒有發生太大的影響。
實際情況是：同盟會成立之初，主要在東京留學生、海外其他各地以及華南幾省積極開展革命鬥爭；“然是時浙江內地多不知有同盟會事，仍其舊名為光複會”，繼續在浙江、安徽等地從事活動。國內的革命力量這時還很小，可以活動的餘地實在太大了。兩個組織盡可以平行地各自開展工作，相互並不排斥，一時也沒有發生誰服從誰的問題。
在光複會方麵，這時的靈魂是徐錫麟和陶成章兩人。最初，陶成章、龔寶銓同金華、衢州、嚴州、處州等地會黨有聯絡，而徐錫麟則同紹興府屬的嵊縣王金發等所率會黨有聯絡。蔡元培《自編年譜》說：“此兩派各不相謀，而陶、徐兩君均與我相識。我就約二君到愛國女學，商聯絡的方法。浙東兩派的革命黨由此合作，後來遂成立光複會。”開始時，陶成章在光複會的實際活動中居於最重要的地位。“但他度量欠廣，對待會友不能像徐烈士那樣親如手足，因而威望亦不及徐烈士”。於是，光複會的重心就逐漸轉移到徐錫麟身上，“他當時奔走於紹興府屬和鄰近的其他府屬各縣，積極進行聯係黨會的工作，很少離紹他往。因此，上海和其他各處的革命黨人，都來紹興同他聯係。於是紹興便成為會友集中之地了”。
當時，作為光複會活動中心的是紹興大通學堂。這所學堂是1905年9月23日由徐錫麟開辦的。不久，陶成章、龔寶銓等因嘉興溫台處會館不能維持，也來到紹興，並奔走金華、處州兩府，“遍招各處會黨頭目，入紹興大通學校練習兵操。授與名片以為記號，給與川資以資其行”。據陶成章說：“凡本學堂卒業者，即受本學校辦事人之節製，本學校學生，鹹為光複會會友。於是大通學校為草澤英雄聚會之淵藪矣。”
可是，徐錫麟也好，陶成章也好，共同的特點是：過於相信個人的力量，看重個人的活動，而輕視組織的作用。用陶成章自己的話來說：“蓋浙人素多個人性質，少團體性質；其行事也，喜獨不喜群，既不問人，亦願人之不彼問。”他這段話其實說得並不準確。“喜獨不喜群”，自然不是浙人獨有的性質，而是當時許多資產階級革命黨人不同程度地存在的共同性質。而它在徐錫麟和陶成章身上，表現得尤為突出。
就在大通學堂創辦前後，他們心中已另有一套個人的行動計劃：“捐官去日本學陸軍，以便回國後可以做官，掌握兵權，實行革命。”陶成章出發招集浙東各地會黨頭目入大通學堂時，“因為有捐官習陸軍事在心，急欲還紹興”，隻聯絡了紹興、金華、處州三府，對衢州、嚴州、溫州、台州四府的會黨都沒有來得及聯係。不久，在許仲清的資助下，徐錫麟捐得道員，陶成章捐得知府，龔寶銓捐得同知。便拋開大通學堂，把發展光複會組織的事放在一邊，在這年冬天前往日本。