元代書院官學化的重要體現或主要措施之一，就是官方加強對書院經費的管理和控製。元代各級官府增加經費直接興辦書院，為書院專撥學田，享受與各級官學同樣的官費待遇；對經費困難的民間或私辦書院，也盡量給予經費上的資助；同時，對書院自籌經費和自營田產也加強管理和控製，明確規定：“路、府、州書院，設直學以掌錢穀。”這一措施，表明了官府對書院的重視，並且為書院的迅速發展提供了基本的物質條件。當然，這一措施也導致了書院在經營管理上獨立自主地位的削弱，書院教育的特色日益淡薄。書院與官學相差無幾，僅有書院之名，而乏書院之實了。而且隨著書院數量大增，官府經費有限，時常出現書院經費難以為繼的困境。正如吳澄所言，許多書院“養之之費，官雖總之，而不能盡塞其罅〔xia下〕漏，用匱則止矣。”官方經費不足，又無自籌經費的途徑和能力，不少書院名存實亡。
元代提倡私人出錢資、捐田畝建書院。元代不少書院是私人捐資獻田修建的。如：江西吉水張文先捐田興建白沙書院；新樂縣趙氏兄弟捐家資修建壁裏書院；建寧路浦城縣甄西山之孫聯合族人捐私田建西山書院等。
元代書院官學化的另一項重大措施，是由各級官府為書院委派山長，選任主講。有不少書院的山長、教授直接由各級官府官員兼任。即使是私人延聘的山長或教授，也要由官府認可後才能授以學官之職，也同官學同等對待。這一措施，同樣表明了官府對書院的重視，有利於穩定書院的管理和教學質量，也有助於提高書院管理人員和教學人員的社會地位。這一措施的初期，確實對書院的發展起到某種積極作用。但是，它對書院發展也有消極作用，特別是到後期，其弊端更充分暴露，導致書院管理混亂，師資猥雜。元代學者虞集曾批評說：“今天下學官猥以資格授，強加之諸生之上”，“選用多不精，而稱職者寡”。元代學者程钜夫也指出：“近年書院之設日加多，其弊日加甚，何也？徒知假寵於有司，不知為教之大，徒徇其名不求其實然耳。”吳澄更明確指出：“今日所在書院，鱗比櫛密，然教之之師，官實置之，而未嚐甚精於選擇”，其根本原因在於書院過多地“受官府之拘牽”，喪失了獨立自主的特點。
(本章完)