國有資本的特殊性質決定了國有資本配置體製改革的方向和實際做法。可以從四方麵來論述:
第一，重在提高國有資本的配置效率。
在經濟學中，長期以來著重的是生產效率的變化。生產效率是從投入與產出之比來分析的。在一定的投入與產出之比的前提下，多投入必定有多產出，少投入則少產出。如果投入不變，產出增加了，表明生產效率提高了;或者，產出不變，投入減少了，也表明生產效率提高了。可見，對任何一類投資者而言，關注生產效率的提高都是重要的。
資源配置效率則是另一種意義上的效率。假定投入是既定的，但可能存在若幹種不同的資源配置方式。如果采取A方式配置資源，在一定的技術水平條件下，可以有N的產出;而采取B方式配置資源，同樣的技術水平之下，會有N+1的產出，就表明資源配置效率提升了;反之，如果采取C方式配置資源，同樣的技術水平之下，則會有N-1的產出，這就表明資源配置效率降低了。由此看來，資源配置效率和生產效率是同等重要的。僅僅關注生產效率的變化而不關注資源配置效率的變化，不符合資本運用的原則。
國有資本配置體製的改革之所以重要，應當是十分清楚的。但由於在前一階段的國有資本體製改革中，把時間和精力主要用在國有企業管理體製這一層次的改革方麵，而沒有考慮(或主要沒有考慮)國有資本配置體製的改革問題，從而大大影響了國有資本配置效率的提高。
第二，便於調動國有企業的積極性。
前麵討論國有企業在管理體製方麵至今依然存在的弊病和問題時已經指出，最突出的弊病或問題就在於政府部門幹預多，國有企業並未成為真正的市場經營主體。這在很大程度上同國資委沒有把工作的重點放在提高資源配置效率方麵，而對本來可以由國有企業作為一個市場經營主體自己決定的事情，通過煩瑣的申請與批準的程序，集中由國資委作出決策有關。這樣，不僅容易錯過機會，而且還挫傷了國有企業的積極性。在某些場合還會使一些國有企業養成事事依賴國資委的習慣。假定通過國有資本體製改革，國有資本配置體製由國資委直接管理，那麼國有企業就可以成為真正的市場經營主體，它們的主動性、積極性也就可以調動起來。
第三，緊接著，國有企業將致力於健全法人治理結構。國有企業既然成為市場經營主體，就應當健全企業的管理體製，建立完善的股東會、董事會、總經理和監事會製度。這樣，國有股不一定占絕對多數，在非國有股股權分散的情況下，國有股可以占相對多數。這實際上是讓更少的國有股份取得對企業的控製權。在不止一個國有投資單位參股某個國有企業時，可能形成不止一個相對大股東，這也有利於改變董事會的結構，便於董事決策的合理化、民主化。
第四，伴隨國有企業市場經營主體地位的確立、國有企業積極性的調動以及國有企業法人治理結構的健全，國有企業的另一個弊病和問題--創新動力不足和創新能力弱--也將發生變化。造成國有企業不敢自主創新的障礙主要有三個:一是國有企業受政府部門的幹預過多，使它們沒有主動性和積極性;二是怕吃力不討好，風險責任大，而利益和責任則是不對稱的;三是部分國有企業總是對現實生活中存在的行業壟斷現象有依賴性，以為自己可以在行業壟斷的保護下，不必搞什麼自主創新也能取得巨額利潤。通過國有資本體製兩個層次的改革，情況將會發生變化，上述不利於國有企業自主創新的三個障礙將會逐步消失，從而將會出現國有企業自主創新、技術突破、產業升級的熱潮。
三、國有資本配置體製改革的設想
國有資本配置體製改革的目標是強化國資委對國有資本的配置權，而不再主管一個個國有企業。初步設想如下:
(1)國資委隻管國有資本的配置，負責國有資本的保值增值，也就是負責國有資本的配置效率的提高。