同一綱中一切生物的親緣關係有時用一株大樹來表示。達爾文認為這種比喻是很符合實際情況的。綠色的，發芽的小枝可以代表現存的物種，數年前生長出來的枝條相當於長期連續的絕滅物種。在每一生長的時期中，一切生長著的小枝都向各方生出嫩枝，而且試圖遮蓋並弄死鄰近的嫩枝和枝條，物種和物種群在巨大的生活鬥爭中，隨時都在戰勝其他物種。巨枝先分為大枝，再逐步分為更小的枝，當樹幼小時，它們都曾一度是生芽的嫩枝。這種舊芽和新芽由分枝來相連結的情形，可以代表一切現存物種和絕種物種。當這株樹還僅僅是一株矮樹時，在許多茂盛的小枝中，也許隻有兩個或三個小枝被保留下來，成長為現在的大枝，並且負荷著其他的枝條，生存在久遠的地質時代的物種也是這樣，它們之中隻有少數物種遺留下現在還活著的變異了的後代。從樹開始生長的時候起，許多巨枝和大枝都已經枯萎而且脫落了，這些枯落了的、大小不等的枝條，可以代表那些沒有現存代表的、已成為化石狀態的全目、全科及全屬。作者解釋說，正如我們在某些地方看到的，一個細小的枝條從舊樹枝的廢墟上生出來，並且由於某種偶然機會，至今還在頂端生長著那樣，有時我們看到如鴨嘴獸或肺魚之類的動物，它們在某種程度上由親緣關係把生命的兩條大枝聯絡起來，並由於生活在有蔭庇的地點，便從致命的競爭裏得到幸免，如果由於生長而生出新芽，這些新芽如果健壯，就會分出枝條遮蓋和壓倒四周許多較弱的枝條。所以達爾文認為，這巨大的“生命之樹”在其傳代中也是這樣的，這株大樹用它的枯落的枝條填充了地殼，並且用它的分生不止的美麗枝條遮蓋了地麵。
作者指出，一切生物是依照兩個大法則即“模式統一”法則和“生存條件”法則形成的。模式統一是指我們在同綱生物裏看到的，與生活方式毫無關係的構造上的基本相似。按照作者的理論，模式的統一可以用起源的統一來解釋。因為自然選擇或者是依據現在使各生物的變異部分適應於有機的和無機的生存條件而發生作用，或者是依據它們在過去的時代的適應情況而發生作用，而且在許多情況下器官是否經常使用也對適應產生影響。而器官本身又受到外界生活條件的直接影響，並且在任何情形下都受到生長和變異的各種法則的支配，因此，“生存條件法則”實際上是比較高級的法則。因為通過以前的變異和適應的遺傳，它把“模式統一法則”包括在內了。
按照自然選擇學說，一定有無數的中間類型曾經存在過，這些中間類型以微細的級進把每一群中的一切物種聯結在一起，這些微細的級進就像現存變種那樣，因此我們可以問：為什麼我們沒有在我們的周圍看到這些聯結的類型呢？為什麼一切生物並沒有混雜成不能分解的混亂狀態呢？關於現存的類型，我們應該記住我們沒有權利去希望（除了稀少的例子以外）在它們之間發現直接聯結的連鎖，我們隻能在各個現存類型和某一絕滅的、被排擠掉的類型之間發現這種連鎖。如果一個廣闊的地區在一個長久時期內曾經保持了連續的狀態，並且它的氣候和其他生活條件從被某一個物種所占有的區域逐漸不知不覺地變化到為一個密切近似物種所占有的區域，即使在這樣的地區內，我們也沒有正當的權利去希望在中間地帶常常找到中間變種。因為我們有理由相信，每一屬中隻有少數物種曾經發生變化，其他物種則完全絕滅，而沒有留下變異了的後代。在的確發生變化的物種中，隻有少數在同一地區內同時發生變化，而且一切變異都是逐漸完成的。作者闡明，起初在中間地帶存在的中間變種大概會容易地被任何方麵的近似類型所排擠，因為後者由於生存的數目較大，比起生存數目較少的中間變種一般能以較快的速率發生變化和改進，結果中間變種最後就要被排擠掉和消滅掉。
世界上現存生物和絕滅生物之間以及各個連續時期內絕滅物種和更加古老物種之間，都有無數連結的連鎖已經絕滅。按照這一學說來看，為什麼在每一地質層中沒有填滿這等連鎖類型呢？為什麼化石遺物的每一次采集沒有為生物類型的逐級過渡和變化提供明顯的證據呢？雖然地質學說的研究毫無疑問地揭露了以前曾經存在的許多連鎖，把無數的生物類型更加緊密地連結在一起，但是它所提供的過去物種和現存物種之間的無限多的微細級進並不能滿足這一學說的要求？作者說這是反對這一學說的許多異議中的最明顯的異議。還有，為什麼整群的近似物種好像是突然出現在連續的地質諸階段之中呢？雖然我們現在知道，生物早在寒武紀最下層沉積以前的一個無可計算的極古時期就在這個地球上出現了，但是為什麼我們在這個係統之下沒有發見巨大的地層含有寒武紀化石的祖先遺骸呢？因為，按照這個學說，這樣的地層一定在世界曆史上的這等古老的和完全未知的時代裏，已經沉積於某處了。