S→R（得出結論，即S適用R的法律效果）
證據證明的事實（D1、D2、D3……）構成特定案件的要件事實，這一步驟需要從生活事實上升為規範事實，並且要通過證據來作為中介，使得案件事實得到證明。在這一步驟中，最為重要的是證據的證明效力問題，在法學方法的研究中很難對此作出統一的論述。當然，這一過程也並非決定性、一次性的。在具體訴訟過程中，在當事人證明了法官要求其證明的事實之後，法官可能會改變開始選擇的大前提，提出新的待證事實，或者認為還有其他事實與大前提有關，需要當事人補充證明，這時當事人就又要依靠證據規則，證明相關事實，以滿足司法三段論中對小前提的要求。
在前述“租房糾紛案”中，我們已經探討了這兩種事實的聯係和區別，這兩種事實所指向的對象也許是唯一的、共同的，但方法、視角不同。作為一個法律人，僅僅掌握證據規則，也許可以準確地認定案件事實，但未必能夠充分發現適用法律大前提所需的案件事實。如果我們不能掌握通過方法論認定事實的方法，也許可以相對準確地還原案件本來麵貌，但卻無法準確地適用實體法，得出公正的裁判結果。為此，我們需要在法律上區分小前提的法律事實與依據證據規則證明的事實。筆者認為，兩者之間存在如下區別：
第一，關於真實性判斷的效果不同。運用證據規則證明事實，其主要目的在於發現真相、還原真實。當我們在適用法學方法論獲得法律適用結果的時候，首先要假定作為適用基礎的小前提的真實性。證據規則確定的是當事人的請求和抗辯是否存在客觀事實依據，客觀事實依據是通過證據來證明的。隻要確定了事實的真實性，就完成了證據法上的證明過程。但是，這種事實究竟能夠產生什麼樣的法律效果，是否導致責任的發生或不發生，這是證據規則所不可能解決的問題。在司法三段論中，即便事實是真實的，如果其不能與某個特定的法律規則相連接，也不能產生相應的法律後果。在訴訟中，即便假定原告主張的事實是真實的，也可能無法滿足原告的訴訟請求，因為這些事實是否能夠與法律相聯係，並產生相應的法律後果，還需要進一步探討。
第二，關於是否需要對事實進行整理的區別。證據規則本身並不考慮事實是適用法律中的小前提。證據法所要解決的問題是，爭訟的事實是否存在。至於該事實將引發何種法律後果，該法律事實將進行何種推理論證，以及從該事實中是否應當認定當事人承擔某種責任，這些不是證據法所要解決的問題，而是方法論所涉及的內容。例如，乙給甲留一個便條，上書“今領到人民幣壹萬元”。甲據此認為乙欠其1萬元，同時甲也證明雙方具有借款的相關事實，但乙提出抗辯，稱雙方之間並非借款關係，而是委托代理關係，他從甲處領到的1萬元是代理報酬和費用，並且也提出了一些事實。雙方圍繞各自主張和抗辯提出的事實，在證據法中都應當經過舉證、認證和質證的程序才能夠加以認定。但是，經過這些證據程序所確定的事實，仍然不能夠直接認定為是小前提，並且與某個大前提相連接。方法論上探討的事實是要件事實，它不是簡單地尋找和發現客觀真實，而是要依據實體法規則進行事實的判斷、確定。在上例中，法官就是要判斷“今領到人民幣壹萬元”的便條究竟是符合借款關係的構成要件還是委托代理關係的構成要件，在這個過程中，實際上要對事實進行仔細的甄別，並通過借款合同或委托合同成立的要件、效力進行判斷，這個過程就是方法論意義上的事實整理過程。所以，拉倫茨教授指出，在方法論上，“在無限多姿多彩，始終變動不居的事實之流中，為了形成作為陳述的案件事實，總是要先作選擇，選擇之時，判斷者已經考量到個別事實在法律上的重要性” （〔德〕卡爾·拉倫茨：《法學方法論》，陳愛娥譯，北京，商務印書館，2003，第160頁。）。法官的任務主要是確定與最終裁判有關的所有案件事實，換言之，是程序法上認為有意義的所有案件事實。所有經由證據規則的案件事實認定，是一個去粗取精的過程。而經過小前提判斷而認定的事實，則是已經完成精裝修的房屋。通過方法論認定的事實，可能會舍棄一些事實，也可能會更加凸顯一些事實，有些本來是不相關的事實，可能因此而發生結合關係。本來依照社會觀念可能會具有結合關係的事實，也可能在小前提中被分別開來，分別考察其意義。
第三，兩者依據規則的區別。證據規則所依據的規則是程序法上和證據法上所確定的規則，而方法論上的規則主要是依據實體法，通過大前提和小前提的結合得到正確的法律適用結論。在證據法上，考察的主要是符合程序法的規則，而方法論上確定小前提的規則主要是如何和大前提相聯係。所以，證據法上認定的案件事實嚴格來講隻是小前提的前提，在運用證據規則認定案件事實的過程中，可能還不需要充分考慮大前提的影響，與大前提並不發生直接的聯係，這是因為當事人舉證和法官查證的事實並非都可以作為小前提使用，作為小前提的事實必須是與大前提相符合的。在法律上，事實的判斷是對曆史事實的再現，透過錯綜複雜的事實關係，來辨明法律上的權利義務關係。因此，將法律上的事實與大前提相連接，實際上就是確定一種“價值關聯”的事實。（參見〔德〕卡爾·恩吉施:《法律思維導論》,鄭永流譯，北京，法律出版社，2004,第51~61頁。）例如，魚塘的水受到汙染，原告主張，是因被告的汙水所致，魚兒究竟死亡了多少，這是證據法的問題。但是否具有因果聯係、是否符合責任的構成要件、是否屬於事實構成，這些都是方法論要解決的問題。在證據法上，事實的認定要考慮證據的判斷等問題。而在方法論上，事實的認定要遵循“目光流轉於法律與事實之間”，考慮事實與法律的相互影響。
第四，關於是否需要適用價值判斷的區別。通常來說，證據規則基本上不會涉及價值判斷的問題；但是在方法論的適用中，無論是對事實的整理、大前提的選擇、小前提的確定、大小前提之間的連接，以及最終結論的確定，都可能含有價值判斷的內容。依據證據規則確定案件事實是為了還原案件的本來麵目，這其中以追求案件的客觀真實性為目標，一般不存在法官的價值判斷問題。而在小前提中的事實認定中，為了兼顧案件裁判的妥當性與安定性，維護社會公平正義，法官對於據以作為適用法律大前提的案件事實往往會進行一定的取舍，其中包含有一定的主觀價值判斷。依據方法論，在事實的判斷中，法官的價值取向都要發揮一定的作用。例如，環境侵權發生之後，因為環境汙染的認定具有高度的技術性，法官隻能借助蓋然性推理等法律技術手段來認定，所以，法官認定的事實不一定能夠反映客觀事實。在現實生活中，即使有債務關係的存在，但由於借條等證明債務關係存在的證據缺乏，法官在法律上隻能視為不存在債務關係。此外，法官應當考慮社會一般經驗和法律的價值等因素，來確定事實的法律構成。例如，關於精神損害的判斷，法官要考慮的不僅是受害人是否遭受了痛苦，而且要考慮這種痛苦在法律上是否具有可補救性，是否屬於法律應當彌補的痛苦。在社會生活中，各種糾紛都能使當事人產生一定的煩惱和痛苦，大量的痛苦是無法彌補的，而隻有在侵害人格權之後，其精神痛苦才能得到補救。在判斷事實的過程中，法官也要進行價值的判斷。