權衡利弊，普京做出了比較明智的決定——順應大多數人的看法，以主動談判的方式實現對人質的初步解救。
10月24日16時左右，國家杜馬中與車臣關係稍友好的議員卡伯鬆帶領兩個紅十字會代表和一個英國記者走進劇院之內，與車臣恐怖分子展開周旋。在此人的努力下，車臣恐怖分子表現出了難得的誠意：釋放了3名年幼人質，並順便捎帶出了談判的條件。
所謂的談判條件，無非就是俄羅斯從車臣撤軍、答應車臣獨立等陳詞濫調，恐怖分子甚至宣稱，如果俄羅斯政府能慎重考慮這些條件，人質當中的75名外國人也會很快被釋放。
不過，到了10月25日12時30分左右，在俄羅斯政府的應承下，恐怖分子先後釋放的人質也隻有15人而已，其中僅包括一名瑞士女孩。
麵對這幫家夥的出爾反爾，普京震怒了。在當天晚上召開的強力部門負責人會議上，普京在要求“確保人質的生命安全”的同時，督促“阿爾法”特種部隊做好突擊準備。
就在普京做出最後決策的同時，更恐怖、駭人的事情發生了。原來，巴拉耶夫早在綁架事件發生前就已經點明：10月26日15時30分是恐怖分子忍耐的“最後期限”，一旦政府沒有任何表示，就會大開殺戒。
盡管在頭一天，一位著名的車臣女記者試圖再次與劇院內的恐怖分子針對人質進行最後一搏的談判，但還是沒能克製這幫魔頭的殺戮之心。當過了所謂的“最後期限”，車臣恐怖分子便開始了對人質慘絕人寰的屠殺，劇院內頓時陷入一片混亂和恐怖之中。
外麵的俄羅斯特種部隊發覺情況有變，馬上開始突襲。在強效麻醉劑的掩護下，他們很順利地在樓房的一角炸開了一個較大的洞，特種兵們戴著防毒麵具衝進劇院，與車臣恐怖分子展開了激烈戰鬥。
短短幾分鍾時間內，包括巴拉耶夫在內的30多名車臣恐怖分子都被俄特種部隊擊斃，其他恐怖分子均被生擒。
至此，曆時57小時的莫斯科劇院人質危機結束。
據統計，在1000多名人質當中，共有750多人獲救，死亡的300多名人質中，有128人並非死於恐怖分子的槍下，而是死於俄羅斯特種部隊釋放的強效麻醉劑。
在國際恐怖研究理論中，如能保證80%以上的人質存活率就可視為成功的解救行動，但近半數死亡的人質是死於特種部隊施放的強效麻醉氣體之下的，這也是普京仍對此次恐怖襲擊事件表示哀慟的原因之一。普京的這種哀慟並沒有因此次行動獲得85%的民意支持率而緩解和消釋。更何況，在整個過程中還有不少於500名傷員。
不過，本次解救人質的行動，普京受到了來自國際方麵的支持和同情。早在“9·11”事件之後，美國政府就放棄了對車臣分裂勢力的支持，開始傾向於俄羅斯政府的正當反恐活動。在莫斯科劇院人質危機發生當天，美國、英國、德國、法國等西方國家紛紛致電譴責恐怖分子的殘忍行徑。
更讓普京感到欣慰的是，10月30日這一天，在本次人質危機中為巴拉耶夫出謀劃策的恐怖組織頭目紮卡耶夫，在哥本哈根出席“世界車臣大會”時被丹麥政府拘捕。
人質危機的爆發，加深了普京與恐怖分子戰鬥到底的決心和鬥誌。危機結束之後，普京立即下令軍方對車臣地區的恐怖武裝展開新一輪的圍剿，他已經意識到，“如果今天不動手，明天損失會更大”。果然不出所料，兩年後爆發的別斯蘭慘案，就證明了普京所言不虛。
遭遇這樣的恐怖事件，使普京對反恐問題顯示出了更加決絕和強硬的姿態。11月10日，在俄羅斯與歐盟國家於比利時首都布魯塞爾召開的領導人峰會上，一位法國記者當著普京的麵很冒失地“把車臣反恐和人權問題相連”，指責俄羅斯是在“濫用暴力”。一貫持重的普京當著歐盟各國首腦與高層代表的麵，顯露出少有的憤怒，他說：“如果你願意成為伊斯蘭極端分子的話，我請你到莫斯科來做包皮手術。我們有最好的專家為你解決問題！”
從此以後，普京的一句駁斥法國記者的言論——“來莫斯科做手術”，成為他在國際媒體中的一大標誌性用語，此亦顯露出他對車臣恐怖分子的仇恨。