元代在尊孔崇儒的推動下，孔子的地位也急劇上升，至武宗朝竟加封孔子為“大成至聖文宣王”，為曆代之極。
隨著鞏固中原，統一江南的進展，文教建設日漸迫切。元代統治者對書院采取了積極創辦、鼓勵發展的政策，至元二十八年(公元1291年)明文規定：“先儒過化之地，名賢經行之所，與好事之家出錢粟贍學者，並立為書院。”此後書院得到了充分的發展。
在元世祖忽必烈進兵南宋時，楊惟中、姚樞隨軍，在湖北俘獲理學耆儒趙複，倍加優待，請他北上傳授程朱理學。北方的儒士大夫姚樞、劉因、許衡、竇默、郝經等人，都是通過趙複才得知理學的奧義，特別是許衡對於理學在北方的傳播和發展做出了突出的貢獻。
元代對書院采取積極創辦，鼓勵發展的政策，並非放任自流，而是逐步加強控製。一方麵反映了元代統治者對書院的重視，加強管理，為書院的發展提供了可靠的保證；另一方麵也限製了書院講學自主靈活等特色的發揮。這是封建統治者難以克服的一個矛盾，鼓勵發展擔心失控造成威脅，加強管理又會管死，失去書院的特色。特別是在元代統治者內部對保護和鼓勵發展書院的政策充滿著矛盾和鬥爭，一部分官僚貴族不讚成保護和發展書院。據記載，著名學者許有壬之父去世後，門人弟子為紀念他，建東岡書院以為育才之地。南台監察禦史木八剌沙吹毛求疵，百般刁難，極言書院不當立，並造浮辭，加以誣陷，許有壬被迫稱病歸裏。書院當立不當立，仍然反映了對“漢化”方針的態度。鼓勵發展、加強控製在一定程度上也是統治者內部矛盾鬥爭的產物。
基本處於奴隸製社會發展階段的蒙古民族在統一全國之後，麵對著漢民族集中的中原大地，已經有上千年發展封建製度的曆史，經濟發達，文化教育、科學技術都處於領先地位。如何加速本民族的封建化進程，又能充分保持本民族的傳統優勢和特點，是元代統治者所麵臨的十分迫切而又極其複雜的社會問題。加速封建化必須走“漢化”之路。推行“漢化”的文教方針正是由元代加速封建化的基本國策所決定，並為之服務的。
儒家經書在元代得到廣泛傳播。元世祖率先研讀儒家經典，並敕令從官禿忽思等人輯錄《毛詩》、《孟子》、等，供其學習之用。理學家的著作受到特別的重視，“四書”、“五經”、《孝經》、《小學》都成為士子必讀之書，並被列入科舉考試的程式之中，為理學的北移創造了有利的條件。
重用儒士是元代推行“漢化”文教方針的重要內容和措施，也是元代推行“漢化”文教方針的重要保證。
早在成吉思汗和窩闊台時代，就曾網羅大批亡金的儒士大夫，如：耶律楚材、王楫、李藻、郭寶玉、李國昌、元好問、郝經、姚樞、楊惟中等，奠定了元代“漢化”文教方針的基礎，並在元代確立“漢化”文教方針的過程中，發揮了重要的推動作用。
元代初入中原時，對書院采取了注意保護的政策。元世祖中統二年(公元1261年)六月，下令保護一切文化教育設施，規定：“宣聖廟及管內書院，有司歲時致祭，月朔釋奠，禁諸官員使臣軍馬，勿得侵擾褻瀆，違者加罰。”當時主要是從政治上考慮，樹立“施仁發政”的形象，盡量緩解被占領區軍民的反抗情緒，對儒士文人采取安撫懷柔之策，其目的在於表示“上答天意，下結民心”，“國家育才待聘風動四方之美”。這一措施取得了積極的效果，奠定了元代書院發展的基礎。
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