三、黃遵憲對《時務報》內部分歧的態度及張之洞幕中反應
由前節的敘述可知，當康有為從南京到上海辦理《強學報》時，黃遵憲已在上海與法國總領事談判辦理江南教案。康、黃雖為廣東同鄉，但兩人的結識卻由梁鼎芬介紹。黃遵憲《人境廬詩草》卷九《己亥雜詩》中有一首稱：
“憐君膽小累君驚，抄蔓何曾到友生，終識絕交非惡意，為曾代押黨碑名。”
該詩另有注文曰：
“八月二十五日得一紙曰：□與□絕交。然乙未九月，餘在上海，康有為往金陵謁南皮製府，欲開強學會。□力為周旋。是時，餘未識康，會中十六人有餘名，即□所代簽也。又聞□與康至交，所贈詩有南陽臥龍之語。及康罪發，乃取文悌參劾之折，彙刊布市，蓋亦出於無奈也。”
此中的□，即為梁鼎芬。以“南陽臥龍”——即在野而尚未出山的諸葛亮——來比擬康有為，可見梁此時的評價之高。上海強學會名單中黃遵憲之名，亦是由梁代簽。當康有為因上海《強學報》中用孔子紀年諸事遭張之洞強壓時，黃遵憲曾致書梁鼎芬，欲從中調解關係。
前節已述，《時務報》之創，張之洞已回武昌，黃遵憲仍在上海，是該報最主要的創始人之一。從今存《汪康年師友書劄》來看，黃遵憲對該報初期事務甚為關注，有著許多指示；黃於光緒二十二年八月北上天津後，仍是書信不斷。對於《時務報》內部的汪康年、梁啟超之爭，黃遵憲雖在北方，仍十分關注。光緒二十三年三月初十日（1897年4月11日），黃致汪信稱：
“館中仍請聘鐵喬總司一切，多言龍積之堪任此事，鐵喬不來，即訪求此人何如？而以公與弟輩為董事。公仍住滬，照支薪水，其任在聯絡館外之友，伺察館中之事。”
黃提出由汪的朋友吳樵或康的學生龍澤厚出任《時務報》經理，黃和汪僅任該報董事，汪的責任僅是“聯絡館外之友”，實際是削汪之權。光緒二十三年七月，黃遵憲去湖南赴任途中路過上海，與汪康年、梁啟超均有商談，其削減汪《時務報》之權限一事並沒有成功。前節已敘，在章太炎與康黨矛盾中，汪與章一黨，且為同鄉；而在汪康年、梁啟超的矛盾中，黃遵憲護梁責汪。黃又與康、梁同鄉。此中又有浙、粵地域之見。
《時務報》第40冊梁啟超《知恥學會敘》一文，引起了張之洞的反感。光緒二十三年九月十五日（1897年10月10日），張之洞讓其幕僚錢恂發電《時務報》館：
“《時務報》館汪：四十報速電京緩發。恂。鹹。”
雖是短短數字，且未說明原委，然汪康年、梁啟超十分謹慎，仍立即聯名回電：
“奉電諭，感切。惟報早分寄，容設法改正。康、超。鹹。”
即在電中表示了完全妥協的態度。然張之洞卻未與梁啟超細加計較，直接去交手，而是於九月十六日（10月11日）發電陳寶箴、黃遵憲：