1957年9月合並小石城眾學校的風波中，參議員肯尼迪譴責艾森豪威爾決定利用軍隊來強製保持公共秩序，並強製執行法院裁決。肯尼迪總統打算另辟新徑：非暴力取消種族隔離。300名邊境巡邏官和聯邦監獄服務處警官立即充當美國執行官，並被派往密西西比來補充在那裏執勤的為數不多的常規執行官。
執行官們頭戴象征著和平的白色塑料頭盔，進入牛津，他們手持警棍，催淚彈和手槍。一營身強體壯的空降武警開進牛津以北80英裏的梅姆菲斯，以免肯尼迪非暴力措施不起作用。
到黃昏時分，梅利迪斯已經被護送到校園，但仍然不能注冊。密西西比州州長羅斯·巴納特命令200名公路巡邏警察返回營地，當時他們正在包圍越聚越多的民眾，這些民眾一邊丟擲燃燒彈，一邊揮舞大鐵棒，蜂擁在行政大樓四周，執行官們隻有開始齊發催淚彈。
就在那時，肯尼迪發表電視講話，宣告密西西比的局勢很緊張，但是處於控製之中。他還喜形於色地宣布他沒有必要派士兵。正在他做廣播時，一位司法部的官員向鮑勃彙報：“這兒的形勢很糟糕了。”
牛津的騷亂發展得讓執行官們難以控製，最後甚至開火了。鮑勃的助手通過校園的付費電話向白宮打電話請求允許執行官用武器自衛。肯尼迪在電話裏大叫：“不能。”他們隻能用武器保護梅利迪斯，而不是自衛。隨後，他命令梅姆菲斯的密西西比軍隊立即調往牛津。
午夜剛過，傳來報告：兩人喪生，其中一人是英國記者。昨天打電話給陸軍部長賽拉斯·萬斯：“軍隊在哪裏？他們為什麼不開進牛津？”然後他打電話給梅姆菲斯的陸軍司令官克雷頓·亞布拉姆斯：“有人死在牛津了，這是45年來我所見的最糟糕的事情，我希望密西西比軍隊立即進入牛津。”
圍攻一直持續到次日清晨4點，正當處境艱難、疲憊不堪的執行官就要被擊垮時，士兵來了，6名執行官已經身負重傷，那天晚些時候，梅利迪斯注冊了。
肯尼迪千方百計支持南方少數民族，他希望安撫民權運動。在他總統任期內，他解決最為棘手的問題往往是把一些事情放一邊，把一些事情放另一邊，同時為自己有所保留——機動回旋的餘地。肯尼迪做了美國曆史上史無前例的姿態，2月12日林肯生日那天，他邀請了400名黑人傑出人士到白宮參加招待會。
讓他驚駭的是，他獲悉他的一個民權顧問把小山米·戴維斯列入受邀客人之列，戴維斯的妻子也陪同前往，她金發碧眼，是瑞典女演員梅·布芮特。肯尼迪應該和他的客人們一起拍照留影。一想到要和跨種族夫婦照相，他就很害怕。但傑奎琳認為他們應該得到和別人一樣的招待。總統和第一夫人還未到場，招待會就開始了，因為肯尼迪和傑奎琳一直在家庭區激烈地爭論她的禮節觀念和他的政治自殺觀念，最終，他們在招待會上露麵，但是傑奎琳隻呆了幾分鍾，之後，她流著眼淚離開會場。
這個月月底，肯尼迪最終克服重重疑慮，提交了一份僅限於保護投票權的民權議案。然而就是通過這樣要求並不高的議案也十分艱難。4月3日，小馬丁·路德·金和一位名叫弗萊德·沙特斯華斯的伯明翰牧師發起一輪遊行示威，旨在結束阿拉巴馬州伯明翰的工作場所和午餐櫃台的種族隔離現象。
警方圍捕了抗議者，法院也作出罰款、察看、短期監禁的判決。三周後，金和沙特斯華斯想出新的方法：利用兒童抗議者——成千上萬的孩子。這時整個抗議活動也正要失敗，警察放警犬攻擊黑人孩子；消防員用強壓水龍頭對這些孩子噴水，弄得孩子們仰麵摔倒，滑過大街，重重地撞在汽車和樹上。肯尼迪看到伯明翰發來的照片時說：“這讓我感到惡心。”但即使現在，他還是擔心南方白人1964年如何投票的問題。他沮喪地對民主黨全國委員會主席說，如果阿拉巴馬州的局勢不能馬上改善的話，他“隻能吻別南方諸州”。
正當金和沙特斯華斯結束伯明翰的抗議活動時，兩名黑人學生要到阿拉巴馬大學注冊入學，州長喬治·沃雷斯發誓要“到大學校門口”攔截他們。
5月17日，總統對阿拉巴馬北部做了一天的訪問，表麵上是慶賀田納西穀成立十三周年。他去那兒的真正原因是平息南方輿論，穩住近來伯明翰騷亂後的南方局勢，同時，盡力勸說沃雷斯不要在兩名黑人學生注冊時煽動阿拉巴馬大學的流血衝突。
歡迎總統的人雖然不多，但十分熱情。他邀請沃雷斯登上他的直升機，從馬薩爾沙洲到亨茲維爾一直飛了55分鍾，肯尼迪說他不理解為什麼伯明翰的商人不雇傭黑人，“他們在家卻要黑人為他們準備飯菜”。
沃雷斯說：“我不反對商人雇傭他們想要的人，我反對政府示意商人應該做什麼，不應該做什麼。”不管怎樣，騷亂不是當地黑人引起的，而是像小馬丁·路德·金和弗萊德·沙特斯華斯那樣的“騙子”挑起的。他們並不真正在乎窮苦的黑人，沃雷斯聲稱：“他們想要的是看看誰能和最賤的黑女人或白女人上床，他們開著大卡迪拉克穿行於城鎮，同時叼著昂貴的雪茄。”
肯尼迪回到華盛頓，他深信這件事沒有回旋餘地，隻有靠聯邦政府幹預。他對白宮職員說：“沒有別的補救辦法了，他們不能示威，也沒有解決辦法。我想我們不能避開這件事。”
6月11日，大學圖撒盧薩本部攤牌後，肯尼迪把阿拉巴馬國家警衛隊收歸聯邦政府管轄。然後，他請共和黨的兩位領袖人物到內閣同他和林登·約翰遜見麵，一位是參議員艾弗瑞特·德克森，另一位是眾議員查爾斯·哈勒克。
肯尼迪向他們打探他怎樣做才能讓民權議案順利通過，不會遭遇重重阻撓而夭折，或直接在法律委員會被否決。正當肯尼迪竭力獲取共和黨領袖支持的時候，沃雷斯同意放棄他原來的主張，他一直沒有打算站在大學校門口。
當晚肯尼迪決定做電視講話，演講稿準備得很倉促，其中充滿缺陷，因而，肯尼迪必須現場臨時拚湊，這次演講不流暢，也不順利，但卻是引人注目的曆史性演講。
首先他談到黑人受教育機會少得可憐，收入極低，壽命比白人短7歲。他說：“這不是一個局部問題，也不是黨派問題。”他抬高聲音，顫抖地宣告：“基本上說，我們麵臨著一個道德問題，這個問題像《舊約全書》那樣曆史悠久，像《美國憲法》一樣明了……因此，我們國家，我們民族麵臨著一次道德危機……”他打算請求國會通過新法律。
1963年6月，他2月向國會提交的議案得到大幅度修改，並再次提交。新的民權法案不僅試圖維護和擴充投票權，而且直接解決最煽動性的問題：公眾場所住宿問題。這份法案旨在將最高法院1960年12月的決定轉化為法律，這樣，賓館和汽車旅館、飯店、酒吧、午餐櫃台、劇院、商店以及所有人們聚集的公共場所的種族歧視是不合法的。肯尼迪的新法案雖然沒有終結各種形式的歧視，但是這法案讓上億黑人最終能夠參與美國人普通的主流生活。
曼斯菲爾德對肯尼迪說新法案可能不是法律委員會寫的，公共場所住宿那一部分太過分了。總統回答說：“你說到點子上了，那正是法案的核心所在，應該為那些人做這樣的考慮。”
曼斯菲爾德並不掩飾他的悲觀情緒，他說：“好的，總統先生，那我就盡力而為。”
1963年5月發生在肯尼迪身上的一切不是轉變，而是進步，他一直期待著這一切。他早已熟知貴族階層的責任，好運護佑的人往往一開始會推動一個理想的發展，隻是過了一陣子他發現這個理想在推動他個人的發展。他喜歡稱自己是“不抱幻想的理想主義者”，然而他超然的世界觀背後卻感情豐富。肯尼迪雖然追求極度文雅和享樂的生活，卻渴望投入道德聖戰，冷戰是其中之一，這又是另外一場道德聖戰。