現在的中國曆史教科書，一般將進入近代的時間點，定在1840年的鴉片戰爭。而西方較為普遍的觀點，則是明朝中後葉。當然，這兩種看法都是有道理的。前者，中國的大門被西方強行打開，中國從此逐漸被納入了西方資本主義的世界體係。後者，中國出現了較大規模的資本主義生產，在文化上開始與西方出現較大規模的交流。然而，作為製度變遷，中國關鍵性變化的發生卻沒有那麼早，如果要找一個變化的關節點的話，應該是1861年年初總理衙門的建立。
當然，變化從來不是一蹴而就的。按某些西方學者的說法，實際上在鴉片戰爭之前，中國自身已經在發生變化，某些敏感的士大夫，已經在就中國的政治和製度提出改革建議。經過了所謂康乾盛世的中國，由於人口激增，土地減少，統治機器鏽蝕，邊疆問題出現，雖說百足之蟲死而不僵，但內囊已經上來了。為了應付這種變化，最高統治者的態度出現了某種彈性的變化，而士大夫中間則出現了某種回應。對最高統治的批評聲音開始增多，更多的是士大夫對自身學風的反思，人們開始批評乾嘉不問世事的考據風氣，一方麵開始探求邊疆史地、鹽政、治河等實學，一方麵強調士大夫的責任感，由此長期被壓抑的今文經學和宋學開始複興。一些比較有責任感的封疆大吏，也在實際政務操作上，采取不同以往的舉措，開始政務變革的嚐試。鹽政和漕政的改革，在陶澍等地方大員推動下，開始嚐試。18世紀末的中國，出現了以前不能想象的某種政治氣象。雖然，跟整個國家的死氣沉沉相比，這種變革的聲音還顯得過於微細，但已經不能說，在外國人打上門來之前，中國人一點變化的跡象也沒有。正因為某些士大夫對中國自身變化有了足夠的敏感，所以，當英國東印度公司用鴉片代替白銀輸入中國，以抵消中國產品的出超時，中國很快就有人作出了反應。
當然，中國人自身的這種求變努力，從整體上看還顯得過於微弱，遠遠抵消不了滿清王朝在曆史慣性驅動下，滑向沒落的趨勢。人口在國家永不加賦政策和輸入的糧食品種刺激下激增，國家看到的隻是土地麵積相對減少，遊民人數增加所帶來的問題。麵對日益發達的遊民社會，已經鏽蝕的國家機器，沒有任何妥善的應對之術。工商業已經有了長足發展，某些發達地區的商品經濟含量已經超過50%，但國家既沒有相應的稅收機製來獲取這份越來越大的財源，也沒有調整相關的國策，鼓勵工商業的發展。讀書人大多數還依舊沉湎於八股製藝之中，本能地排斥任何有用的學問，即使最開明的士大夫，對於一個日新月異的西方世界，也沒有多少了解，人們對於西學的了解，甚至遠遜於明朝末年的程度。在這種情形下，如果沒有西方入侵的強烈刺激，人們大概很難真正睜開眼睛。事實上，即使鴉片戰爭這樣大的失敗，也並沒有真正讓中國人醒過來。《南京條約》簽訂以後，整個王朝雨過忘雷，除了極少數人思考過一些問題、試圖了解西方之外，所有人又回到了舊日的軌道。在通商的五個口岸，官吏們忙於暗中封堵洋人，試圖將已經殘破的大門重新補上，或者組織民眾抵製洋貨，或者施加壓力不許民眾接待外國傳教士。在看不見洋人的內地，政府靠增加攤派以彌補戰爭造成的財政窟窿，而官吏則像過去一樣，因循度日。
然而，清朝畢竟已經統治了200多年，跟所有傳統王朝一樣，到這個時候，製度和人事上的優勢就會逐漸喪失，而製度弊病卻會日益顯露，人口增加導致的社會壓力陡然加大，王朝開始進入末世，於是開始另一輪的盛衰興替的輪回。隻是，對於清朝來說，由於西方的介入，這種末世病發作得稍微早了一點。
第一節清朝政治格局的轉換
前麵談到過，清朝的政治格局一向有兩個特點：一是滿重漢輕，二是內重外輕。還在乾隆末年，這種格局所導致的清朝政府缺乏彈性，難以應付地方突發事件的弱點，已經在川、楚白蓮教起義中暴露無遺。隨著滿人整體政治素質的下降，這種政治格局的弱點就更加突出。為了應付局麵，在乾隆之後，為了利用漢人士大夫的力量，漢人官僚和士紳的地位已經有所提高，但從總體上看，清朝政治的這一格局，還沒能有根本性的扭轉。
根本性的轉機來自於清朝崩盤的威脅。1851年起源於廣西的太平天國農民起義，衝出廣西後以暴風驟雨之勢，席卷大半個中國。就當時而言，清朝政府崩潰的勢頭，比當年元朝政府還要來得快，如果不是起義農民領袖貪戀長江中下遊地區的繁華，起義軍內部又因爭權奪利而出現內訌，很可能在很短的時間內，滿人又會像當年的蒙古人一樣，被趕回關外。
當然，太平天國沒有全力北伐的失誤，給了清朝政府一點喘息的機會，也給了漢人士紳選擇的機會。本來，像這種王朝末世，地方上的士紳最關心的應該是自己家族和地方的利益，未見得會傾力效忠政府，加上太平天國以推翻異族統治相號召，理應對於漢族知識分子更有吸引力才是。可是，太平天國起義，恰是以西方基督教的某些思想因素，糅雜了中國鄉土意識拚湊成的拜上帝教為組織核心的。雖然在太平天國領導人洪秀全、楊秀清、馮雲山一千人頭腦裏，西方基督教的思想沒有多少，但他們創造的拜上帝教，卻以強烈的反傳統麵目出現，兵鋒所及，掃蕩著一切中國固有的雅俗文化，儒釋道概莫能外，至少從形式上，傳統的三教都受到了巨大衝擊。而且，在農民式的禁欲主義指導下，太平天國實行打破家庭，分男營女營的政策，對中國社會產生了顛覆性衝擊。從某種意義上說，確實有“鏟孔孟，覆倫常”的意味。雖然洪秀全等人事實上並不可能真的拋棄儒家倫理，甚至對倫理和禮教的講究比士大夫還要厲害，但他們起義的外在表現，卻的確對士大夫們賴以生存的意識和觀念造成了難以接受的衝擊。
對於中國士大夫而言，以儒家倫理為核心的文化是他們賴以存在的基石，雖然讀書人都稱皇帝為聖上，但實際上他們心目中的聖人隻有一個，那就是孔子，孔子的確是中國意識形態意義上的教主。而以男女為中心的社會倫理網絡，則是士大夫在農村社會生存的基本前提。如果以毀滅這兩個命根子為代價，換取對一個政治勢力的歸附，對士大夫來說無論如何都是不可能的，即使歸附，也是在武力脅迫下不得已的結果。這樣的話，就不難理解，為什麼曾國藩、胡林翼、左宗棠、李鴻章為代表一大批漢族士大夫，會毅然選擇全力幫助清朝政府。這些人（包括大批在野的士紳）的選擇，的確出於“衛道”的動機，不過更重要的是維護他們自己的命根子。在中國曆史上，沒有任何一場農民起義沒有士紳的參與而能成氣候的，太平天國當然也不例外。而盡管太平天國對讀書人很優待，甚至自己開科取士，但始終沒有什麼像樣的士大夫投身這個運動，少數幾個進去的也很快就退出了。
漢族士大夫對太平天國的抵製和反抗，救了奄奄一息的清朝政府的命，也徹底改變了清朝延續200多年的政治格局。當清朝的政府軍八旗和綠營根本不中用的時候，滿人的王朝不得不將撲滅太平天國的希望寄托在還比較有戰鬥力的湘淮軍頭上。湘淮軍實際上是曾、左、李這些漢人士大夫，為了自身命運，以及拯救清朝而建立的私人軍隊。這種私人軍隊從編製到訓練跟八旗和綠營都有本質的不同，而且還及時地引進了西方的兵器和組織因素，因此最終替清朝政府撲滅了以太平天國為代表的遍地農民起義烽火。在這滅火過程中，原來士大夫的實學和理學都派上了用場。
太平天國之後，一大群以軍功起家的漢族士大夫順理成章地變成了封疆大吏。他們跟以往的督撫不一樣，不僅自己手裏有隻聽自己招呼的軍隊，而且通過在戰爭中形成的厘金製度，收取大量厘金，壯大了地方財政的腰包。厘金是在鎮壓太平天國過程中形成的一種特殊商稅製度，據說是江南才子錢江的主意。所謂厘金就是對商品值百抽一，不僅施之行商，也施之坐商。厘金製度實行後，基本解決了像湘淮軍這種原來沒有國家編製的軍隊的開支問題。厘金製雖然是一種不好的商稅製度，但是，畢竟解決了傳統體製下長期沒有解決的建立商業征稅體製的問題。由於厘金沒有固定的稅額，不在戶部控製的範圍，所以成為地方督撫自己的財源。有兵有財之後，這些強勢的督撫，對管轄地方的官員也有了更多的支配權。各省的司道官員，完全變成了督撫的屬員，而府州縣官則更是在督撫的掌控之下。雖然不能隨意任命，但可以隨意彈劾。可以說，太平天國之後的督撫，在兵、財和人事幾方麵，都有了從前想都不敢想的權力，原來內重外輕的局麵倒了過來，變成了外重內輕。在曆史上，人們稱之為督撫專權的時代。
到19世紀70年代末，清朝政府的總收入，中央和地方總計為6000餘萬兩白銀，而厘金則達到1800萬兩，占30%左右。由此可見地方財政的分量。（［美］費正清編：《劍橋中國晚清史》，554頁，北京，中國社會科學出版社，1985。）
太平天國之後的局麵，清朝自己稱為“中興”，所謂的中興名臣們，也是專權的督撫。中興的最大標誌，是中國開始了“自強運動”，即所謂的洋務運動。洋務運動是一場地方導向的現代化運動。這些專權的督撫是運動的主導者。洋務運動的三部曲，軍事現代化、軍火工業現代化和工商業現代化，都是在曾、左、李為代表的地方督撫主持下進行的。在這些督撫控製的區域，一個個頗具規模的現代化企業破土而出，揭開了中國學習西方的第一篇章。雖然這些新興的事業一開始都是衙門化模式，全然沒有市場意識，而且也沒有像日本那樣，很快從官辦走向商辦，隻走到官督商辦的半途就停滯了，但畢竟是中國人自主接受西化的第一步，現代化成就雖然比起近鄰日本來不算好，但在整個世界範圍看，比較其他接受西化的民族和國度，還算不錯。督撫們大力推動洋務運動，固然有富國強兵的初衷，卻也不乏對自身權勢的考慮。實際上，誰興辦起洋務事業，誰就可以爭取到中央更多的財政支持，甚至截留關稅也不會受到懲罰。所興辦的事業在某種程度上也成了興辦者自己的事業，往往能夠極大地壯大自己的勢力。左宗棠之於福州船政和福建海軍，李鴻章之於北洋海軍都是如此。由於興辦洋務，督撫可以設置更多的機構，大大小小的各種局和處出現了，這些機構不在朝廷編製之內，機構的興廢，官員的添設，完全操縱在督撫手裏，地方督撫的行政權力因此得到了進一步擴張。
洋務事業極大地擴展了這些中興名臣的權力，在晚清的絕大多數時間裏，作為地方官員的督撫，對清朝的國防、外交等事務擁有很大的發言權，有時甚至主導相關政策的走向。最典型的莫過於李鴻章長期以直隸總督兼北洋大臣的身份，實際主管清朝的外交幾十年，以至於他基本上不駐保定的直隸總督府，而多在天津的北洋大臣府邸，也好就近操控。
第二節勇營製度和新式海軍
湘淮軍之所以能夠興起，最終打敗太平軍，其關鍵因素在於它們的製度優勢。事實上，若以數量計，太平天國的軍隊，在數量上比湘淮軍要多得多。1864年在天京（南京）城下太平軍和湘軍的一場決戰，太平軍多至百萬，而湘軍不過20多萬，然而結果卻是太平軍大敗。湘淮軍的編製，人稱勇營製度，這是一種借鑒明代戚繼光的戚家軍模式組建起來的新軍。這種軍隊雖然在形式上並不新，但由於引入了洋槍洋炮，淮軍還引進了洋操，也有很大的改變。而中國的現代海軍，是洋務運動的產物，是從武器裝備到訓練到編製規程都模仿西方的現代化軍隊，至少在製度上，已經看不出中國特色。
不過，需要特別指出的是，雖然舊的國家軍隊八旗和綠營已經不中用了，晚清大多數時間基本上是湘淮軍在維持，但舊製軍隊卻依然保留。所以，晚清的國家軍隊製度，實際上是一個雜亂的混合體。
1．勇營製度
勇營成軍的基本原則是“將必親選，兵必自募”。曾國藩在組織湘軍的時候，利用自己的門生網絡，在最偏僻的鄉村招募士兵。招兵原則跟戚繼光一樣，城市的市井之徒不要，兵痞不要，隻招那些老實巴交的農民，而且這些農民往往跟招募他們的人有鄉誼和親緣關係。他的門生招到多少人，則組成多少人的單位，夠一營則一營，夠一哨則一哨，誰招的兵則誰當長官。在當時，形成了一支人稱“書生帶鄉農”的軍隊。李鴻章的淮軍書生味要淡一些，但基本原則跟湘軍大體一致。這樣的軍隊每個單位的士兵隻認得長官一人，唯自己長官馬首是瞻，一旦長官戰死，則整個單位的編製取消。而每個單位的長官又隻服從他的直接長官，最後大家服從部隊首長一人。整個湘軍每個單位以親緣和地緣為紐帶，以長官為中心，榮辱與共，生死相關，因此凝聚力很強。這種軍隊，跟兵為國有、兵將不相知的八旗綠營有本質區別，實際上就是中國曆史上出現過多次的私兵體製。好一點的像宋朝的嶽家軍、韓家軍，明朝的戚家軍，不好的像唐朝的藩鎮。雖然有弊有利，但有一點是可以肯定的，就是在非常時期，這種私兵比較能打仗，在白刃相交的冷兵器時代尤其如此（與太平天國的戰爭，應該是冷熱兵器的交替時期）。
湘軍的編製，以營為基本單位。每營500餘人，營有營官1人，每營由前後左右4哨組成，每哨100餘人，哨有哨官1人，哨長1人。每哨由八隊組成，每隊12人左右，隊有什長、夥勇各一。每營有親兵六隊，由營官直接管帶。另外每營還配備夫役180餘人。湘軍的現代化程度不高，部隊的裝備刀矛和舊式抬槍、新式洋槍混合使用。營有劈山炮，但由親兵隊掌握。湘軍騎兵的編製與步兵稍有不同，每營有前後左右中5哨，每哨有5棚，棚相當於步兵的隊。這樣的軍隊編製，一個最大好處就是，一旦采用西式武器，比較匹配。因為它跟西方軍隊的班、排、連、營的建製大體相當。淮軍編製與湘軍基本相同，但由於淮軍地處江浙一帶，得風氣之先，又接收了華爾洋槍隊，所以很快就用洋槍洋炮裝備起來，而且請洋人教練，實行洋操，因而現代化程度大大超過湘軍，戰鬥力也大大提高。左宗棠領導的左係湘軍，也因為接管了常捷軍的洋槍隊而迅速現代化。
湘淮軍一度在後來的戰爭曆史上發揮了很大作用，至少晚清的內亂，基本上都是他們平定的。左係湘軍甚至還遠征新疆，討平阿古柏叛亂，幫助清政府通過外交手段收回伊犁。但應該指出的是，湘淮軍從本質上講，還不是西式軍隊。正如羅爾綱所總結的，湘淮軍以營為基礎，營以下的建製跟西方軍隊還有幾分相似，但營到軍隊的統領（司令）沒有任何中間層次。這樣的狀況，很不利於大的戰役的展開，當營的長官被提升為統領時，由於沒有中間環節的鍛煉，一般都不適應。況且，湘軍大部分將領，對於新式武器往往不甚熱心，更談不上製度變革。淮軍雖然很早就采用了西式操練，但一直練兵不練官。（參見羅爾綱：《晚清兵誌》，第一卷，北京，中華書局，1997。）同時，朝廷為了鼓勵湘淮軍作戰，在鎮壓太平天國以及後來的撚軍等國內叛亂過程中，濫加官銜以資獎勵，所以軍中軍官士兵，因功而升官者甚眾，官銜為提督和總兵者比比皆是。由於國家武職官職有限，所以大多數人都不能得到實缺，所以有提督銜的往往隻是一個千總或者把總，這樣的軍隊，指揮起來顯然有麻煩。關鍵是在湘淮軍的層次，中國依然沒有形成西式軍事分類式編製，更沒有形成軍官團及其精神，湘淮軍在起初的那點來自於鄉土的銳氣，加上士大夫智慧一度雖然可以壓倒太平天國農民，但成軍一久，過去軍隊的陋習就又感染了這支“新軍”。到了甲午戰前，雖然武器裝備更新了多次，但湘淮軍差不多都喪失了銳氣，變得暮氣沉沉。
2．海軍製度
晚清海軍是中國現代化過程的明珠，是中國最先進的兵種。原本晚清擬建的海軍有三支艦隊。福建海軍成軍最早，但早在1884年即毀於中法戰爭。南洋海軍一直就沒有成氣候，所以，真正意義上的現代海軍，隻有北洋一支。北洋海軍到甲午戰爭前，共有軍艦28艘。其中定遠和鎮遠兩艘裝甲巨艦，排水量7000多噸，裝備有305毫米口徑的巨炮，裝甲之厚足以抵擋那個時代任何大炮的轟擊，總排水量4萬噸（參見薑鳴：《龍旗飄揚的艦隊——中國近代海軍興衰史》，128～129、278頁，北京，三聯書店，2002。），在亞洲居第一位。北洋海軍的組成人員，也集中了當年留學英國的大多數人才，加上中國自己海軍學校的畢業生，是當時中國西化程度最高的一支軍隊。
展現中國海軍製度麵貌的《北洋海軍章程》，基本上是參照英國海軍擬訂的，在當時，是中國最西方化的軍隊製度模本。學習的眼光和目標，都相當遠大，甚至比當時的日本還要走得遠一點，北洋海軍大體上就是按照這個章程組建的。
海軍製度分為軍官和士兵兩個係列。軍官分為戰官和藝官，戰官指指揮戰鬥的軍事指揮員，分為管帶（艦長）、大副、二副、三副；藝官是指軍艦上的技術軍官，即各艦的管輪官。原來綠營的軍官職銜，如提督、總兵、副將、參將直至外委的頭銜還保留，但其意義更類似於西方的軍銜，隻有提督和左右兩翼總兵才有具體的職務上的意義，相當於艦隊司令和副司令。值得一提的是，海軍章程還規定，海軍軍官一律由海軍學校畢業生擔任，是近代中國第一個有學曆要求的軍隊製度。
士兵分為水手、炮目和當差兵匠三種，還有預備兵練勇。練勇、水手和炮目各分三等，依次遞升。三等水手由一等練勇升任，三等炮目由一等水手升任。兵匠是技術兵種，非經過專門學習不能充任。在士兵和軍官之間，還設置了弁目，即西方的軍士，凡水手長和炮弁都是這個級別。
新建的海軍裝備不可謂不先進，製度不可謂不完備，但這支中國最先進、最豪華的軍隊，還是不可避免地走向衰敗。更可悲的是，從國外留學歸來的海軍將領，也逐漸沾染上了舊軍隊的陋習，有章不遵，有令不行。軍隊的訓練，在跟原來的英國總教習琅威理鬧翻之後，日益流於形式，變成了好看、不中用的“花架子”。在甲午戰爭前，日本間諜發現中國艦艇上的水兵，居然在大炮上晾衣服。所以他們在報告中，認為中日如果開戰，中國必敗。
第三節總理衙門和總稅務司
傳統中國政府由於其天下觀的緣故，沒有現代的世界意識，因為政府沒有外交概念，自然也就不會設置辦理外交的部門。清朝對於朝貢各國，限定在廣州一城，由兩廣總督負責接待，然後由兩廣總督派人護送到禮部，再由禮部負責招待，安排朝覲之事。朝覲完之後，再原路返回。隻有朝鮮一國，可以從東北進京，直接到禮部。西北方麵，則由理藩院直接負責接待。所有禮部和理藩院接待的國家使節，都必須承認一個前提，就是清朝皇帝是天下共主，因此朝覲的時候，所有使節都必須向皇帝行三跪九叩的大禮。隻有俄羅斯例外。禮部負責對外事務其實是一個象征，就是說，在對外關係上，中國維持的是一個禮製體係，凡是遵王化的人（接受教化）才能進入到這個體係來，否則就不要來，眼不見為淨。早在18世紀末，英國馬戛爾尼使團來華，要求建立平等的通商外交關係，雖然由於特殊原因，乾隆還是接見了不肯下跪的英國人，但是依然要求人家自行納入朝貢體係，決不肯建立平等的外交和商務關係，結果雙方不歡而散。在西方強行打開中國大門之前，西方國家隻有葡萄牙的使節按照藩屬之禮見過中國皇帝，其他國家派來廣州的代表，由於不肯對兩廣總督施禮，實際上大多數來往文書都由十三行代為遞交。對外貿易，隻限定於特定的港口，最終隻有廣州一口開放。但所有貿易都必須通過官方指定的商行（人稱十三行）進行。