這時候，孫中山已經是一個在資產階級教育下成長起來的資產階級知識分子。他所抱的理想，純然是西方資產階級早年反抗封建主義束縛時的那種理想。他已不同於洪秀全等那一批農民革命的英雄們。也不同於康有為等那一批希望走改良主義道路的地主階級知識分子。這正顯示他是一種新興的社會力量的代表者。但是，也要看到孫中山當時直接提出的，還隻是一種資產階級的地方自治的思想，這種思想在封建社會裏自然是有著叛逆性的，可是並沒有帶著鮮明的革命性。這也說明：這種新興的社會力量當時在政治上還是遠不成熟的。
第三階段，1885年至1894年，這是孫中山革命思想逐步形成的時期。
中法戰爭爆發時，孫中山正在香港皇仁學院讀書。當時，中國人民的民族意識正在日益高漲。廣東人民的反教會鬥爭與香港、新加坡等地中國工人群眾為反對法國侵略者所舉行的罷工運動，都給了孫中山以刺激。而當中國軍隊在諒山獲得大勝時，李鴻章卻在天津簽訂了賣國條約，這更充分暴露了清朝政府的賣國和腐敗。孫中山這時正在不受清政府控製下的香港，對某些事件的真相看得更加分明，這樣就給了他極大的刺激。孫中山自己後來回憶道：“予自乙酉中法戰敗之年，始決覆清廷創建民國之誌。由是以學堂為鼓吹之地，借醫術為入世之媒。”當時，他進入了廣州博濟醫學校學習。入校後就結識了三合會會員鄭士良等，天天高談革命。1887年，孫中山又轉入香港雅麗氏醫學校學習。“數年之間，每於學課餘暇，皆致力於革命之鼓吹，常往來於香港、澳門之間，大放厥詞，無所忌諱。時聞而附合者，在香港隻陳少白、尤少紈、楊鶴齡三人，而上海歸客則陸皓東而已”。孫、陳、尤、楊四人並自稱為“清廷之四大寇”。這時候，應該說孫中山的革命思想已經初步形成，但是，當時他們所從事的還隻是談論革命，而並沒有實際地從事革命。而談論革命與從事革命兩者之間還是有距離的。當一個人還沒有在實踐中投身於革命，他們的革命言論的調子無論唱得怎樣高，終究還不能認定他已經是一個堅定的革命者了。陳少白就指出過：“實則縱談之四大寇，固非盡從事於真正之革命也。而乙未年廣州之役，楊與尤皆不與焉。”孫中山自己也承認，這個時期還隻是他的“革命言論之時代”。我們如果不認識這一點，那麼，我們對1895年孫中山為什麼會上書李鴻章就會感到不可理解。
正當孫中山在那裏高談革命時，當時所謂“新學”派的思想界中，占著絕對優勢的是改良主義的思潮。在孫中山周圍，也有著不少的改良主義者常常給他以影響，其中最重要的是何啟（他是孫中山求學的雅麗氏醫學校的創辦人和教師）和鄭觀應（他是孫中山的同鄉，當孫中山在雅麗氏醫學校求學時就曾同他通信討論過改革時政的意見，鄭觀應所著的《盛世危言》中也收錄過孫中山當時發表在報紙上的文章）。孫中山同他們往來，自然會受到一些影響。因此，他一方麵竭力鼓吹革命，也開始準備著手從事革命工作（這是基本的方麵）；但另一方麵，思想上還有一些搖擺，還想嚐試一下，通過清朝政府實行自上而下的改革，這條道路是不是還有可能行得通？正是在這種的矛盾心情下，發生了孫中山上書李鴻章的事情。
孫中山的上書李鴻章，不是一個突然的偶發舉動，而是經過很長時間的醞釀的。這個上書的腹稿，早在他肄業雅麗氏醫學校時就已擬就。1890年，他在上鄭藻如書中，已經提出了同以後上李鴻章書基本一致的思想。1894年，他在上書李鴻章前，又拋開醫生和藥房的業務，回到翠亨村閉門十餘天寫成。寫成後，和同鄉陸皓東一起到上海，找鄭觀應托他想方法介紹自己會見李鴻章。在鄭觀應處孫中山又遇到了一個著名的改良主義者王韜，王韜替他將文章重新加以修正，並且寫信將他介紹給李鴻章的幕友羅豐祿、徐秋畦等，想通過他們去見李鴻章。“孫先生快樂極了，就到天津去見老夫子”。
孫中山在這次上書裏，向李鴻章提出了一個在中國解除封建主義對民間工商業發展的束縛、全麵實現國家工業化和農業機械化、並根本改革教育製度和選拔人才製度的理想藍圖。用他自己的話來說，也就是要做到“人能盡其材，地能盡其利，物能盡其用，貨能暢其流”。這個主張，在當時的曆史條件下，是有進步意義的理想。但在半殖民地半封建社會裏，企圖依靠封建統治者自上而下地來實現這些主張，自然是根本不能實現的幻想。可是，孫中山在當時確確實實還是多少地存有這種幻想的。他在上李鴻章書中要求李鴻章“玉成其誌”，“陶冶而收用之”。孫中山當時最親密的朋友陳少白曾提到孫中山在這以前說過“將來有機會的時候，預備怎樣造反”，但他也隻是將造反放在“將來”，並且是“有機會的時候”，說明他當時還沒有從事革命行動的直接打算。而接著，陳少白對孫中山上書李鴻章時的心情作了十分明白的描述：“孫先生所以要上李鴻章書，就因為李鴻章在當時稱為識時務的大員，如果能夠有他的話，辦起來也未嚐不可挽救當時的中國。”陳錫祺先生在《同盟會成立前的孫中山》一書中，過分地強調了他在以前說到過的“造反”兩字，忽略了他所講的是“將來有機會的時候”，更忽略了或者是回避了我們後麵所引的一段話，這樣就使陳錫祺先生在敘述這個帶關鍵性的問題時，論點上就產生了模糊。
李鴻章對孫中山的上書態度極為冷淡。那時，中日戰爭正在進行，李鴻章在蘆台督師，得到他的上書，隻是隨便地說了一句：“打仗完了以後再見吧！”孫中山“聽了這句話，知道沒有辦法，悶悶不樂的回到上海，……所有的希望完全成為泡影。所以到了這時候，孫先生的誌向益發堅決，在檀香山就積極籌備興中會，找人入會，一定要反抗滿洲政府”。
這次上書的失敗，對孫中山是一件極為重要的好事。李鴻章在這裏當了一個出色的反麵教員，給孫中山上了一課。使孫中山通過自己親身的實踐，破除了過去在實行自上而下的改革方麵存在的一些幻想，認清了改良主義的道路是走不通的，更加堅定了革命的意誌。從此，孫中山就頭也不回地作為中國民主革命派的鮮明的旗幟，立即開始了他的革命活動。