清末商會的活動內容非常廣泛，包括聯絡工商，調查商情；興商學；受理商事糾紛；舉辦物產會、協讚會和勸業會；以及衛生、慈善和社會公益事業等等。在政治方麵，商會曾發起並領導了1905年的抵製美貨運動，參加了收回利權運動和國會請願運動，在辛亥革命當中的表現也十分活躍。可以說，商會是直接和全麵反映商人意願的一個社會團體。有關具體情況許多論者已進行了論述，故本文不再贅述。
另一個引人注目的商人組織是商團。清末之有商團，濫觴於1905年上海成立的體育會。抵製美貨運動不久，上海商人以“民智閉塞，國勢孱弱，非振作尚武精神，無以資自衛而謀富強”，首先在五個行業成立了體育會。1907年，體育會逐漸增多，聯合組成臨時商團，接著成立南市商團聯合會。到1911年春，上海商團成員人數已達數千人，擁有數量可觀的槍支彈藥。1906年，蘇州商人為“講求體育，力矯柔弱，以振起國民尚武之精神，而結成商界完全之團體”，也稟準成立了蘇商體育會。體育會成員初習體操，不久同時練兵操，購得部分槍支彈藥。1911年體育會改組為商團公會，當時擁有四個支部，共628人，“平時各營本業，有警則戎服巡邏”。及至辛亥革命前，無錫、杭州、寧波、武漢、重慶、安徽、江西等地的商人，也都相繼建立了類似商團的組織。
從上海、蘇州等地商團的情況看，其成員主要是商人及其子弟。例如蘇商體育會“入會者不限於商”，但均“無乖乎商人之名義”，因而“係商界同人以及有誌保護商業者組織而成”。其領導人也都是當地聲望素孚的商董。蘇南體育會第一、三兩屆會長洪玉麟是順康錢莊經理，第一屆副會長、第二屆會長倪開鼎是倪源源珠寶店經理，第二、三兩屆副會長鄒宗淇是永裕紗緞莊經理。就其性質而言，雖非職業武裝，但擁有槍支彈藥，配備了專門的服裝及其他一些裝備，可以說是一個由商人組成並領導的準軍事組織。商人擁有自己的武裝，自古在中國無此先例。它的誕生大大擴充了清末商人的勢力。
清末出現的許多新式文化教育類社會團體，有些也係由商人組織和控製。商人之所以熱心於發展文化教育事業，是因為他們認識到實業興盛與教育發達有著密切關係。“開辦商會，當調查內外流通貨物，極力改良，方足以戰勝商場。然商智不開，則彼此隔閡，是商又藉資於學，故學為商之用”，“時至今日，所謂商戰世界，實即學戰世界”。基於此種認識，並以經濟實力作為後盾，商人開始以前所未有的積極姿態，活躍於文化教育領域，在一些教育會、研究會、商學會中，起主導作用的有不少都是商董。
例如上海教育研究會，即是以米業公所董事姚文枬等人於1905年發起成立的。1905年至1906年間，蘇州商人也呈請設立了學務公所這一民間辦學組織，強調應大力發展“民學”，“以本籍人辦本籍事，於地方風氣有息息相關之隱，凡財政預算、教育之賢否、學生之性質、家庭之習慣，知之也深，故其措之也當”。學務公所成立後，總理由商會會董彭福孫兼任，協理吳本善也是當地著名紳商。次年，清政府飭令設立官辦學務公所，原商辦學務公所改為學務總彙處，受官辦公所管轄，失去商辦性質。到1907年，蘇州商人又創設教育會，以“注重義務教育，提倡實業，預備地方自治，聯合全郡學界，支配經理學款處公款，擴充學務公款”為宗旨。杭州的商學公會，也“係同誌眾商集合而成”。“意在研究商學，交換智識，以冀商業之發達”。具體活動為“研究商學商法”，“編輯商務雜誌”，“延聘講習人員”，“聯絡各處商會”等。由上可知，清末商人組織的文化教育類社團，既有側重於研究商學商法，也有致力於興盛整個近代教育，而其最終目的，則都是為了推動實業發展。
隨著商人自治自立和參政意識的增長，許多地區的商人還成立了從事地方自治活動的社團組織。1904年秋冬，東三省紳商即開始籌議地方自治，成立了保衛公所，規定“地方一切新政及尋常詞訟，兩造情願由公所公斷者，則概由公所董事秉公辦結，地方官亦不得過問”。1905年，上海紳商李平書、郭懷珠、姚文枬等人“惕於外權日張，主權浸落”。“道路不治，溝渠漬淤”，集議創辦總工程局管理市政。總工程局設有議事會和參事會，下分戶政、警政、工政三科，另設裁判所、平糶局、平價處、政法講習所等機構。其從事的活動有招商成立電燈有限公司、添辟城門馬路、創辦自來水公司等等，為近代上海的都市化作出了較大貢獻。1909年總工程局改為上海城廂內外自治公所，仍由商人控製，活動範圍進一步擴大，是當時機L構相當完備的商人自治組織。
1907年，廣東商人為了“組織力量，按步實現其拓財貨，擴商權，進而參與新政，興商富國之偉願”，也成立了自治組織——粵海自治會。
清末蘇州名為市民公社的商人自治團體另具一番特色，各市民公社均以街道為行政區劃，由本街區的商人主持創辦，“以聯合團體，互相保衛，專辦本街公益之事為宗旨”。社內設有評議部、幹事部、經濟（或稱會計）部、庶務部、文牘部、消防部等下屬機構，由正、副幹事和評議員管理日常事務。起初，市民公社的活動一般隻限於公共衛生和消防事業，即清潔街道、鑿井、通溝、添置路燈及聯合救火、研究消防等事宜。後來逐步擴充到教育、慈善、交通、金融、稅務等各個方麵，“凡自治範圍以內所當為者，而公社中人皆力為之”。其良謨宏願是以此作為“獨立社會之起點”，“異日者，合無數小團體成一大團體，振興市麵，擴張權利，不惟增無量之幸福，更且助憲政之進行”。