國民政府軍事委員會委員長侍從室，是最機密最要害的地方，所有人員，都須經蔣介石本人考核，隻有他認為信得過的人才能入選。外人要進侍從室，必須事先有約，到時才能引進客廳，等候傳見。非蔣心腹的高官，如不預約，臨時要見蔣介石，就隻能在接待室坐冷板凳。就是要見侍從室主任，也規定必須通過接待室的值班人員用電話詢問，才可引他去會客室坐等。
侍從室正規化建設，設侍一處、侍二處、機要室和侍衛室四部分，負責人為侍一處主任、侍二處主任、機要室主任和侍衛長四人。秘書分“侍從室秘書”和機要室“侍從秘書”兩種。“侍從室秘書”是一般對外的統稱，在內部一般都隸屬於各組；但“侍從秘書”則不屬組裏管轄，直接為蔣介石代拆代行。如戴笠來的情報，機密文件，連兩處主任都不知曉，僅由侍從秘書收轉，所以隻對蔣一人負責。外麵有人稱之“官邸”秘書，俞國華曾任過侍從秘書。
武漢建製時，侍一處主任為林蔚，後晏道剛（湖北安陸人）、錢大鈞 （蘇州人）、張治中、賀耀組等，都擔任過此職。侍一處主管軍事，相當於幕僚長。侍從室一處下設三個組：第一組有海陸空侍從副官多人，負責接待、傳令和隨從行動。侍從副官流動性很大，大多是黃埔軍校的學生。如桂永清曾經是海軍侍從武官。第二組有侍從參謀多人，主管作戰、人事參謀、情報參謀、交通後勤參謀和軍事文件，還繪製軍事地圖。侍一處主任坐鎮第二組，擬辦和審閱軍事機要文件。第三組主管警衛和安全。侍衛官不滿十人，都是蔣介石家鄉奉化溪口人和親戚。如蔣介石的遠房侄子、侄孫和外甥等，對蔣介石忠心耿耿，夜間必有一人席地睡在蔣介石的房門口。第三組還下轄武裝衛士隊，平時為蔣介石辦公室、侍一、侍二處門口站崗，武裝衛士隊後來擴充為警衛部隊。武裝衛士也多數是浙江寧波、奉化人。外圍還有特警組，負責“公館”外圍的安全工作，全是從軍統中精選出來的便衣人員，組長都是黃埔軍校學生。
侍二處分管政治事宜和政務機要文件。侍二處主任陳布雷，周佛海曾任副主任。侍二處下轄三個組：第四組組長汪日章，掌理政務文電事務，閱批一般行政文件和起草一般文件；第五組組長陶希聖，有研究秘書八人，都是留學各國的專家和學者。有留日的羅貢華，儀表堂堂；留英的徐慶譽，研究法律有造詣，戴一副金絲眼鏡，和顏悅色，一派學者風度；留蘇的高傳珠，研究蘇聯曆史頗具見解；留法的何方理，家庭生活簡單樸素；留日的傅銳，口才尤佳，議論日本問題侃侃而談，頭頭是道，後來因泄露軍事機密，成為漢奸，終歸逮捕法辦；留德的徐道鄰，民國初皖係軍閥段祺瑞的幕僚長徐樹錚的次子，法學博士，是號稱“八大秘書”的佼佼者，大陸解放後，離開中國定居德國；留美的張彝鼎，有真才實學，智慧超群；留日的李毓九，個子雖然又高又胖，卻也風度翩翩，喜歡談天說地，知識廣博。這些人各具特長，專供蔣介石關於國際問題的谘詢，類似外交智囊團。蔣介石召見他們，提出問題後，隻是洗耳恭聽，不插話，不表態，聽他們講述後，從中分析利弊。第六組組長唐縱，執掌情報業務。侍二處離蔣介石辦公室稍遠一點。處與處之間互相通氣，工作人員都可自由進出。陳布雷卻隻閱軍事通報，不插手、不過問侍一處的軍事問題。
機要室，主任毛慶祥。機要室，雖名義歸侍二處管，但陳布雷對機要室的事務從不過問，機要室實際上是獨立的，負責管理機要密碼、電訊和保管私章。機要室主任毛慶祥，奉化溪口人，留法回來後任南昌行營法文秘書，數十年裏，是蔣介石最親信的奉化人。主任下有侍從機要秘書數人，如留法的汪日章、留美的俞國華等。汪日章是毛慶祥推薦的奉化人，麵容清秀，擅長繪畫，1936年西安事變時，同蔣介石一起睡在華清池五間廳，抗戰勝利後，出任杭州市市長、杭州美術學校校長。除機要秘書處，還有侍從秘書數人，包括蕭讚育、沈昌煥、曹聖芬、古達程等。沈昌煥，上海光華大學畢業，文質彬彬，一表人才；古達程，舉止文雅，忠厚老實。兩個人都是英語出類拔萃，口譯流利，筆譯明暢，都任過宋美齡的英文秘書。汪日章、俞國華、鄧文儀、蕭讚育、葛武粲等也曾屬於侍從秘書類，曾掌理一切文電登記呈轉，保管私章，辦理親啟函件及機密文電。另外還有總務副官二人，管理夥食和雜務。組長陳希曾，負責掌握侍從室的財政，是蔣介石的親信之一。機要室裏的“監印官”薑輔成，從蔣介石起家時用石印，後來用鋼印，以後又用白玉印的14年間，一直小心翼翼地替蔣介石看管“玉璽”。1939年冬，薑輔成兼管檔案。侍從室發出的機密文件及蔣介石親筆手令的底稿，都送到機要室歸檔。1940年，薑輔成把工作移交給繼任的監印的薑邦炎。
1939年10月，侍從室又籌劃第三處，為陳果夫、陳立夫所要求成立。主任陳立夫，負責管轄全國黨政軍人事考核，但不久無形解散。
侍衛室設侍衛長一人，最早由王世和（奉化人，黃埔一期畢業）擔任。侍衛官若幹人。後因侍衛長王世和招搖舞弊，遭人物議，被調為參議閑職。侍衛長具體負責第一、第三兩組，專門負責安全保衛工作。但是，侍衛長也受侍一處主任指揮，有要事向主任呈報核批。擔任過侍衛長的有俞濟時、宣鐵吾、王世和，都是黃埔軍校一期生。俞濟時、王世和當過兩次侍衛長，他倆都是奉化人。俞濟時是交通部長、兵站總監俞飛鵬的侄子；王世和的父親是蔣介石的勤務兵，年老退離後，王世和繼續充當。第二組由侍一處主任直接領導。
侍從室裏的核心人員，不是蔣介石的族親同鄉，就是黃埔同事同學，都是忠於蔣介石，為他所了解和放心的。所以他到任何地方去，都是隨同行止。侍從室本身從來沒有公章，但這個組織機構龐大，是協助蔣介石個人統治的最有力的工具。從武漢建製之後，蔣介石以軍事委員會委員長的身份，通過侍從室來統治中國，集黨、政、軍大權於一身。軍事委員會及行政各部門的事情他都要管。舉凡各省主席的任命、軍事長官的調動、財政軍需的調度自不用說，即使布告、委任狀、訓令、指令、代電等等，也都要通過侍從室蓋上蔣介石的所謂“玉璽”才能生效。