軍國民教育會成立不久，決定著手進行實際的革命工作，推舉得力會員回國，分別到各省活動。黃興、陳天華、楊篤生等人受該會派遣，擔負兩湖、南京等地運動之責。黃、楊先後於是年夏季歸國，陳則於是年底回到湖南。此後，進入了華興會實際創建的階段。
1903年5月底黃興離日歸國前，和劉揆一相約三月後會於長沙，以借助劉和會黨首領馬福益的關係，聯絡湖南哥老會，欲結成一大團體。黃興回到上海時，正值“《蘇報》案”發生，又聯絡了兩湖書院的老同學、名噪一時的《蘇報》主筆章士釗，並相偕在泰興、南京、上海等地聯絡同誌，為計劃中的革命團體籌措經費。抵達湖北時，黃興又結識了武昌文普通學堂湘籍進步學生宋教仁，並相約歸湘活動。黃興回到長沙後，任教於明德學堂第一期速成師範班。這個期間，他在課堂內外“時向學生灌輸革命學說”，又物色了進步學生胡瑛等人。至此，為稍後成立華興會的重要發起人大抵都已先後聯係起來了。
當時，湖南學堂之多，學生之眾，實冠於各省。據時任長沙關稅務司的美國人夏立士調查，1904年，長沙城中有：“高等學堂十六所，共計學生九百七十五名，教習八十七員，日本教員四位；中學堂七所，學生四百二十五名，教習四十員；小學堂八所，學生四百零七名，教習四十員；武備學堂二處，學生二百二十名，教習十四員；又半日學堂二十四處，學生九百六十名，教習四十八員；此外並有多處民立學堂，不及詳載。”照此推算，華興會成立前後，長沙城中已有各類各種學校57所，教員二百餘人，學生近三千人，如果加上未統計在內的一些其他民辦的私立學校，這幾個數字就更大。長沙城中這些學堂，大都由留日歸國學生所主辦或充任教員。如明德學堂，胡元倓為監督，黃興、張繼、蘇玄瑛、秦航鎏、沈瓞民等一大批留學生執教其中，隱為湖南革命運動的大本營；高等學堂，周震鱗主持教務，朱子淘、周震勳等人執教其中；民立第一中學堂，柳聘農為監督，彭淵恂、柳剛（濟貞）等人執教其中；實業學堂，翁鞏為監督，張雄夫等人執教其中。這些教員，大都具有反清革命思想，通過他們的宣傳，學生也頗多傾向革命。無怪乎王先謙當日驚呼，長沙城中“邪說朋興，排滿革命之談充塞庠序”。正是在這種聯係組織和宣傳教育的基礎上，黃興於1903年11月4日（舊曆九月十六日）在長沙（西區）保甲局巷彭淵恂家，聚集十餘名具有革命思想的知識分子舉行秘密會議。會上，決定建立反清革命團體華興會，並公舉黃興為會長。為了避免清政府的注意，又便於開展會務工作，對外采用“華興公司”的名義，以半公開的形式出現。這次集會，可以說是華興會的一次籌備會。
關於此次與會者究竟有哪些人，當事人的回憶頗有分歧，至今仍言人人殊，聚論紛紜。以筆者所考，當以章士釗解放前後一貫堅持的“首事者十二人”之說較為可靠。1946年，章士釗在所撰《劉霖生先生七十壽序》中雲：“吾識先生在光緒癸卯、甲辰間。時克強先生創辦華興會，首事者十二人，先生與吾皆在其列。領其事者雖為克強，而會中一切之計，則先生獨屍之。”1962年，章士釗在《與黃克強相交始末》一文中，仍持前說，並開列了一個參與當日聚會的9人名單。他說：“華興會開第一次會議於長沙，地點在彭淵恂宅，到會者共十二人。十人湘籍，餘二人為侯官翁鞏、無錫秦毓鎏。湘籍十人，除克強與吾及彭淵恂外，劉揆一、胡瑛、柳大任叔侄鹹在。”隻是，他的回憶，把這次聚會的時間誤作“癸卯七、八月間”，與前說有異，且與會者也沒有舉全。後來，章士釗在《書甲辰三暗殺案》一文中，補舉了“徐佛蘇”，並注明為“長沙華興會發起十二人之一”。據此，華興會首事者12人，已有10人可稽。另外湘籍二人，當為周震鱗與宋教仁。周震鱗是黃興在兩湖書院讀書時的同學好友，時在長沙高等學堂主持教務，華興會經費多由其經手，宋教仁則是癸卯年八月離鄂返湘，參與了籌組華興會的活動。至於周震鱗、黃一歐等人的回憶中說參與此次聚會的有二十餘人，除上述人員外，尚有譚人鳳、張繼、蘇曼殊、吳祿貞、陳天華等人，近人已多持疑義，不足為信史，本文不再贅述。
到了1904年2月15日，華興會在更廣泛的基礎上，正式召開成立大會。先後入會的兩湖革命知識分子有四五百人，還有個別經營民族工業的資本家參加。
華興會成立後，會員分布省內外，多就地設立秘密機關，因而其組織係統是比較龐大的。不僅湘鄂聯成一氣，而且沿江各省乃至國外，也有其會員所發展的組織。就目前所知，華興會的派出機關或分支機構，有以下幾個方麵：
（1）華興公司。華興會第一次會議後不久成立（約1903年冬），設在長沙南門外。該公司以興辦礦業為名，形式上訂有章程，招股100萬元，實際上是華興會對外公開聯絡的總機關。凡入會者均稱“入股”，“股票”即會員證。凡屬會中重要同誌，都給以股東名義，以便參與革命機密。特別以“同心撲滿，當麵算清”為口號，隱喻“撲滅滿清”之意。
（2）長沙日知會。1904年春，由長沙聖公會牧師黃吉亭發起成立，地址在長沙吉祥巷聖公會內。自義和團運動失敗後，清政府顧忌幹涉教會活動，革命黨人就利用教會，藉以掩護革命活動。黃興早在歸國留滬期間，就曾在上海聖彼得堂活動過；回到長沙後，他持上海聖彼得堂會長吳國光的介紹書記名入聖公會。在華興公司沒有建立以前，華興會幹部曾假聖公會開過幾次重要的秘密會議，並寄存重要文件。“日知會”成立後，華興會的一些重要骨幹，如黃興、劉揆一、宋教仁、陳天華、禹之謨、胡瑛、易本羲、曹亞伯等皆記名為會員。長沙日知會是華興會的一個重要機構和活動場所。甲辰長沙起義事泄失敗，黃興曾避匿該處，並在黃吉亭會長的掩護下，由曹亞伯、張繼二人護送脫險。