南宋大臣在朝見趙構之後，隻有秦檜留下麵奏。秦檜說：“臣僚們對議和畏首畏尾，首鼠兩端，這就不能夠決斷大事。如果陛下決心想講和，請專與我討論，不要允許群臣幹預。”趙構說：“我隻委派你主持。”秦檜說：“我恐怕有不方便之處，希望陛下認真考慮3天，允許我向您另作報告。”過了3天，秦檜又留在趙構身邊奏事，趙構想講和的思想已經很堅定了，但秦檜認為還沒有到火候，他說：“我恐怕別的方麵還有不方便，想請陛下再認真考慮3天，容我向您另作報告。”趙構說：“好吧！”又過了3天，秦檜就像前兩次一樣，獨自留在趙構身邊奏事。他清楚地確定了趙構堅定不移要講和之後，才拿出早已草擬好的向金的求和書，並聲稱不許群臣幹預。
我們從秦檜和趙構的對話中可以看得出，趙構已經完全被秦檜抓在手裏了。紹興九年（公元1139年），秦檜不顧趙鼎、胡銓、韓世忠、張浚、王庶、嶽飛、李綱等反對議和的上書，與金簽訂了第一個宋金和約。趙構怕事，裝病躲進宮中，由秦檜代行皇帝職權，跪拜在金使麵前，簽字畫押。從此，秦檜在朝廷中的身價提高了，宋金戰和問題開始由他左右。
◎ 陷害嶽飛 誅戮忠良
秦檜是中國曆史上最著名的小人，在他所做的所有壞事中，最廣為人知，也最令人痛恨的一件事就是陷害忠良嶽飛。宋金第一個和約簽訂不到一年，金統治集團內部就發生了政變，對南宋主張用誘降講和策略的撻懶被殺，宗弼（兀術）上台。紹興十年（公元1140年），金撕毀和約，以宗弼為統帥，揮師直取河南、陝西。南宋抗金將領嶽飛、劉琦在人民群眾的支持下，痛擊金兵，開創了一個大好局麵。金兵將校紛紛準備投降，甚至素以狡猾剽悍著稱的金帥烏陵思謀，也控製不了部下，隻能下令待嶽家軍到即降，金將軍韓常更是想以五萬騎兵歸附。嶽飛看著勝利的形勢，非常高興，對部將們說：“直抵黃龍府（今吉林農安，女真族根據地），與諸公痛飲耳！”嶽飛正待不日渡河，而秦檜卻命嶽飛退兵，秦檜想把淮河以北的土地送給金朝。
嶽飛報告朝廷說：“金人銳氣喪失，氣節敗壞，把裝備糧草全部丟棄，疾走渡河。而我軍將士聽命效勞，所向披靡。時不再來，機難輕失。要求乘勝進軍。”秦檜深知嶽飛抗金意誌不可奪，就先撤回張浚、楊沂中的軍隊，而後說嶽飛孤軍不可久留，嚴令迅速退兵。趙構、秦檜一天之內連下12道金字牌，緊催嶽飛撤軍，嶽飛憤慨惋惜地哭著說：“十年之功，廢於一旦！”忍痛下令退兵。人民攔馬痛哭，嶽飛悲泣。以趙構、秦檜為代表的南宋投降派是實權派，他們既擔心抗金戰爭的順利發展會激起女真貴族的不滿，也憂慮嶽家軍的迅速壯大會威脅他們的統治地位，因此，勝利在望之際，迫令嶽飛撤退。
紹興十一年（公元1141年）四月，秦檜唯恐重要將領難以駕馭，就想法收回他們的兵權，以掃除不利於他投降活動的障礙。秦檜密奏召三大將韓世忠、張浚、嶽飛入朝，“論功行賞”。三將到臨安後，韓世忠、張浚被任命為樞密使，嶽飛為副使。明升官職，實解兵權。同時還撤銷了專為對金作戰而設置的三個宣撫司。
宗弼得知秦檜解除三大將兵權、自毀長城的消息後，就乘機一再對南宋進行軍事威脅。他通知趙構說，金國各路大軍將水陸並進，南下問罪，如肯順降，須以淮水為界，把淮水以北的土地和人民割讓給金國。同時，金朝派人指使秦檜，必須殺掉抗金戰爭中最出力的嶽飛，才可議和。
紹興十一年（公元1141年）九、十月間，秦檜派諫官萬俟炆收集偽證，組織供詞，羅織罪名，又串通張俊，收買、勾結嶽家軍重要將領張憲的部將王貴、王俊等人，誣告張憲欲據襄陽為變，以謀恢複嶽飛兵權。張憲遂被捕入獄，嶽飛、嶽雲父子也被送到大理寺（南宋最高審判機關）。嶽飛被捕後，秦檜加緊進行投降活動。十一月，宗弼派蕭毅到臨安，提出“劃淮為界，歲幣銀絹各二十五萬，割唐、鄧二州”為議和條件。這就是宋金第二個和約，史稱“紹興和議”。
和約簽訂後，秦檜按照女真貴族的意圖，變本加厲地迫害嶽飛等人。嶽飛被捕已兩月有餘，“罪狀”還沒編造好。一天，秦檜獨居書室，吃著柑子，並用手指劃柑皮，若有所思。秦檜妻王氏素來陰險，看見秦檜的動作就訕笑著說：“老漢怎麼一直沒有決斷呢？捉虎容易，放虎難哪！”秦檜聽懂了王氏的意思，便寫了一張小紙片送給獄吏。嶽飛當天就死在獄中，嶽雲、張憲被殺於市，這一天正是紹興十一年十二月二十九日（公元1142年1月27日）。
秦檜深恨嶽飛。因為嶽飛曾多次聲稱和議失策，而且上書趙構要求製定國家大政方針，這都與秦檜的投降政策相違背，所以秦檜總想殺掉他。嶽飛被捕，有正義感的臣民憤憤不平。嶽飛被害前，韓世忠十分氣憤，質問秦檜：“嶽飛父子究竟犯了多大罪，事實如何，有什麼證據？”秦檜說：“莫須有。”韓世忠說：“‘莫須有’三字，何以服天下？”這時韓世忠已被罷免樞密使之職，他滿腔憤懣，隻得騎驢載酒繞西湖了。嶽飛被害後，家屬流放嶺南，被株連者或坐牢，或流放，或死於獄中。相反，凡跟著秦檜陷害嶽飛的，都各有升遷。