李世民雖然對宗室嚴加注視，但即位後依然受到起兵威脅。一位是他的叔父幽州都督李瑗，另一位是賜姓李的隋末降將、駐守涇州的羅藝。這兩次兵變雖然很快平定，但多少在統治者心底留下陰影。李幼良事件大約發生在這兩次兵變之後，故此唐太宗的處理手法，也不為奇。事實上，這並不是最後一次出現的起兵事件。同年年底，利州都督李孝常和右武衛將軍劉德裕等因被指控謀反而被殺。貞觀十七年齊王李祐起兵失敗，是另一個例子。
由此可見，南北朝那種有機會就試圖建立本身政權的風氣，依然存在於初唐的一些統治階級，特別是皇室中。掌權者因此不得不時刻加以防範。特別在權力交替之際，最怕有人趁機謀反。因此，高宗認為，在自己多次違反元舅的意圖乃至與整個關隴貴族為敵的情形下，長孫無忌有謀反的可能，於是就相信許敬宗的話了。但高宗不忍按謀反的法律處理這位立過大功、輔佐他六年的舅父，他哭著說：“舅舅如果真是如此，朕決不忍心殺他。否則天下將說朕什麼呢！後代們又會說朕什麼呢！”這時，許敬宗見高宗已經相信了，又怕高宗真的心一軟，放過了長孫無忌，就進一步說道：“薄昭，漢文帝之舅也，文帝從代王的位置做到皇帝，薄昭立有大功。後來薄昭犯罪，隻是因為殺了人，漢文帝法不阿私，讓百官穿著孝服，哭著殺了他。至今天下人都以漢文帝為明主。今長孫無忌忘記兩朝之大恩，謀奪社稷，其罪不知比薄昭要大多少倍。所幸的是奸狀自己暴露了出來，逆賊自己招供了，這還有什麼可疑慮的？古人說：當斷不斷，反受其亂。安危就在一刻之間，一絲一毫也不能錯過。長孫無忌乃是今日之奸雄，是王莽、司馬懿之流，陛下稍有一點耽擱，臣怕變亂就會馬上發生，後悔都來不及啊！”
一連串煞有介事的理由和聳人聽聞的後果，最終使高宗的精神陷於崩潰。由於對叛逆陰影心懷恐懼，他沒有勇氣把舅舅叫來當麵問個明白，一切都交由許敬宗處置。一起不明不白的重大謀反案的主犯，就得以這樣了結：長孫無忌被削除太尉及封邑，以揚州都督身份安置到黔州（今四州彭水），仍按一品大臣的待遇供給飲食，每日細白米二升，粳米、梁米各一鬥五升，粉一升，油五升，鹽一升半，醋三升，蜜三合，粟一鬥，黎七顆，酥一合，幹棗一升，木橦十根，炭十斤以及不同數量的蔥韭豉蒜薑椒之類，每月還給羊二十口，豬肉六十斤，魚三十尾，酒九鬥。高宗想讓這位至親長輩靠著這優厚的待遇安度晚年。
長孫無忌一垮，關隴集團的支柱就倒了。根據武後意旨，許敬宗將長孫無忌之案推而廣之，開始了對關隴集團的最後一次掃蕩。隻用了一個多月，就貶逐了一大批關隴集團的官員。許敬宗上奏：“無忌謀逆，由褚遂良、柳奭、韓瑗構扇而成，奭仍通宮掖，謀行鴆毒，於誌寧亦黨附無忌。”關隴集團的另一重要人物於誌寧，因為在立梁王為太子時出過力，後在立武後的爭議中又不說話，盡管當了冊後副使，又任太子太師，但也被加上黨附無忌的罪名，免去了他太子太師、同中書門下三品的職務，武後害怕這個關隴集團中地位極高、又有聲望的人留在朝中會有不利。於是已經去世的褚遂良被削官爵，柳奭、韓瑗除名，於誌寧免官。
關隴集團的子侄輩也沒能幸免。長孫無忌的兒子、秘書監、駙馬都尉長孫衝等被除名，流放嶺南；長孫無忌的堂兄弟長孫知仁，也被貶到冀州為司馬；族子、駙馬都尉長孫詮，也流放到今四川西昌一帶，不久便被迫自殺；長孫無忌的表兄弟、高士廉的兒子高履行受牽連，由益州長史貶為洪州（今江西南昌）都督，不久又貶為永州（今湖南零陵）刺史。時任涼州刺史的趙持滿，是長孫詮的外甥、韓瑗的內侄，許敬宗生怕他在西涼造反，將其快馬召至京師，下獄拷訊，但他始終不招，終以謀反罪被殺。
一個朝臣如果遠離了首都，遠離了皇帝的視野，他的安全就得不到保證。七月，許敬宗會同李勣、辛茂將和剛上任的兩個宰相——兵部尚書同中書門下三品任雅相、度支尚書同三品盧承慶一起複審長孫無忌謀反案，並派已升任中書舍人的袁公瑜等人到黔州去取證。袁公瑜向長孫無忌取得株連別人的供詞，被長孫無忌嚴詞拒絕。袁公瑜就對長孫無忌說：“你為什麼不自縊身死來謝罪呢？你死以後，我總會想辦法在你的供詞上替你簽名的。”長孫無忌無可奈何，自縊身死。袁公瑜又去找韓瑗，想如法炮製，但獲悉韓瑗已死在貶所。他特意打開棺材，驗明正身才回京。同時被殺的還有長孫祥、長孫恩、柳奭等人。