焉耆本臣屬於西突厥，後來歸附唐朝，高昌卻與西突厥共同攻擊焉耆。早在隋朝末年，有大批漢人為逃避戰亂逃奔突厥，突厥被唐朝擊敗後，有一部分漢人逃入高昌，唐太宗讓高昌護送他們回國，高昌卻將他們扣留，罰作苦役。
唐太宗派出使者勸說，文泰卻說：“蒼鷹在藍天上翱翔，雀鳥在蓬蒿間飛躍，貓在殿堂上遊走，老鼠在洞穴內安居，各得其所，不是很好嗎？”言外之意就是，雖然唐朝強大，高昌弱小，但都是獨立的國家，應當各安其事，互不幹涉。
當時，薛延陀曾多次到長安謁拜唐太宗，文泰挑撥說：“你既然自立為可汗，就與唐天子地位平等，怎麼可以拜倒在他人腳下呢？”
不久，高昌又與西突厥攻取唐朝屬國焉耆的三座城市。焉耆王向唐朝控訴，唐太宗派李道裕調查，高昌王才勉強派遣使者到唐謝罪。唐太宗嚴厲訓斥了高昌使者，並下詔讓麴文泰入朝，麴文泰假托有病不來。唐太宗大怒，拜侯君集為交河道大總管，出兵平定高昌。
當時，朝中大臣都認為攻打高昌要出兵萬裏，還要行經茫茫大漠，恐怕難以取勝。況且高昌又地處偏遠，即使攻取後也難以防守，競相勸阻。雖然感到十分困難，但唐太宗主意已定，不為所動，堅持對高昌用兵。文泰聽說唐朝前來征伐，不但不害怕，反而一笑置之。認為高昌距離唐朝有七千裏之遙，其中兩千裏都為流沙所覆蓋，寸草不生，寒風凜冽，運送糧食都成為很大的問題。
文泰悠閑地對左右臣僚說：“從前，我去長安時，見秦嶺、隴北地區，城鄉一片蕭條，經濟凋敝。唐軍萬裏征伐，兵多則糧草難以供應，若兵在三萬以下，我們能將他製服。唐軍長途跋涉，穿越沙漠而來，沿途地無水草，冬季寒風如刀割，夏天熱浪似火燒，一百個行人中也到不了一個，即使唐軍兵臨城下，二十天必定用盡所帶糧草。待其糧盡逃跑之時，我出兵追趕，必獲全勝。以逸待勞，何足為憂？”
出乎文泰的意料，貞觀十四年，侯君集如神兵天降，奇跡般地率大軍到達高昌，麴文泰感到十分恐慌，連驚帶嚇，舊病複發，不等唐軍攻城，就撒手西去。麴文泰的兒子麴智盛即位，準備為父親舉行葬禮。唐軍到達柳穀，探馬報告說麴文泰的葬禮即將舉行，到時候高昌軍隊和要員都會集中在一處。眾將紛紛要求抓住時機，全部殲滅他們。
侯君集卻說：“萬萬不可。因為高昌驕慢無禮，天子才派遣我們替天行罰。如果乘別人喪葬發動襲擊，不是問罪之師的所作所為。”於是，待其葬禮完畢，再行攻伐，將高昌城團團包圍。
麵對唐軍的威武氣勢，高昌城內人心惶惶，孤立無援的麴智盛致信侯君集說：“先王得罪天子，上天懲罰了他，他已經去世。我即位不久，沒做對不起天子的事，還請尚書憐憫並詳查。”
侯君集回複說：“如果你真能悔過，我也不難為你。隻要你率百官投降，我便從輕處置。”
但約定的時間已過，也不見麴智盛出門，侯君集下令攻城。士卒填平壕溝後，多輛拋石車同時拋射，飛石如雨，城內一片惶恐。侯君集又在城外築建了一座十丈高的木樓，站在上麵，可俯視城內的全部情況。城牆被撞破後，副將薛萬徹躍馬進城，諸將緊隨而入。
無奈之下，麴智盛被迫開門投降。唐軍乘勝連下二十多座城池，出兵近半年，即平定了高昌。捷報傳至長安，唐太宗非常高興，對每一位參戰的將士都一一獎勵。高昌平定之後，圍繞著如何處置這個地區的問題，唐政府內部展開了一場爭論。唐太宗主張在高昌地區設置州縣，號稱西昌州。
魏征不同意，他說：“陛下即位，高昌最先朝謁，不久，高昌見利忘義，劫掠商旅，阻礙其他部落朝貢，所以陛下派兵征伐。麴文泰已經死亡，其罪行也隨之而去。應當以寬大為懷，安撫其民，扶立其子。如果設置州縣，守備軍隊不下數千人，況且高昌與中原遠隔萬裏，守卒數年不能更換，他們離鄉背井，撇家舍業，不可能不生怨憤。陛下不能從高昌獲取粒米尺帛，卻要浪費人力物力守備，豈不是得不償失？”