由於毛澤東“海軍司令不易人”的明確態度和周恩來、葉劍英等領導同誌審時度勢的巧妙鬥爭，“四人幫”徹底打倒蕭勁光的陰謀，終未能得逞。但是，“上賊船”的帽子還是名正言順地給蕭勁光戴上了。接著，蕭勁光由海軍黨委第一書記降為第二書記，再次被剝奪了主持全麵工作的權力。
與此同時，“四人幫”的政治地位卻扶搖直上。通過同年8月召開的中共第十次全國代表大會，不僅江青、姚文元繼續當選為政治局委員，張春橋還進入了政治局常委。由張春橋推薦、經毛澤東批準到中央機關見習的王洪文，一路飆升，成為僅居周恩來之後的中共中央副主席，儼然一個不容置疑的接班人。至此，張春橋、江青、姚文元、王洪文，個個大權在握，“四人幫”的羽翼越發豐滿了。
“文化大革命”開始不久，張春橋、江青一夥就深為自己手中光有筆杆子，沒有槍杆子不安。隨著形勢的發展，他們越發意識到了槍杆子的重要。於是，江青公開提出要“放火燒荒”，在部隊打出一片自己的地盤，要掌握武裝。海軍所屬部隊絕大多數駐守在沿海重要城市，始終是他們最想控製的部隊之一。蕭勁光被扣上“上賊船”的帽子後，“四人幫”認為有機可乘，便拚命往海軍插手。他們今天給某位領導寫信，明天給部隊送學習材料，有打有拉，喪心病狂地挑撥領導之間的關係。江青還親自到青島等地的海軍部隊活動，借以籠絡人心，製造新聞，擴大影響。對他們的卑劣伎倆，海軍第一政治委員蘇振華（1973年3月，由海軍第一副司令員提拔為海軍第一政治委員）等黨委絕大多數成員都心知肚明，但考慮到他們的特殊身份和所處的位置，不得不虛與委蛇。蕭勁光作為“四人幫”排斥、打擊的主要對象，動輒得咎，處境十分困難。
逆境中，蕭勁光並沒有消沉。在四五會議閉幕式上，他違心地作了檢查後曾堅定地表示：“有的同誌可能擔心我會撂挑子。我向大家表示，既然主席和黨中央信任我，還要我在海軍工作，我一定放下包袱，改正錯誤，輕裝上陣。海軍的事業是偉大的，前途是光明的。我雖然年邁七十，願將我的餘年貢獻給海軍建設事業。鞠躬盡瘁，死而後已。”此後幾年的時間裏，蕭勁光忍辱負重，一步一個腳印地實踐著自己的諾言。
1973年夏天，中央軍委根據國際形勢的發展和穩定部隊的需要，向各大單位提出，要調研部隊組織體製、作戰、國防工業和軍隊裝備、幹部工作等四個急需解決的問題。當時正值批林整風的高潮，大量的時間是學習批判，軍事訓練無法係統進行。蕭勁光是“上了賊船”的人，抓運動自然不妥當。於是，他主動提出親自主持這項調研工作。
此時，全國性的內亂已經七年。由於李作鵬等人追隨林彪拉幫結派、結黨營私，造成了海軍上下許多領導班子內部嚴重不團結，教育訓練、裝備建設問題成堆，所以，要進行這樣的調查，困難很多。在蕭勁光的建議下，海軍專門成立了四個調研組，每個組由一位海軍首長或大部領導負責，限期完成任務。工作開始時正值7月盛暑，年逾古稀的蕭勁光不顧天氣炎熱，與機關幹部一起上高山下海島，從高級機關到艦連基層，逐級考察，分門別類地進行集體座談、個別交談。經過半年多的深入調查，掌握了大量第一手資料。到1974年2月，由蕭勁光親自主持起草的《關於幹部隊伍建設幾個問題的報告》《關於海軍組織體製方麵急需解決的問題的報告》《海軍主要裝備七年發展規劃（1974年至1980年）》等三份文件，經海軍黨委討論上報了中央軍委。關於作戰問題，也在對國內外形勢分析的基礎上，根據海軍兵力和裝備實際，擬定了應急作戰預案和措施，並向中央軍委作了彙報。