麵對這樣棘手的問題，普京仍舊敢於“亮劍”。麵對日益嚴峻的腐敗，他大聲疾呼：“要像對待叛國罪一樣懲治腐敗！”他在執政後不久便頒布《國情谘文》，在谘文中鄭重宣布：“不論是地方還是中央，肆意褻瀆國家法製、壓迫經營者、為腐敗創造條件的官員均大有人在。而要想鏟除滋生腐敗的土壤，就必須減少部門章程、簡化企業注冊、考核、投資審批等各項程序。”
普京的反腐鬥爭分為兩個階段，第一階段是上台伊始對經濟腐敗的處理，主要集中在2000—2002年；第二階段則著手解決更為困難的政治腐敗問題，主要集中在2003—2004年第一屆總統任期結束前後。
在第一階段，普京在經濟領域著重打擊官商勾結現象，取得的最為輝煌的成果就是將金融寡頭中的“猛虎”清理出局。在將別列佐夫斯基驅逐出國門以後，普京隨即開始對政治腐敗開展了有利、有理和有節的“權力柔道”。
普京首先在製度上樹立相應的規範。俄羅斯官場上的人情交往泛濫，原因在於職業公務員製度的缺失，以至於嚴重貪汙腐敗現象使得國家利益蒙受空前的侵害。因此，在2002年“七大寡頭”的聲威在俄羅斯國內銷聲匿跡以後，普京馬上頒布了一係列旨在掃除貪汙腐敗現象的法律草案，其中最為著名的便是《俄聯邦國家公務原則法》。
一年以後，普京簽署總統令，直接聽命於總統的反貪汙賄賂委員會宣告成立，此後在各級檢察機關內部，反貪汙腐敗監督局也隨即成立，監視著俄羅斯官場上的一切腐敗現象。在革新製度的同時，普京對一些涉嫌貪汙腐敗的官僚也給予了有力的打擊和嚴厲的懲治。
2003年6月下旬，俄羅斯聯邦最高檢察院、內務部和聯邦安全總局同心協力，在普京的策劃下展開了一場神不知鬼不覺的“獵狼行動”，涉嫌貪汙的一名上將和六名上校在這次行動中成為北極熊鐵掌下的獵物。
2004年年初，在製度革新和“獵狼行動”雙管齊下均已初見成效的背景下，俄羅斯反腐敗工作會議正式召開。在會議中，普京明確指出：“俄羅斯的腐敗階層實際上已經組成了一個個黑社會，不僅官員腐敗，各行各業都有腐敗現象。”由於在2003年的反腐行動中，普京主要采取了懲戒的方針，成功地抑製了很多寡頭和官僚的戾氣，所以在這一年裏，他重點采用招撫的辦法，希望能找到從根本上杜絕腐敗的辦法。
普京認為，官僚的腐敗，在於經濟收入的不足。因此，他采用和新加坡一樣的反腐政策，即建立健全國家公務員的“高薪養廉”機製，進而遏製國家公務人員的腐敗行為。
雷厲風行的普京大幅度提高了俄羅斯的公務員工資，單是俄羅斯政府部長級的高官，工資漲幅就超過了400%，而副部長以下各級官員，工資漲幅則遠遠超出這個數字。
與此同時，普京還借鑒了美國在反腐鬥爭中的製度經驗，例如，他在總統執政期間大力推進行政改革，建設高效率的政府辦公機製，促進政治管理的現代化。
但是，與世界上所有的國家一樣，反貪汙和反腐敗需要長期的鬥爭。普京在執政之初，反腐鬥爭固然成績斐然，可要想從根本上根除國家官員的腐敗，仍要在長期的探索中革新製度。基於這一點，也就注定了俄羅斯對普京的依賴已成為21世紀最受關注的政治話題之一。