在《寶坻政書》中，他倡導官員之間應該搞好團結，這在一個互相檢舉揭發，甚至誣告之風盛行的時代確實難能可貴。他用自己的崇高品德和卓越才學樹立起高潔的形象，今天依然受到寶坻人民的愛戴，人們為他設立紀念館，成立研究會，永遠紀念這位勤政愛民的清官。
萬曆二十年（1592），日本的實際統治者豐臣秀吉征伐朝鮮。應朝鮮求援，明朝派軍隊赴朝鮮救援。兵部右侍郎宋應昌“經略備倭事宜”，疏請袁了凡“讚畫軍前兼督朝鮮兵政”。“問關異域，功跡茂著”，“勳勞甚備”（《了凡雜著·序》）。八月，宋應昌受任經略為主師，袁了凡就隨他一起到關外遼陽，調兵籌餉，籌集各項軍需。因此說“軍書繁忙”。
十月之後，與提督主將李如鬆相繼率兵渡鴨綠江進入朝鮮。在“明萬曆朝鮮之役”中，袁了凡發揮了出色的軍事才能，調度軍糧，協調朝鮮方麵收集軍情，製定戰術，鞠躬盡瘁，對於擊敗日寇功不可沒。然袁了凡因仗義執言，曾當麵指出提督李如鬆有隙，後李如鬆兵敗，以十項罪名彈劾他（包括誣告他按兵不動，以及在寶坻時縱民逃稅等），導致袁了凡被迫停職返鄉。後來案情大白，朝廷為其平反了冤屈。天啟元年（1621），吏部尚書趙南星追敘袁了凡東征功勳，追贈尚寶司少卿。然而距了凡先生去世已過去了十五年的時間。
袁了凡因直言得罪上司，受人陷害，故罹此大難，這對國家而言可謂大不幸，因為由此失去了一位忠臣、能吏、廉官；然對其個人卻未必如此，以了凡先生的為人和個性，本不適合於此時險惡的官場，或許因此避免了此後更大的災禍亦未可言。正是因為這一次的無妄之災，他被迫返鄉歸隱，反而成就了他晚年的研究著述和慈善事業。
三、袁了凡晚年潛心著述及廣行善事
袁了凡是一個紮根於百姓的平民思想家，又是一個百科全書式的通才大家，他博學多才，一生著述近三十部，多達兩百餘卷，內容涉及天文、地理、水利、農藝、史學、文獻學、軍事學、教育學、數學、音樂、佛學、道教、命理、相術、風水等眾多領域，而且“莫不洞悉原委，撰有成編”，稱其為曠古奇才毫不為過。
民國時期蘇州弘化社版《袁了凡先生四訓》所附《袁了凡居士傳》中載：“先生博學尚奇，凡河洛、理數、律呂、水利、兵備，旁及勾股、堪輿、星命之學，無不精密研求，富有心得。有《兩行齋集》、《曆法新書》、《皇都水利》、《評注八代文宗》、《群書備考》、《手批綱鑒》行世。”乾隆《吳江縣誌》亦稱其“好奇尚博，凡河洛、象緯、律呂、水利、河渠、韜鈐、賦役、屯田、馬政，以及太乙、奇門、六壬、岐黃、勾股、堪輿、星命之學，莫不洞悉原委，撰有成編”。
其主要著作有《皇都水利考》、《評注八代文宗》、《祈嗣真詮》，為《四庫全書》存目。《趙田袁氏叢書》刊入《續修四庫全書提要》，還有《兩行齋集》、《曆法新書》、《寶坻政書》、《勸農書》、《春秋義例》、《論語箋疏》、《史漢定事》、《曆史綱鑒補》、《袁氏政書》、《袁氏易傳》、《群書備考》、《攝生三要》、《遊藝塾文規》、《遊藝塾續文觀》等。在上述著作中，《攝生三要》融彙道家、醫學思想，提出了聚精、養氣、存神攝生的三大綱要，提出了獨具特色的養生理論。《群書備考》是一部重要的文獻學著作，得益於他家中豐富的藏書。《遊藝塾文規》，對科場文體進行了總結。他所著的《曆法新書》涉及46種曆法，在科技史上也留有盛名。
此外，袁了凡還是方冊本《徑山藏》（即《嘉興藏》）刻印的最初提議者，時在萬曆元年（1573），然此倡議因當時條件不具備而未能實施，直到萬曆十一年（1583）袁了凡與法本將此事與高僧真可商量，才引起真可的注意，囑弟子密藏（道開）正式籌備藏經募刻之事。以往佛教大藏經均為梵筴本，不但印刷成本高，難以普及，而且經版均深藏於宮內，請印不易，為便於佛經流通，袁了凡才有了刻經之議。
袁了凡晚年還積極推動家鄉的慈善公益事業，他在嘉興倡導同善會，是嘉興四大善人之首，對民間慈善事業有推動之功。袁了凡與嘉善名人陳龍正的父親陳於王是同科進士，兩人情趣相投，常探討修德行義之舉，兩家還結為兒女親家。
崇禎年間，陳正龍在嘉善倡舉同善會，崇禎十四年（1641）又建立同善會館，作為經辦善業的常設機構和公所。同善會館是江南最早興起的民間慈善組織，是近代中國慈善組織的雛形，成為後來風行全國的鄉村慈善組織。袁了凡先生並不十分富有，但他常行布施。他的夫人亦溫淑賢惠，助夫成德，一直協助他完成所有的善行。
有一次她買了不少棉絮準備做棉衣，了凡說：“家中有絲綿，輕便而又保暖，何必再買棉絮？”夫人說：“絲綿貴，棉絮便宜，我想將家中絲綿換成棉絮，這樣可以多做棉衣施給買不起棉衣的人。”了凡聽後非常欣慰地說：“如果是這樣，就不愁我們的孩子沒有福祿了。”他的兒子袁儼，後來果然考中進士，擔任了廣東高要縣的知縣。袁了凡之後，袁家子孫為官者眾多，家族繁衍，興旺不衰。
袁了凡及其祖上五代曆盡坎坷，然而袁家從未對國家、對社會有一分抱怨和不滿，而是始終不渝以醫術濟世，以詩書傳家，以德行化天下，時機成熟則出而為官，護國利民，體現出中國傳統知識分子“窮則獨善其身，達則兼濟天下”的理想。清乾隆二年（1737）入祀魏塘書院“六賢祠”，受到世人的敬仰。