隆武朝滅亡後，桂王朱由榔被擁戴在肇慶即位，建元永歷。一個月後，隆武帝的胞帝朱聿從福建逃來廣州，被蘇觀生等人擁立為紹武帝。於是，肇慶、廣州咫尺之間，兩個小朝廷為爭正統而同室操戈，在三水展開了一場內戰，暫時獲勝的紹武帝還未高興過來，就被攻入廣州的清軍殺了，紹武朝短短40天的歷史也畫上了句號。
且說永歷帝聞清軍攻入廣州，就不顧一切地亡命。1647年，清將李成棟攻陷肇慶，深入廣西腹地追趕永歷君臣。陳邦彥化名到高明招募義軍、並冒險到甘竹灘說服兩千多綠林豪強歸順。期間，邦彥來到新會崖門，憑"；宋末三忠"；殉國之地，慷慨賦詩《崖門吊古》：往事蒼茫不可尋，東風吹雨晝陰陰。精雲擬共湘波怨，遺恨長留越客吟。賴是聖明回漢甸，隻今邦計仗南琛。春陵佳氣中興日，借取當年義士心。詩作中憂憤國事而表明了自己的氣節並對鬥爭勝利充滿信心。之後，邦彥派門生馬應房與之合兵收復順德。接著他又相繼串連東莞張家玉，南海陳子壯，順德胡靖、梁斌，新興梁信灼，新會黃公輔、何世熊，恩平王興，陽江莫廷蘭，東安（今雲浮）何仕璋舉義，合力牽製清軍。李成棟被迫放棄追擊永歷帝，回師東下。邦彥得報，派馬應房等率水軍到順德黃連鄉北攔江截擊，奈何寡不敵眾，敗於敵手。邦彥又趁李成棟進攻張家玉部之機，會同高明麥而炫、歐懷昊一舉攻下江門。視邦彥為心腹大患的巡撫佟養甲，用卑劣手段動持邦彥妾何氏和幼子和尹、虞尹來要挾邦彥歸降。邦彥在招降書上凜然批覆："；妾辱之，子殺之，身為忠臣義不顧妻子！"；結果，何氏與兩幼子慘被殺害。
以後，邦彥與陳子壯合兵攻打廣州。不料陳子壯提前兩天行動，加上舉措失當，造成失利。後陳子壯正要退兵，邦彥趕到，告之李成棟打敗張家玉，現正回兵救城，我已布下伏兵，請到時合力夾擊。可惜陳子壯再度失誤，沒有傳令部下準備。到敵浮江而來，邦彥揮兵縱火燒毀敵船數十艘。李成棟倉皇敗退，邦彥順流猛追，迫近子壯軍營。子壯部下誤以為敵，陣腳大亂，反被敵軍擊潰。邦彥孤掌難鳴，無奈也隻好退卻。一場大勝仗就此毀於一旦。
邦彥起兵以來，軍務在身，日僅一餐，夜則坐而假寢，與部下同患難，共勞苦，部隊戰鬥力在諸義軍中最強，還曾分兵救諸營之失敗者。但奮戰至此，已是精銳喪盡，外無援軍，隻有竭力苦撐。
撤離廣州後，邦彥轉攻三水，繼而攻新會，香山，連戰皆捷。後來，南明衛指揮僉事白常燦攻克清遠，李成棟率軍反撲，常燦邀邦彥合兵拒守。清軍猛攻十日，仍未能得手。最後，他們偷偷挖地道到城下，用火藥爆開城墻，蜂擁而入。慘烈的巷戰中，邦彥次子馨尹死難，他本人亦肩中三刀，鮮血淋漓。悲憤之餘，邦彥題詩一首："；無拳無勇，無餉無兵。聯絡山海，矢助中興。天命不祐，禍患是嬰。千秋而下，鑒此孤貞！"；寫畢，一頭紮進池水中以圖一死報國，誰料卻被追兵拉起，他仰天大笑："；我就是陳兵科陳邦彥！"；邦彥被押到廣州後，佟養甲派醫生為他治傷，送上佳肴想勸降，可是邦彥笑而卻之，他以文天祥為榜樣，寫了《獄中步文丞相韻》詩，謂"；泉路若逢文相國，不知雙眼可誰青？"；在獄中絕食五日。佟養甲眼見勸降無望，於是下令將邦彥押往四牌樓（故址在今解放南路）殺害。臨刑時，邦彥慷慨寫下《獄