(1)終點法：又稱為平衡法，是基於反應達到平衡時反應產物的吸收光譜特征及其對光吸收強度的大小對物質進行定量分析的一類方法，有一點終點法和兩點終點法兩類。一點終點法的特點是使用一種或兩種試劑，當待測物與試劑反應達到終點時，測定混合溶液的吸光度來計算待測物的濃度，該法常用的有總蛋白雙縮脲法、白蛋白溴甲酚綠法、葡萄糖氧化酶法等，手工操作的大多數方法都是一點終點法。兩點終點法也稱固定時間法，如果是單試劑分析，當測定波長同幹擾物質的吸收光譜有重疊時，通過選用兩點終點法可消除樣品空白引起的幹擾，其分析過程是在樣品與試劑混合後經過一段延滯期讀取一個點A1，一定時間後再讀取A2，然後比較標準和測定的ΔA（ΔA=A2-A1）值，求得待測物的濃度。肌酐苦味酸法就是一個典型的單試劑兩點法的例子。如果是雙試劑分析，選用二點終點分析法除了可消除樣品空白引起的幹擾外，還可消除內源性幹擾物質的幹擾，其分析過程是加入試劑1後讀取A1，加入試劑2後讀取A2，A1相當於讀出樣品空白值，A2才是實際呈色反應，然後比較標準和測定的ΔA（ΔA=A2-A1）值，求得待測物的濃度。為了提高終點法檢測的準確性，選擇該法時應設置終點法零點讀數、樣品空白等兩個分析參數，前者是在反應前即開始讀數，可以扣除反應前試劑和樣品混合液的空白讀數；後者是樣品加空白試劑所得到的吸光度，反應需要占用一個比色杯。
(2)連續監測法：又稱動態分析法、速率法等，基本原理是在酶促反應的最適條件下，用物理、化學或酶促反應的分析方法，在反應速度恒定期（零級反應期）內連續觀察和記錄一定反應時間內底物或產物量的變化，以單位時間酶反應初速度計算出酶活力的大小和代謝物的濃度。具體方法有兩點速率法和多點速率法：兩點速率法是通過觀察在零級反應期內兩個時間點的吸光度，用兩個點的吸光度的差值（ΔA）除以時間（min），計算出每分鍾的吸光度變化值；多點速率法是在零級反應期內每隔一定時間（2～30s)進行一次監測，連續監測多次，求出單位時間內的反應速度，這種方法又可分為最小二乘法、多點δ法、回歸法、帶速率時間法等。該法具有明顯的優點就是大大提高了分析速度和準確性，主要適用於酶活性及其代謝產物的測定。在連續監測法過程中，即使不加樣品，試劑中的底物也會自動降解得到一個結果，因此應設置試劑空白速率，不同批號試劑的試劑空白速率不一樣，其值為以水代樣品測得的項目結果，樣品測定結果應扣除試劑空白速率的數值。
(3) 比濁法：自動生化分析儀一般隻能做透射免疫比濁分析，當光線通過一定體積的含免疫複合物的溶液時，由於溶液中存在的抗原—抗體複合物粒子對光線的反射和吸收，引起透射光的減少，測定的光通量和抗原抗體複合物的量成反比。它常用於終點法測定，目前主要用於血清特種蛋白的檢測，如載脂蛋白、微量蛋白、急性時相反應蛋白、免疫球蛋白以及某些藥物監測等。但是如果樣品中待測抗原濃度過高，抗原與抗體形成的免疫複合物分子將會變小，而且易發生解離，使濁度反而下降，因此免疫比濁分析過程中必須設置前區檢查，比較分析過程中後兩個讀數點的差別，如果後一點比前一點的吸光度低，則表示抗原已過剩，應將樣品稀釋後重測。
3．反應溫度：自動生化分析儀通過溫度控製係統保持溫度恒定，以保證反應的正常進行，其保持恒溫的方式有三種：幹式恒溫器加熱、水浴式循環加熱、恒溫器循環間接加熱。恒溫控製器可以對25℃、30℃、37℃三種溫度進行恒溫，根據需要可以任意選擇，半自動生化分析儀恒溫器屬於這種。全自動生化分析儀的溫度控製器一般隻能控製37℃一種溫度，少數也可以控製30℃和37℃兩種溫度。
4．反應波長：當測定體係中隻有一種組分或混合溶液中待測組分的吸收峰與其他共存物質的吸收波長無重疊時，可選用單波長，如果待測物質有幾個吸收峰，可選用吸光度最大的一個波長，或者選擇在吸收峰處吸光度隨波長變化較小的某個波長。當被檢溶液混濁或存在較多的幹擾物質時，測定過程中會出現光散射和非特異性光吸收，從而影響測定結果的準確性，此時可用雙波長甚至多波長測定，以提高測定結果的準確性，而在實際應用中選擇輔助波長主要用於消除脂血、溶血、黃疸的幹擾。由於脂質、血紅蛋白、膽紅素在較寬的波長範圍內有較強的光吸收，常常同測定波長有重疊，此時測得的吸光度包含待測物質的吸光度和幹擾物質的吸光度，因此必須選用合適的輔助波長來消除幹擾物質的吸光度。輔助波長的設置原則是根據測定波長選擇輔助波長，要求幹擾物質在測定波長同輔助波長有相同的吸光度。
5．反應方向：有正向反應和負向反應兩種，反應過程中吸光度增加為正向反應，吸光度下降為負向反應。
6．樣品量與試劑量：樣品與試劑量的確定一般按照試劑說明書上的比例，並結合儀器的特性進行設置，亦可根據手工法按比例縮減或重新設計，但要考慮到檢測靈敏度、線性範圍，盡可能將樣品稀釋倍數大些，以降低樣品中其他成分的影響。在樣品與試劑量的設置過程中主要應注意以下幾個方麵：①稀釋水量，添加樣品稀釋水的是為了洗出黏附在采樣針內壁上的微量血清，減少加樣誤差，添加試劑稀釋水是為了避免試劑間的交叉汙染，兩種稀釋水的量應在複溶試劑時按比例扣除。如果采用液體試劑盒時因不再用水，無法扣除稀釋水量，所以兩種稀釋水應盡量減少，以免試劑被過量稀釋。②最小樣品量，即分析儀進樣針能在規定的誤差範圍內吸取的最小樣品量，隨著技術的不斷改進，儀器的最小樣品量逐漸減小，目前有少至1．6μl的。在樣品含高濃度代謝產物或高活性酶濃度的情況下往往需采用分析儀的最小樣品量作為減量參數，從而使儀器的檢測範圍上限得以擴大。③總反應容量，在不同的分析儀有一個不同的規定範圍，在設置的時候樣品量和試劑量之和不能超過這一範圍。該值受儀器的光路係統所影響，直射式光路由於光束較寬，難於減少所測試反應液體積，集束式光路則是通過一個透鏡使光束變窄，可檢測低至180μl的反應液混合體積，近年來又出現了點光源技術，它的光束更小，照射到樣品杯時僅為一個點，可使反應液的量降至120μl。④試劑量br樣品量比值，不要為節省試劑而過分地減少試劑用量，因為在終點比色法中，縮小試劑量br樣品量比值會降低線性範圍，遇高濃度樣本會因試劑量不足而使結果偏低。