1938年，國民黨在武漢改組軍委會，取消秘書廳和第一至第六部，改設軍令、軍政、軍訓、政治四個部。國防最高會議改組為國防最高委員會，為戰時國民黨黨政軍各部門之最高決策機關。蔣介石任國防最高委員會委員長，張群任秘書長，陳布雷任副秘書長。
抗戰開始後，郭沫若在日本積極要求回國參加抗戰。可郭沫若有國民黨通緝在身，如蔣介石不同意撤銷通緝令的話，他不好回來。因為1927年蔣介石叛變革命時，郭沫若寫了一篇討蔣檄文《請看今日之蔣介石》。郭沫若名氣大，文章也寫得犀利深刻，蔣介石看了後，麵色難看，牙齒咬得吱吱響、頭上直冒冷汗。再加上郭沫若參加了南昌起義，所以蔣介石對郭沫若恨之入骨，發出通緝令，要求緝拿郭沫若。南昌起義失敗後，郭沫若流亡日本十年，潛心學術研究。抗戰爆發後，鬱達夫利用他在福建省政府供職廳長的社會地位，敦促國民黨政府取消對郭沫若的通緝。陳布雷與郭沫若當年在上海時是舊交，此時幫郭說項。他把郭沫若在日本出版的《兩周金文辭大係》、《殷契粹編》等著作捧到蔣介石麵前，稱“郭沫若為國爭光”，勸蔣以大局為重，捐棄前嫌。蔣介石考慮，事情都過去十年了，而且形勢也發生了很大變化，眼下正是用人之際，況國共又第二次合作了，應當對郭沫若有個說法了。於是把郭的著作仔細翻看了一下，思考了一會兒，就同意了陳布雷的看法，準備按例先撤銷對郭沫若的通緝令。陳布雷考慮蔣介石的周圍有不少親日派，而且郭又是共產黨，就對蔣介石說：“現在郭處境危險，以不先發赦令為妥。還是先和共產黨方麵溝通一下吧。”蔣介石此時被日軍打得很窩火，沒有顧上考慮那麼多，就同意了陳布雷的意見，並囑咐：“你去辦吧。”陳布雷通過私人關係通知了周恩來，由李克農通知阿英（錢杏邨），要郭的學生金祖同在東京活動，直到陪伴郭沫若回國。郭沫若回國後任職國民政府軍事委員會政治部第三廳廳長，在中共的積極工作下，三廳團結了一大批愛國的文化界人士、文藝工作者，使江城武漢、山城重慶的抗日歌聲響徹雲霄，抗日話劇，感人肺腑，極大地激發了軍民的抗日鬥誌和抗戰決心。43
隨著抗日戰爭的發展，陳布雷向蔣介石建議，在軍委會內部應設置一個參事室，蔣介石聽其言。該室成立後，朱家驊為參事室主任，室裏的各項具體工作由陳布雷負責。參事室的工作任務是負責搜集資料，分類研究各種專門問題，呈給蔣介石。是時，蔣介石授命陳布雷撰寫《國民精神總動員綱領》，陳布雷認為“精神總動員”為日本方麵所倡導之名詞，中國方麵無須沿襲。蔣介石認為陳布雷的觀點不對，說“孫中山總理教導國人革命救國，即以軍人精神教育為最重要的事，認為精神力量居其九，物質力量居其一。日方雖用此詞，我方用之非不可。且我中國人正應當提倡精神製勝之重要，發揮我固有道德與民族精神，以奠定千秋萬世之精神國防，即在目前亦應以倡導創造物質、愛惜物質，集中精神力量，克服物質困難為第一要務。故國民精神總動員必須提倡。”陳布雷聽後，點頭稱是。於是，陳布雷與時任國民黨中央宣傳部長的邵力子商量國民精神總動員運動事。陳請邵力子先就開展運動的辦法和如何開展的說明寫一個初稿，然後再寫。一個月後，邵力子把如何開展國民精神總動員的計劃擬了出來，陳布雷呈給了蔣介石，蔣介石命與張季鸞44研究一下，張季鸞對此稿提了很多意見。陳布雷見此，懇請張季鸞再擬一個草稿。於是陳布雷將兩個草稿一並呈上。初夏時節，蔣介石命陳布雷將兩個草稿之要點合並，另擬一文，再綜合寫一個《告國民書》，準備同時發表。
是時全國一般輿論，漸漸地認識到了長期抗戰與全麵持久抗戰之必要，全國各報刊雜誌更進一步要求一麵抗戰一麵建國。1938年3月，國民黨在武漢大學召開了臨時代表大會，曆十日結束。蔣介石致開幕詞，會議通過了《抗戰建國綱領》。會前譚平山擬出《抗戰建國綱領》初稿，陳布雷、張群、陶希聖、陳公博等對初稿進行了仔細的研究，反複修改，最後向大會提出。反複修改的《抗戰建國綱領》，分為總則、外交、軍事、政治、經濟、民眾運動、教育等7款32條。《綱領》提出“抗戰建國”的總口號，規定了抗戰建國國以蔣記三民主義為“最高準繩”，全國抗戰力量要在國民黨和蔣介石的“領導之下”。武漢時期，國民黨的《抗戰建國綱領》，對全國的抗日戰爭起到了一定的鼓舞作用，可國民黨當局落腳重慶後，卻把《綱領》中的一些合理東西完全棄之不用了。
抗戰開始後，蔣介石被迫實行了抗戰，即使在國民黨政府流亡途中，蔣介石所念念不忘的，不是如何進行抗日，而是在戰後如何實行一黨專政。蔣介石認為中國問題，不僅在對外，而尤其是在對內能否集中所謂民族力量以建國。中國之困難，亦不在戰時，而在戰爭結束後如何使民族久遠之生存，若在這次抗戰中不能夠造成一個信仰，一個政黨，一個意誌，則在抗日戰爭結束之後，中國內部並存的各種對立思想，仍存在著如何用蔣記三民主義統一中國的問題。蔣介石的如意算盤是，與其用政權力量控製其他黨派或思想之存在，不如融合其他各黨各派於一個信仰——三民主義，於一個組織——國民黨之下，共為所謂中國的民族前途而努力。概括起來，蔣介石要化多黨為一黨，融各個主義為一個主義。
國民黨臨時全國代表大會結束後，國防參議會撤銷，設國民參議會，以此為抗戰時期之民意機關。1938年6月，為了給國民黨輸送新血液，在漢口成立“三民主義青年團”，蔣介石采納陳布雷建議，自任團長，陳誠任書記長，並負實際責任。陳布雷對三民主義青年團《成立宣言》和《告青年書》五易其稿，仍覺不合意。最後潘公展提出初稿，陳布雷加上自己觀點稍加修改，蔣介石親自改定而發表。告全國青年書——培養革命活力完成抗戰建國，寄希望於團結和凝聚全國青年為國民黨抗戰所用，當時全國很多青年“入團”。當時，蔣介石提出“國家至上，民族至上，軍事第一，勝利第一”的口號；在武昌珞珈山南湖，又辦起了“中央訓練團”和“戰事幹部訓練班”，大力培養嫡係人員，分別由陳誠、桂永清、康澤、賀衷寒負責幹部培訓。