改組廣華 拜見周公
1939年1月，國民黨在重慶召開五屆五中全會，提出“溶共、防共、限共、反共”的方針、政策，對國民黨統治區的中共地下組織和進步人士進行破壞迫害，擴充中統、軍統特務組織，設立集中營，加強囚禁和殺害共產黨員和愛國進步人士，掀起新一輪反共高潮，黨的地下組織遭到嚴重破壞。為此，南方局根據黨中央的指示，改變領導方式和鬥爭方法。清理整頓所屬各級黨組織，由公開、半公開狀態轉入地下秘密狀態，並且決定在西南大後方建立黨的第三線秘密機構。
1939年5月，中共江蘇省委書記劉曉和副書記劉長勝接到周恩來指示，要求在上海物色選拔合適人員到重慶建立黨的秘密工作機構，從事秘密交通、情報和經濟工作。劉曉經過審查和慎重考慮，認為上海的廣大華行經過多年的經營，業務發展迅速，業績突出，且在大後方建立了昆明分行和重慶分行，開辟了一條從上海經香港、海防到西南的交通運輸線路。以盧緒章為代表的創始人中有三人是共產黨員，在上海抗日救亡運動和建立“華聯同樂會”的過程中充分顯示了他們對黨的事業的忠心和高超的組織能力，於是決定派盧緒章到戰時首都重慶，以原有的廣大華行為掩護，以“資本家”身份在大後方工商界活動。為了更好地讓廣大華行服務於黨的事業，配合完成黨交給的新任務，在前往重慶任職之前，盧緒章決定對廣大華行進行全麵改組。
1940年6月16日，在上海廣大華行總部召開了廣大華行股份有限公司第一次股東大會，討論通過了廣大華行股份有限公司籌備情況、營業方針、公司章程、經營範圍。規定廣大華行的經營範圍在原來的醫療器械、西藥原料、西藥的基礎上增加五金材料、海陸運輸及其他進出口業務。股東大會還投票選出了盧緒章、楊延修、張平、田鳴皋、鄭棟林5人為董事，金少雲為監察人。6月22日，董事會召開了第一次會議，決定廣大華行股份有限公司在上海設立總管理處，下設上海、昆明、重慶三家分行開展經營服務，另設廣大華行海防辦事處和貴陽辦事處負責往來貨物運輸業務。董事會還做出決定，廣大華行集中資金管理，明確業務中心由上海轉向重慶。
1940年7月，盧緒章隻身離開上海，先後到達香港、昆明，向各分行和分支機構交代了相關事宜後，最後到達到重慶。在一個夏天的深夜，盧緒章跟隨自己的直接領導劉曉，到重慶紅岩八路軍辦事處與中共中央代表、南方局書記周恩來見麵。周恩來先向劉曉和盧緒章詢問了上海的有關情況，劉曉和盧緒章一一作了回答，盧緒章還向周恩來談到自己想直接上前線殺敵不想當“資本家”的想法。周恩來耐心開導，並且指示：“從今天開始，你們辦的廣大華行由南方局和我單線領導，廣大華行的黨員由你單線領導，不要再發展黨員，不允許與重慶地下黨組織發生橫的聯係。”
接著周恩來又給劉曉和盧緒章詳細講解了國內形勢和“隱蔽精幹、長期埋伏、積蓄力量、以待時機”的工作方針。他說：“你們必須領會‘隱蔽精幹’的意義，做到社會化，職業化。這是許多同誌以鮮血乃至生命換來的經驗教訓。我們過去有不少做地下工作的同誌，就因為沒有職業掩護，沒有社會地位，長年粥棚吃飯，客棧落宿，導致暴露，而且一旦被捕，無法利用用各種關係救援保釋，最後犧牲在敵人獄中。你們廣大華行已經有初步的社會地位，一定要做到不與左派人士在形式上過於接近和往來，不再發展黨員；在自己的父母妻子麵前，也絕不能暴露自己的政治身份。對外卻要廣交朋友，利用一切可以利用的社會關係作為掩護，使廣大華行這一秘密機構能長期保留下來，完成黨組織交給的各項特殊任務。”
這次談話一直談到雄雞報曉。當周恩來與盧緒章互道珍重時，周恩來用力地握著他的手再次叮囑道：“盧緒章同誌，工作環境險惡，你這個‘資本家’一定要當得像呀！當然又要在複雜的政治環境中，做到像八月的荷花，出汙泥而不染。與各方麵打交道、交朋友，一定要記住：出汙泥而不染，同流而不合汙。”
轉戰重慶 掌控廣華
上海、南京陷落後，國民黨政府各部門各機關陸續從南京遷到武漢，後又遷到重慶，東部沿海的工商業和文化教育機構也紛紛內遷到重慶、昆明、成都、貴陽等地，重慶成為臨時的政治、經濟、文化中心。
1940年，根據周恩來的指示，盧緒章來到重慶創建廣大華行重慶分行，在重慶市中心買下一塊地皮，修建起一棟兩樓一底的經營場地。經過數月的籌備，樓下建立了廣大華行的門市部，公司公開出售西藥和醫療器械，定名為重慶“廣大藥房”，聘請了當時的名醫唐性海和楊昌穀在藥房掛牌行醫。樓上則是重慶廣大華行的辦公室。1941年，重慶廣大華行正式開張，那天，公司門口車水馬龍，異常熱鬧，前來恭賀的人絡繹不絕，其中包括不少政府官員和社會名流。
為了做大廣大華行，盧緒章決定將已經返回上海的張平調去籌建廣大華行成都分行。張平在從上海返回重慶在香港逗留期間遇到了歐亞航空公司的老朋友，經過交流，雙方一拍即合，歐亞航空願意和廣大華行合作，組建新中貿易行，在香港、昆明兩地開辦分行，利用飛機運送廣大華行的貨物。新中貿易行成立後，先後組織了幾批西藥、醫療器械等貴重貨物的運送，效益很好。
1941年1月“皖南事變”發生，國共兩黨聯合抗日統一戰線麵臨崩潰，為了應付蔣介石隨時可能再一次發動類似“四?一二”的反革命政變，中共中央指示國民黨統治區的地下黨組織做好應付最嚴重的突發事變的準備，並督促周恩來等南方局重要幹部盡快撤回延安。周恩來坐鎮重慶指揮南方局撤退已經暴露的地下黨員和民主人士，重新安排所屬地下組織。以十八集團軍辦事處、《新華日報》社等公開機關為我黨在國民黨統治區的第一線機構；以各地一般地下黨組織為第二線機構；將盧緒章領導的廣大華行和類似廣大華行的秘密交通、情報機關作為南方局的第三線機構。一旦國共關係惡化，黨在白區的第一線公開機構可以立即撤退，第二線地下機構即使被破壞，第三線絕對秘密機構要保存下來，發揮作用，執行黨的各項秘密任務。中共中央對類似廣大華行這樣的機構要求更高，要求它們不僅僅是一個地下黨的秘密掩護機構，還要做在國民黨統治區潛伏最深的地下聯絡機構和經濟機構。在接到周恩來的秘密指示後，盧緒章加緊部署廣大華行完善在大西南的業務經營體係，以更好地完成黨的任務。
經過一年的努力，盧緒章等領導廣大華行先後建立和鞏固廣大華行重慶中心分行、重慶廣大藥房、廣大華行昆明分行、昆明中和大藥房、廣大華行成都分行、貴陽中美商行、香港新中貿易行等七八家由廣大華行直接控製和領導的企業，同時它們也成為共產黨員領導主持的地下黨秘密機構。周恩來親自領導廣大華行重慶中心分行的黨組織。盧緒章每隔一段時間都要到紅岩村彙報工作，聆聽指示，閱讀文件。廣大華行剛進駐重慶不久，周恩來指示要把已有的黨員組織好，不再發展新黨員。當盧緒章初步完成西南地區廣大華行經營體係後，周恩來又親自指示要在廣大華行正式成立獨立的黨組織。
在廣大華行逐步擴大經營的過程中，盧緒章與廣大華行的主要創始人田鳴皋在經營方麵出現了意見分歧，最後因為兩人經營理念不同，田鳴皋退出了廣大華行，盧緒章再次對廣大華行進行改組。到1941年底，廣大華行的黨組織和行政業務機構都已經改組完成，盧緒章全麵掌握了廣大華行的黨和行政領導權。
結交權貴 如魚得水
為了更好地為黨工作，盧緒章在重慶利用一切機會擴大社會交往，他把自己打扮成一個像模像樣的資本家，交往於國民黨的高官之中，與他們稱兄道弟，這些國民黨的黨政要員確實幫了盧緒章很多忙，起到了平常人替代不了的作用。
1942年春天，一位衣著講究、風度翩翩的中年男子徑直來到盧緒章的辦公室，滿臉堆笑地問道：“您就是盧緒章總經理吧？”“我是盧緒章，請問您找我有什麼事情？”盧緒章仔細打量這個未曾謀麵的客人。客人介紹到，他是昆明中和大藥房的董事長張軍光，也是中央儲蓄會昆明分會的經理。盧緒章立刻想起，楊延修多次跟他提到這個人，說這個人八麵玲瓏，交際甚廣，在國民黨軍統、中統裏都有很多朋友，貪圖小利，但很講義氣，對楊延修有過很大幫助，是個用得上的人。雙方一頓寒暄後，約好晚上在“廣東酒家”為張軍光接風洗塵，並要張帶上在重慶的好友。