“垂直管理有效避免了地方政府的幹擾，保證上傳下達、政令暢通。同時也有利於資源配置。”針對垂直管理的好處，清華大學公共管理學院於安教授的看法，在支持者中極具代表性。
不過也有人持質疑態度。他們認為，不可對垂直管理寄予厚望。因為垂直部門脫離監督，弱化地方人大的權力、加重上級政府責任和損害地方政府職能的完整性，並未完全理順央地關係。
有受訪專家認為，在垂直管理難以解決的深層次問題中，最為關鍵的是沒有從根本上解決法治的問題。如果沒有一個完整的製度設計，越來越多的部門實行垂直管理，機構被剝離、財權被上收、人員劃出，地方政府就可能越來越被架空，職能越來越被弱化。這樣，必然導致地方政府組織功能的殘缺，在很大程度上影響其行政效能的發揮。
據記者調查，從有些垂直管理部門的運作來看，並沒能達到預期效果。盡管垂直管理部門不由當地政府管轄，但與當地政府有著千絲萬縷的聯係，使其在執法中，無法做到真正意義上的超脫。
事實上，有些部門垂直管理後，在執法上存在的問題，與地方管理沒有兩樣。比如，質量技術監督管理部門沒有從根本上扭轉摻雜使假現象的發生，工商行政管理機關也並沒有從根本上減少市場上的假冒偽劣產品的存在，而稅務部門也早已垂直管理了，偷稅漏稅問題從未間斷過。
“垂直管理部門的工作人員，多數是土生土長的本地人，在子女上學、土地、水電等方麵也少不了求助當地政府。”雲南省某市一位實行垂直管理的部門負責人告訴記者，“要想在當地順利開展工作，沒有地方政府的支持，幾乎寸步難行。所以在查地方違法違規時，很多問題總是大事化小，小事化了。盡管實行了垂直管理，也不敢過於得罪地方。”
難抑部門濫權衝動
據了解，目前的垂直管理部門，由於全靠上級主管部門的監督，在內部監督製約機製不健全，地方政府不便監督的情況下，各級“一把手”常處於監督的盲區，極易發生腐敗現象。
“因為垂直管理使權力得到高度集中，處在封閉狀態，容易在垂直管理部門內部形成利益共同體。”中國社會科學院尹韻公研究員接受記者采訪時表示，“現在很多垂直管理部門的各級主要負責人，往往一言九鼎，地方政府無法監督，上級主管部門又鞭長莫及，監督流於形式。所以有腐敗也不易被發現，易形成‘一窩爛’的後果。”
近年來，發生在垂直管理部門的腐敗案件呈上升趨勢，甚至在一些地方已成了腐敗“重災區”。比如2003年，海南省工商局原黨組書記、局長馬招德以受賄罪被判處有期徒刑11年，剝奪政治權利3年。接替馬招德主持工作的省工商局原副局長鄭先育、屯昌縣工商局原局長吳岩等人，也因受賄行賄相繼“落馬”，這一係列案件涉及了海南全省8個市縣的工商局長。
1998年，鄭筱萸剛任國家藥監局局長，就啟動藥監局藥品監督管理體製改革方案，實行省以下垂直管理，把審批權限上收到省一級。GMP（藥品生產質量管理規範）認證，沒有錢，即使合格的企業也拿不到，企業為了生存，隻能用錢進行交易。結果，相繼發生了震驚社會的齊二藥假藥事件、欣弗劣藥事件等。2007年7月10日，鄭筱萸以受賄罪、玩忽職守罪兩罪並罰，被執行死刑。
“有些部門積極爭取實行垂直管理，不排除背後有利益驅動。”李成言認為，“因為部門垂直管理後，集行政管理、執法執紀、經濟監督於一身，手中可擁有較大行政自由裁量權。若監督乏力的話，則更便於權力尋租。”
當然，作為垂直管理部門的部分工作人員，也有著一種莫名的優越感。一個極端的例子是：2008年10月29日，交通運輸部垂直管理部門——深圳海事局原黨組書記林嘉祥在涉嫌猥褻女童後，當女童父母向他交涉時，他卻稱：“我是交通部派來的，級別和你們市長一樣高，跟我鬥，你們這些人算個屁呀！”