九月十二日，仙台醫專舉行了入學式。接著，緊張的學習生活就開始了。這所學校一個年度分為三個學期，第一學期共開設八門課程，每天上六節課，每節課一個小時，課間沒有休息。魯迅對這種“奔逸至迅，莫暇應接”的注入式教學法很不滿意。他在八月二十九日致友人蔣抑卮的信中說：“校中功課，隻求記憶，不需思索，修習未久，腦力頓錮。四年而後，恐如木偶人矣。”然而擔任解剖學課程的藤野嚴九郎教授卻給魯迅留下了終身難忘的印象。
藤野嚴九郎是一位不修邊幅的老師。他麵容黑瘦，八字須，戴眼鏡，講課時操著讀古文似的抑揚頓挫的音調——“解剖學者乃初學醫者片刻不能離之物也”，惹得有些同學笑出聲來。但是，這位老師毫無民族偏見，真心希望通過魯迅把新的醫學傳播到中國。他發現魯迅剛入學時好像日語不夠熟練，影響了聽課效果，便在課餘耐心進行輔導。那時仙台醫專沒有正式的教科書，因此，記好筆記是學習中很重要的一環。藤野先生每周都詳細批改魯迅的筆記，連一條血管移動了一點位置也給改正過來。有一次測驗骨骼係統時，他拿出一些人骨，問這是左手骨還是右手骨，其實那是腳脛骨。可見跟其他老師比較起來，他還很注意培養學生獨立思考的能力。在藤野先生的幫助下，第一學年結束時，魯迅在一百四十二名同學中考了第六十八名，而全班留級的卻有三十人。有同學懷疑魯迅取得中等成績是由於藤野先生泄露了試題，便找借口檢查魯迅的講義。學生會幹事向藤野先生了解情況。藤野先生回答說：“是嗎，謝謝，沒有那樣的事情。”
魯迅在仙台求學期間，正值日俄戰爭爆發。這是兩個封建軍事帝國為爭奪勢力範圍而進行的戰爭，中國領土成為它們角逐的主要戰場。當時，放演幻燈是日本戰時宣傳的一種手段。常用幻燈進行細菌教學的仙台醫專，也插空在課堂上放演一些日俄戰爭的幻燈片。有一次，魯迅在幻燈片上看到了他久違的同胞，其中一人因替俄軍做偵探而被日軍砍頭示眾，而圍著賞鑒這“示眾”盛舉的同胞卻流露出麻木的神情。講堂裏的日本學生拍掌歡呼起來，那刺耳的“萬歲”聲像利刃似的鉸割著魯迅的心，使他感到強烈的震動和巨大的痛楚。已經具有了比較堅實的民族民主主義思想的魯迅，由於“幻燈事件”的刺激，毅然決定中斷學醫，改用文藝為武器進行革命的啟蒙宣傳。他當時認為，治療人民的精神麻木症是比治療他們的疾病更為緊要的事情，因此他毫不猶豫地從振興中華的需要出發，重新選擇了自己的誌願和生活道路。他要拿起文藝的聽診器，去診察時代的脈搏、社會的病變；他要操起文藝的解剖刀，去戳穿敵人的癰疽，治愈人民的病瘼。對此，藤野先生為魯迅不能成為醫生而感到惋惜，他把自己的照片送給魯迅作為留念，並深情地在後麵寫道：“惜別。藤野謹呈周君。”
一九〇六年三月十五日，魯迅正式從仙台醫專退學。他告別了峰巒重疊的青葉山和流水清清的廣瀨川，從楓葉如丹的仙台回到櫻花爛漫的東京，開始了他的文藝活動。