而隨著長期以來對森林的濫砍亂伐，森林中的各種低等植物、微生物和各種動植物也隨之消失——其中包括許多人類還並不知道的物種。專家們認為，這種物種的絕滅比珍稀物種的滅絕更為可怕。現在癌症、艾滋病等藥物的研究，大多在植物和微生物中篩選提取。
人類自詡為文明的諦造者，但卻常常用自己的愚蠢和貪婪破壞著文明；我們重視自己的生命，卻常常為了自己的生存而剝奪了其它生物生存的權利，忘記了地球上還有上千萬物種；野生動物的領地已經被人類的活動、人類的破壞變得越來越小，並且被分割開，形成孤島化、片區化，使它們的生存越來越困難。２００１年春天，四川成都的新聞媒體曾連續報道了大熊貓頻頻下山，在成都市周邊縣市出現的消息。許多專家認為，這是大熊貓野外生存仍受威脅的重要證據，而大熊貓野外生存麵臨的主要威脅是森林的銳減和棲息地的破碎化。
近年來，我國對大熊貓、華南虎、揚子鱷等珍稀瀕危動物給予了很大關注，但對生物多樣性的研究卻仍然十分薄弱。對大多數野生動物的數量、分布區、棲息狀況、受威脅程度以及人類對其生存的影響並不了解，生物多樣性動態變化的監測幾乎還是空白。
我國西部地區既是長江、黃河等大江大河的發源地，又是許多獨特動植物種的富集區，但是由於長期以來掠奪式的資源開發，再加上人口迅速增長的壓力，使生態環境狀況持續惡化。據２００２年初國家環保總局自然生態保護司《西部地區生態環境調查報告》稱，西部９省（區）因生態破壞造成的直接經濟損失便達１４９４億元，相當於同期ＧＤＰ的１３％，間接和潛在的損失就更大，而這些計算中還沒有包括基因、物種的消失和生態功能失調等問題。
據統計，從２０世紀５０年代到９０年代，四川省川西北地區有５％的生物種類滅絕，約１０～２０％的種類也麵臨瀕危的境地。有“天然藥庫”之稱的峨眉山，麻黃、暗紫貝母、金絲滌巴尾鬆等多種藥用植物絕跡，１４２種藥用植物瀕危；川西北馳名中外的蟲草、貝母明顯退化，產量大幅度下降；特有水生生物減少，甚至絕跡。雲南省生物物種滅絕了２２個，滇池水生動物已經由４２種下降到２２種。甘肅僅被子植物中處於瀕危或受威脅的種類就達１８６種，瀕危的裸子植物種類已有１７種。青海許多珍稀、特有的野生動植物種群數量銳減，甚至瀕危或滅絕。如藏羚羊及大黃、秦艽、麻黃草、藏茵陳等現已瀕危。國家一級保護動物藏羚羊是青藏高原動物區係的典型代表，具有難以估量的科學價值，經過長期的演替、變化和發展，曾達到了相對穩定的狀態，但自２０世紀８０年代末開始，對藏羚羊的偷獵和濫捕濫殺大量發生，使種群數量急劇下降，終於達到了滅絕的邊緣。除此之外，盜獵活動還嚴重幹擾了藏羚羊原有的活動規律，對種群繁衍也造成了極為不利的影響。
近年來，科學家們提出了“保護物種就是保護人類自己”，“一個基因關係到一個國家經濟的興衰，一個物種影響到一個國家的經濟命脈”等口號，努力提倡生物多樣性保護。中國長江上遊地區的生物多樣性保護得到了國際組織和國內的廣泛關注，世界自然基金會、國際生物多樣性保護聯盟和美國大自然保護協會等一致認為，這個地區是世界生物多樣性保護的重點地區之一。
２００２年３月，這三個國際組織和四川省西部開發辦一起，在成都共同發起並舉辦了“長江上遊生物多樣性保護優先區選擇國際研討會”。出席研討會的共有８０多位中外專家，來自３０多個單位，代表了當代各分類學科領域研究的最高水平。在研討會上，專家們盡可能地運用了各種數據資料和各種信息、圖表，在數字地圖上勾畫出了長江上遊地區最重要的生物景觀、地區的特有物種以及受威脅物種的分布狀況，從而確定中國西南山地應為全球１０個優先保護的熱點地區之一。
“西南山地熱點”西起西藏東南部，穿過川西地區至雲南中部和北部，東與成都平原接壤，西鄰青藏高原，海拔從幾百米至六七千米，生物多樣性極其豐富，是世界上溫帶區域植物物種最豐富的地區，並有大量本地特有的動物和珍稀瀕危物種，包括大熊貓、金絲猴、雪豹、羚羊、白唇鹿、綠尾虹雉等等。與生物多樣性相映成趣的是，這個地區還具有文化的多樣性，中國有１７個少數民族生活在這個地區內，構成了絢麗多彩、極其豐富的知識和文化寶庫。
目前，中國政府已先後在這個地區建立了６０來個自然保護區，占地區總麵積４％左右，其中包括３１個大熊貓保護區。在這次國際研討會後，保護國際、全球環境基金、世界銀行等共同發起的“關鍵生態係統合作基金”已決定，對中國西南山地的生物多樣性保護提供資助。