1961年初，曾任副總參謀長、國防科委副主任的陳賡大將要去上海療養，臨行前，周恩來找他談話，要他到上海後，尋找到董健吾，並幫助他安排好一切。2月2日，董健吾突然收到一份以國防部辦公廳的名義發來的通知，讓他晚上到錦江飯店對麵的那幢小樓去一趟。當時，這幢乳白色的小樓是一個神秘的地方，屬於軍事禁地。
董健吾剛到不久，門開了，一位佩帶大將軍銜的軍人，在市委書記柯慶施的陪同下走了進來，董健吾眼前頓覺一亮，啊！原來是和自己一起出生入死戰鬥過的戰友陳賡。他疾步上前，二人熱烈地握手，然後張開雙臂，再次緊緊地擁抱，激動得他眼中含滿熱淚。陳賡拉著他親密地擠坐在一起，也感慨萬千地說：“我這次是受中央負責同誌的委托來看望你的。唉，這麼多年過去了，我們都垂垂老矣。”兩位闊別十多年的會麵，驚喜交集，無話不談。
陳賡責備道：“你知道我在國防部，為什麼不來北京找我？寫封信總是可以的嘛！”其實董健吾心中也後悔多年來竟沒有動過與在中央工作的領導聯係的念頭，隻得半開玩笑半認真地說道：“不是我不想找你，而是你官做大了，怕找你不睬我，覺得高攀不上！”陳賡笑道：“不應該，不應該，你太過慮了！”
陳賡笑著對柯慶施說：“過去黨內有兩個怪人，一個怪人上山當和尚，我們把他找了回來（指許世友）；另一個就是他，進教堂當牧師，過了幾年牧師癮，現在又搖身一變，改行做醫生，這回才把他找到。”這一席風趣的話，把大家逗笑了。
臨行前，陳賡對董健吾說：“中央研究決定，你的生活費用由政府承擔，現在安心等候人民政府安排吧。”約一個星期之後，上海市委書記柯慶施告知董健吾：“每月按機關11級標準，發給生活費200元。由市委出麵，安排一次家庭會議，讓孩子們了解你的過去和現在。再分一處樓房，你妻子鄭蘭芳已經故去，就同孩子們共同居住，安度晚年。”董健吾表示領受國家11級幹部待遇之外，再不要房子了，依然居住於他的小屋裏。孩子們早已理解老父，所以也無需召開家庭會議。董健吾還向毛主席和黨中央表示，要再以晚年餘熱，為黨的事業再做些力所能及的貢獻。
“文革”中，董健吾被強加以“叛徒”、“特務”、“逃亡地主”等莫須有罪名，遭到批鬥、抄家和隔離審查，大字報貼到了他的病床前，就醫也被限製用藥，身心遭到了巨大摧殘。
1970年，斯諾再度訪華，又一次提出要見“王牧師”。但此時的董健吾已因晚期胃癌而臥於病榻，生命垂危。12月22日，鄧穎超直接與上海市委聯係，告訴斯諾求見“王牧師”一事。然而，對於已經進入彌留狀態的董健吾來說，搶救為時已晚……
1970年12月12日，我黨在隱蔽戰線上的傑出勇士、紅色傳奇牧師董健吾，在上海患病故去，終年79歲，安葬於上海龍華烈士陵園。他的英勇業績光載史冊，永遠鼓舞著革命後來人奮勇前進。
1979年，胡耀邦同誌抽調中央組織部三位同誌，以李芳文為組長，組成調查小組。經過一年多的長期、細微、縝密的調查，訪問了當事人、證人、當時的地下黨領導人，查閱了檔案資料，親自勘察毛氏兄弟曾經居住過的裏弄，最後撰寫了一份《毛岸英、毛岸青、毛岸龍在上海時的情況》的調查報告，為董健吾徹底平反。