在這一階段中，兩報一刊發表了一係列批判文章。其中《人民日報》接連發表的批駁被“四人幫”誣蔑為三株大毒草的文章特別引人注目：6月30日中科院理論組的《要知鬆高潔，待到雪化時》，駁斥“四人幫”對《科學院彙報提綱》的誣陷。7月7日向群的《打著反複辟的旗號搞複辟》，駁斥“四人幫”對《論全黨全國各項工作的總綱》一文的批判。7月16日，國家計委大批判組的《一場篡黨奪權的反革命醜劇》，評“四人幫”對《關於加快工業發展的若幹問題》即“工業二十條”的批判。《解放軍報》還從5月12日到7月3日，連續發表了10篇評論員文章，提出了十個應該不應該。
在揭批過程中，1977年7月，中共中央召開了十屆三中全會，會議通過了《關於王洪文、張春橋、江青、姚文元反黨集團的決議》，對“四人幫”作出了組織處理。
中共十屆三中全會的另一個重大成果，就是恢複了鄧小平的工作。鄧小平再一次出山後，毛遂自薦主管科學和教育，使科教領域的揭批查運動開展得有聲有色。
1977年9月23日，中共中央下發“四人幫”反黨集團罪證材料之三，運動進入第三階段。材料之三揭露了“四人幫”歪曲和篡改馬列主義和毛澤東思想的罪行，運動向揭批“四人幫”的反革命理論的深層次發展。
在這一階段，廣大幹部群眾衝破“極右”實質的限製，揭批了“四人幫”種種極“左”表現，特別是理論界點名批判了張春橋的《論對資產階級的全麵專政》和姚文元的《論林彪皮黨集團的社會基礎》，衝破了禁區，打開了揭批鬥爭的新局麵。揭批鬥爭還衝破了揭批“四人幫”隻能揭批1974年以後罪行的禁區。首先衝破這個禁區的是鄧小平。1978年6月2日，他在全軍政治工作會議上提出：“要把‘四人幫’批深批透，非聯係批林彪不可。”
此外，還比較深入地揭批了“四人幫”的社會主義時期階級關係新變動論、老幹部變成走資派論、老工人變成既得利益者論、知識分子是臭老九論、全麵專政論、黑線專政論，初步分清了被他們搞亂的理論是非、思想是非和政策是非。
運動不斷向縱深發展，各條戰線都取得了一定的成績。
教育戰線推翻了“兩個估計”，肯定了社會主義時期的知識分子絕大多數已是工人階級的一部分。
1977年11月，人民日報社和教育部召開座談會，並發表了《教育戰線上的一場大爭論——批判四人幫炮製的“兩個估計”》，提出要敢於衝破禁區，勇於把被“四人幫”顛倒了的是非糾正過來。
1978年三四月間，中共中央和國務院召開全國科學大會和教育工作會議，鄧小平發表了講話，重申社會主義的知識分子絕大多數已是工人階級的一部分，糾正了長期以來黨內一部分人對待知識分子的左傾錯誤思想觀點，激發了廣大知識分子的積極性。
文藝戰線，1977年11月21日，人民日報社遨請部分文藝界人士座談，指出“文化大革命”前的十七年，革命文藝路線占主導地位，“文藝黑線專政”論應當推翻。1978年1月上旬，北京圖書館開放了一批“文化大革命”時的禁書。4月，文化部召開揭批“四人幫”的萬人大會，為受迫害的文藝工作者平反昭雪。5月27日至6月5日，中國文學藝術聯合會第三屆全國委員會第三次擴大會議，進一步批判了“文藝黑線專政”論，恢複了全國文聯和五個文藝協會。
經濟方麵，中共中央和國務院召開了農業、計劃、鐵路等一係列全國性的生產建設方麵的工作會議，大力揭批林彪、“四人幫”對經濟建設的破壞及罪行。1977年3月3日至16日召開的計劃會議，提出了十個要不要的問題：要不要堅持黨的基本路線？要不要堅持黨的領導？要不要全心全意依靠工人階級？要不要搞好生產？要不要規章製度？要不要社會主義積累？要不要實行各盡所能、按勞分配？要不要無產階級自己的專家？要不要引進新技術？要不要堅持計劃經濟？並進行討論。
經濟理論界批判了“四人幫”在商品經濟、按勞分配、生產力、按經濟規律辦事等方麵的錯誤觀點，澄清了是非。在揭批“四幫”的鬥爭中，國民經濟扭轉了“四人幫”破壞造成的停滯不前、甚至下降倒退的局麵，走上了穩步上升、健康發展的軌道。
在揭批“四人幫”的同時，對“四人幫”幫派體係也作了清査。
1977年8月，中共十一大的政治報告，明確了清査工作的領導和步驟。
但是，由於“四人幫”幫派勢力的幹擾，由於他們製造謠言，轉移鬥爭方向，說這場鬥爭是派與派之間的鬥爭，要警惕真“四人幫”揭批假“四人幫”；訂攻守同盟，表示不賣友求榮，不當投降派；散布“錯誤人人有份”，打擊陷害積極分子；安插第二套班子，明批暗保。一些犯了錯誤或嚴重錯誤的幹部群眾，有顧慮，捂蓋子，或避重就輕。清査工作遇到很大的阻力。為此，1978年1月13日，《人民日報》發表評論員文章《清査工作還要抓緊》，指出隻有把揭批査緊密結合起來，第三戰役才能更好地深人下去。