按現行財政管理體製，垂直管理部門經費由本係統上級供給。但記者在采訪中有不少人反映，一些垂直部門不但從主管部門能得到經費，也從地方政府得到不少“財政支持”。因此，同在一個區域內工作，很多垂直管理部門工作人員的工資、住房及福利等遠高於當地非垂管部門工作人員。
“有些垂直管理部門從地方財政得到的經費，幾乎與主管上級所撥經費持平，這些經費絕大多數用於發放幹部職工獎金福利。”雲南省某縣的一位縣級領導無奈地告訴記者，“這些垂直管理部門有特權，盡管在自己地盤上，但又管不了人家，為了搞好與他們的關係，每年總得從地方財政給他們撥點經費，也是為使他們能夠更好地配合地方工作。”
合理劃分央地權限
有受訪專家認為，垂直管理不是萬全之計，要真正解決部門管理與地方管理之間的矛盾，理順央地關係，治本之策還在於通過立法，合理劃分央地之間的職責權限。“要徹底解決中央行政決策在地方的行政執行力問題，涉及行政體製的整體調整和權力重構，遠不是幾個領域的部門直轄所能完全解決的。”於安表示。
“如果僅是為了提高控製力度而實行垂直管理，很可能在解決了一些舊問題的同時，又會製造一些更為棘手的新問題。”尹韻公認為，“央地關係，實際就是權力和資源的分配關係。在處理這個問題時，要充分權衡三個關係，即全局利益和局部利益的關係、群體利益和個體利益的關係、長遠利益和暫時利益的關係，並依法從中找到一個央地權力平衡點，使監督與效率之間達到協調。”
“垂直管理的目的是為了防止地方保護主義，保證政令暢通，維護市場統一和國家整體利益。垂直管理並不是簡單的機構和職能的劃轉收並，要真正實現上述體製設置目標，還需建立和完善很多配套製度，比如幹部人事製度、行政監察製度、經費來源和使用製度等，要防止出現‘看得到的管不到、管得到的看不到’現象。”國家行政學院龔維斌教授接受記者采時指出，“解決央地關係難題的根本在於減少政府的權力，即減少不必要的行政幹預，正確履行政府在市場經濟條件下的職能，還權於民、還權於社會、還權於市場，同時，還要認真研究和正確劃分各級政府的事權和財權。”
中央和地方權限劃分的基本原則，在新中國建國初期的共同綱領和1956年毛澤東的《論十大關係》中就論及：“在中央統一領導下，地方因地製宜，兼顧中央和地方兩個積極性。”《憲法》第三條第四款也規定：“中央和地方的國家機構職權的劃分，遵循在中央統一領導下，充分發揮地方的主動性、積極性的原則。”
“將中央與地方的權限法製化，是正確處理央地關係的有效手段。我國現行《憲法》對中央和地方政府的職權作了相應規定，但由於規定較為寬泛，且缺乏配套法律法規，因此操作性不強。”北京市中盛律師事務所杜立元律師對記者坦言，“應盡快製定中央與地方關係法，對央地關係，地方的權限等作出專門規定，同時建立健全主管部門縱向、地方政府橫向的雙向監督考核機製。”
多位受訪者認為，地方人大對“一府兩院”及其被選舉任命人員，可采取質詢、組織特定問題調查、撤職或罷免等嚴厲的措施進行監督。但對垂直管理部門，似乎缺乏這樣剛性的監督措施，因為垂直管理部門領導人的任免，不由地方人大常委會決定。所以，還應進一步強化地方人大對垂直管理部門的監督和約束。
中央與地方關係隻有在法治化、製度化的前提下，才能走向科學管理的道路，並使中央與地方的職能關係，保持一種穩定和均衡的狀態。