7．分析時間：分析時間包括孵育時間、延遲時間、監測時間等，選擇不同的分析方法應選擇相應的分析時間。
(1) 孵育時間：選擇終點法時設置，在一點終點法是樣品與試劑混勻開始至反應終點為止的時間，在兩點終點法是第一個吸光度選擇點開始至第二個吸光度選擇點為止的時間。在設置孵育時間時，有些分析方法要特別注意，如選擇溴甲酚綠法測定人血白蛋白時，由於血清中αL-球蛋白、轉鐵蛋白等也可與溴甲酚綠呈色，盡管其反應速率較白蛋白為慢，但是實際上當血清與白蛋白混合時，“慢反應”已經發生，因此為減少非特異性結合反應，應在溴甲酚綠與血清混合後30s讀取吸光度。當選擇酶法的Trinder反應測定葡萄糖、總膽固醇、甘油三酯時，由於37℃酶反應較慢，因此必須測定這些酶試劑反應達到終點的時間，自動分析儀用試劑盒一般可以在全部加樣後5min內反應完全，所以應選擇分析儀的最大反應時間。
(2) 延遲時間：選擇連續監測法或兩點終點法時設置，即在樣品與反應試劑（第二試劑）混勻開始至第一個吸光度選擇點之間的時間。在連續監測法過程中，當酶與底物混合後需要一定的時間讓酶激活，直至線性反應期才能開始監測，有的項目需要用工具酶將內源性代謝產物耗盡，消除幹擾。一般單試劑法隻需要30s，常用項目中穀氨酸氨基轉移酶、天冬氨酸氨基轉移酶需要特別注意，但是對於雙底物反應或需要輔酶參與者，通常為1～3min。
(3) 監測時間：酶促反應延滯期後，在過量底物的存在下，反應速率加快並達到穩定的階段，即酶促反應以恒定的速率進行，不受底物濃度的影響，這段時間稱為線性反應期或零級反應期，自動生化分析儀的監測時間即為此期。連續監測法在零級反應期至少應監測90～120s或至少4點（3個ΔA），少於3個ΔA不能稱為連續監測法，因為不能計算線性度；監測時間過長則容易發生底物耗盡，可測範圍變窄。
8．計算因子（F值）和實測F值：用連續監測法進行酶活性測定時，不需作標準管或標準曲線，根據摩爾吸光係數很容易進行酶活性濃度的計算。先測定在線性範圍內每分鍾吸光度的變化（ΔAbrmin），以UbrL代表酶活性濃度時，則可按下式進行計算：
UbrL，t℃=△Abrmin×F==△Abrmin×V×106br(ε×V×L)
式中V：反應體係總體積（ml）；106：將mol換算成μmol；ε：摩爾吸光係數（Lbrmol·cm）；v：樣品體積（ml）；L：比色杯光徑（cm）。
當條件固定時，從理論上講，V、v和L均為固定值，ε值為常數，所以F值是恒定的。F值對酶的測定十分重要，過高雖然測定的線性較寬，但重複性差，反之精密度雖好，但檢測線性窄，因此應根據實際情況進行合理的設置和應用。但是在臨床實際工作中，儀器諸多因素如波長的準確性、半波寬的大小、比色杯光徑及磨損與清潔度、溫控的準確性、加樣係統狀況等若不符合要求或發生變化都會影響指示物的ε值或上述公式中的相關項，因此應在具體儀器條件下，定期檢查和實際測定指示物的實測ε值和F值。因為純NAD（P）H溶液不穩定，所以NAD（P）H的ε值需用葡萄糖己糖激酶法實測，實際操作為將某一濃度的葡萄糖溶液重複5～10次測定，得到相應的一組吸光度A值，求出A±s，注意s必須低於規定的批內允許值，再根據下麵兩個公式分別計算出NAD（P）H的實測ε值和F值：
ε=AVbr(C×L×v)
F=106×Vbr(ε×v×L)=106×CbrA
式中C為標準液濃度（molbrL）。其他一些色素源指示物在不同的介質環境中，其ε值會發生程度不等的變化，對5-硫代-2-硝基苯甲酸、對硝基苯酚、對硝基苯胺等這些可得到高純而穩定的指示物，可將其配製在一定的介質中，按臨床標本用的現場試劑和儀器測定吸光度求實測ε值及F值。
9．線性度：是非線性比率的界線，常用%表示，其計算公式為k1-k2k3×100%，式中：k1為連續監測時間2br3內前讀數時間的斜率，k2為後2br3讀數時間的斜率，k3為總的斜率，一般設置為15%。對一些酶活性項目，可以適當放寬，當不需要設置檢查界限時，設置其為0。線性百分數大，說明Δk之間已不成線性；超過極限值說明底物不足，檢測結果會變低，應稀釋後重測。
10．底物耗盡限額：選擇連續監測法或兩點終點法時設置，不同型號分析儀的設計不一樣，有的為零點與監測第一點吸光度的差額，有的為吸光度上升或下降至指定吸光度（MAX-ODbrMIN-OD）的數值。超過限額說明樣品的酶活性非常高，底物消耗太快，在儀器程序規定的線性反應期內吸光度的變化往往不代表真正的酶活力，導致結果偏低，該樣品應稀釋一定的倍數重新測定。此參數對於采用負反應分析酶活性的方法甚為重要，下麵以丙氨酸氨基轉移酶為例簡述設置MIN-OD的步驟，選擇一份高活性酶的混合血清，用生理鹽水稀釋，得到一組從低濃度至高濃度的丙氨酸氨基轉移酶溶液，把這一組溶液按儀器設定的程序進行測定，並打印出反應曲線，從曲線中可以發現當酶活力達到一定臨界濃度時，該臨界濃度的反應曲線在連續監測時間內成線性，但是在監測時間後成非線性，即連續監測時間的最後一個讀數點正好是線性與非線性的臨界點，所以該點的吸光度是在連續監測時間內酶促反應沒有發生底物耗盡時所能達到的最小吸光度值，這個最小吸光度值也就是MIN-OD。當酶活力高於上述臨界濃度時，反應曲線在連續監測期內已不呈線性反應，有些儀器自動選擇彈性速率功能，能自動選擇反應曲線上連續監測期內仍呈線性的吸光度數據計算結果，使酶活性測定的線性範圍得以擴大，可以減少稀釋及重測次數、降低成本。
11．試劑吸光度上限、下限：試劑吸光度上限為正向反應用，可參考試劑盒說明書數值折算成所用比色杯的光徑。如試劑盒要求上限為0．4，比色杯光徑0．6cm，則試劑吸光度上限設置為0．24。試劑吸光度下限為負向反應用，設置法同試劑吸光度上限。每種試劑都有一定的空白吸光度範圍，試劑空白吸光度的改變往往提示著該試劑的變質，此時應更換合格試劑。