賈繼春隨即上疏稱移宮案中楊漣與光鬥目無先皇，罪不容誅，並在閹黨授意下，將二人扯入當時的大案。這樣，楊漣、左光鬥都被定罪為“黨同伐異、招權納賄”，均追贓二萬兩。與他們一起被逮的有周朝瑞、魏大中、袁化中等4人，都被殘忍害死，史稱“六君子之獄”。之後，閹黨又製造了“七君子之獄”，把支持楊漣的周順昌等人用“欺君蔑旨”的借口逮捕入獄，嚴刑拷打至死。
閹黨還編造了《東林點將錄》、《東林黨人錄》，按圖索驥，企圖將東林黨人一網打盡。為使翻案一舉成功，確保查不出漏洞，閹黨還把《神宗實錄》、《光宗實錄》等都重新改寫，力圖做到天衣無縫。
血雨腥風之中，“三大案”的真相已經被掩蓋得麵目全非。
以上這些都為《三朝要典》的編纂準備了良好素材。天啟五年(1625年)底，魏忠賢認為編纂《三朝要典》的條件已經成熟。他假托皇帝諭旨下令開工，諭旨中將楊漣、高攀龍、左光鬥等稱為奸人，“使天下萬世無所疑惑”。
經過數月辛勞，次年年初，《三朝要典》終於出爐。該書從萬曆四十三年(1615年)寫到天啟元年(1621年)，共28卷。內閣首輔顧秉謙代熹宗朱由校寫了“禦製序”，使該書完全一副欽定的派頭。
“三大案”的主要人物，在此前已經被定罪。《三朝要典》中又列出了許多從屬人物，都應逮獄治罪。不過，這一龐大的任務還沒完成，年僅23歲的天啟帝朱由校就駕崩了，由其18歲的弟弟朱由檢繼位，就是著名的崇禎帝。
崇禎目睹了魏忠賢一黨的胡作非為，即位之初，就以迅雷之勢處置了魏忠賢，並在即位僅3個月就一舉粉碎閹黨。不久，他又頒布了《欽定逆案》，將閹黨262人按罪行分為6等，依律處置。崇禎還對遭到閹黨打壓的大臣，一一平反，贈官撫恤，人心大快。
對於如何處置《三朝要典》，群臣的意見並不一致。按理，該書顛倒黑白，不實之詞充斥其中，應該將之銷毀或者是刪改。但因該書前有“禦製序”，表明該書是先帝欽定，如果銷毀，則是“失孝”，對先帝不敬。
東林黨人、翰林院侍讀倪元璐上疏稱《三朝要典》是魏忠賢指使人編輯的私書，應該銷毀。
崇禎讀過此疏，深有同感，決定銷毀此書，並降旨：“從今而後，官方不再從這本書中是非依據，使用人才也不再以這本書的定性為依據。”
至此，圍繞“三大案”的主要爭論已經基本結束。在南明小朝廷，還有人重拾“三大案”攻擊政敵，甚至擬再修《三朝要典》翻案。可以說，“三大案”被作為黨爭的題目，一直伴隨著明代走完了最後的年月，直到它徹底壽終正寢。
三案背後是宮廷權力的鬥爭，影響大，時間久，範圍廣。三案使明末黨爭火上澆油，對“三大案”的態度和立場成為辨別忠奸正邪的惟一標準，盡管這個標準在人為操縱下隨時更易，而且每次更易都造成不可避免的爭鬥。站在今天，反思“三大案”，我們不由不驚歎，“三大案”中一些東林黨人所表現出的血性和堅韌及展現出來的與奸邪鬥爭的凜然正氣和坦蕩胸懷，令人心向往之。
另一方麵，門戶之爭又使明朝的君臣們圍繞小事，爭論不休，睚眥必報，而置國家政局於不顧，牽製了本來就已經奄奄一息的明朝的不少精力，甚至影響到邊關戰局，加速了明朝的滅亡。