康熙時，就有朝臣向皇上提出動議，應對土司實行“改土歸流”。即消除土司製度，設立州、縣，由朝廷派出流官管理。康熙以為，實行懷柔羈縻政策，給土司以相當之自治權力，不僅促使各土司競爭圖強，還可以大大減少朝廷派流官、吃俸祿的開銷，兩全其美。進入雍正，要求“改土歸流”的奏折更是接二連三。禦用文人王履階在《小方壺齋輿地叢鈔》刊發《改土歸流說》，以葉掩其半的眼光，曆數土司製度之“積弊”，必以除之而後快——
苗蠻風土，其土險，其俗悍，其人驕健，其兵械銛利。雖有長官土司，惟聽土目發縱指示，不受官司約束。宋、元以來，屢動王師，時服時叛，每窺伺中朝官之柔懦廉幹，以為動靜。狃於積習者謂：庸議不通，嗜好不同，衣服異製，五味異和，器械異宜，世與吾民雜處，苟中無喜事，自屬耦居無猜，何必臣其民，食其稅，裂其廬，郡縣此區區之地，竟欲改土歸流，以為得哉？且其民專恃劫奪以為生，日尋仇釁以為事，貪利忘害，憫不畏死，滇、黔、粵、蜀之民，被其流毒者數百年；有良田而不知耕，有奇材而不知用，有寶藏而不知采，取其性情而不知廉恥，畏兵威而不知感懷，非獨稟質異人也，亦地之使然歟？曰：議改土歸流，正為是數端也。苗疆犬牙相錯於數省中，惟與四川、雲、貴毗連者，獨多膏肥之地，四隅準則幅員，幾及二千裏。籍戶口，區土地，扼險要，建城池，踞其險，彼失所恃，駐以兵，使有所憚，以地形言，宜改者一。峻嶺矗層霄，箐深穹百裏，輪囷大木，生自鴻荒，竹箭琅玕，一望蒼碧，此中土美利也，彼第視為薪蒸之物，不甚愛惜，苟能節取，則材木不可勝用，宜改者二。天地精英所聚，久則必宣，山川清淑之華，積而必發，苗鐵固推重一時，銅銀備國用，藥餌資養生，他省珍寶視之，彼民泥沙賤之，微其物產，亦少助庫，藏於微芒，宜改者三。至信可格，豚魚勝德，可感異物，苗雖頑，同是人耳，人同此心，心同此理，父兄亦知親，長上亦知戴，悉意撫綏，忍自甘化外哉！宜改者四。苗俗雖悍，苗情則直，官吏於正供外不取絲毫，亦知感戴之不能忘。醒趙翼知鎮遠府，貸穀出入如一，即滿路謳歌，有成效也。能數年潛移默化，詎天良之不發於中哉？宜改者五也。若夫不改之害，官司之威赫於疆吏，土目之暴正於官司，上征一，而土目取十取百，下供一，而土目先盈十盈百，一年四小派，三年一大派，小計錢而大計兩，苛斂之害，有如是者；殺人者死，常刑也，土民有罪被殺，其親族必輸數十金，謂之墊刀金，其他被冤者，不敢伸雪；被刑者，剝膚炙骨，慘酷之狀，口不忍言，其刑有如是者；良苗恒為土目魚肉，而悍苗為之爪牙，苦役則當之，美差則匿之，國家或大征召，檄及土司，撥充兵役者，皆良苗、富苗也，而悍苗且糾結奸民，從中生事，其弊端有如是者；喜慶恒事也，官司與土目有喜慶，民並竭資以供之，雖靡費不知惜，民若有事，則官司與土目主持之，竭力承奉而不知顧，甚至土司一娶子婦，則土民三載不敢婚，其難言之苦又如是。因其便，除其害，彼狃於積習者猥曰：未為得也哉？！
其實，早在明代，就有改土歸流的先例。永樂十一年，貴州土司思南、思州相仇殺，朝廷命顧成率兵五萬治亂，將原二宣慰司之地改設流官，宣慰廢。永樂十三年，普安安撫使慈長“謀為不軌”，乃改司為普安州，派流官統治。至明正統年間，便進行大規模改土歸流。正統三年，革貴州治古、荅意二長官司，以其地歸入銅仁府，置流官。正統八年，雲南鶴慶土知府高倫，以“私斂民財，多遺兵器，殺戮軍民，支解梟令”等罪伏誅，改設流官。成化十四年，雲南尋甸土知府安晟死後，因兄弟爭襲，遂改置流官。此後，僅雲南一地，即改縣以上土司二十六家。
雍正登基初年，麵對朝臣“改土歸流”動議，未動聲色。之後，曆數土司積弊奏折不斷，才稍稍鬆口，並囑：“不要好大喜功，要兼顧情、理、法三原則解決。”
皇上一鬆口，“改土歸流”急先鋒湖廣總督邁柱，署理湖北總督傅敏、湖廣巡撫馬會伯等，認為立功機會已到，對湖廣十八土司的“改土歸流”進行了周密部署。其一，為各土司王羅織罪名：或違命朝廷，或貧庸暴戾、或掠奪他土、或內亂不止等等；其二，製訂改土歸流後之區域歸屬；其三，物色流官；其四，製訂相關政策，保持“歸流”之穩定。
雍正四年，對桑植宣慰司實施“改土歸流”，設桑植縣；
雍正六年，對永順宣慰司實施“改土歸流”，分設永順、龍山兩縣；
雍正七年，對保靖宣慰司實施“改土歸流”，設保靖縣；
雍正十一年，對東鄉安撫司實施“改土歸流”，其地劃入恩施縣及宣恩縣；
雍正十一年，對忠建宣撫司實施“改土歸流”，其地劃入宣恩縣；