素戈鳴尊下凡後，知道自己爭權奪勢引起了眾怒，要尋找機會悔過自新，重歸天上。一天，素戈鳴尊斬殺了一條八尾蛇，在蛇的尾部得到了天叢劍，並親自將此劍獻給了天照大神。從此，天照大神就有了這三件寶物。
天照大神原來準備派遣兒子忍惠耳尊持八咫鏡下凡統治塵世，並說：“吾而視此寶鏡如視吾，可與同床共殿以為齋鏡。”後來，因為天孫火瓊瓊杵尊出世了，天照大神改派天孫降臨塵世為王，火瓊瓊杵尊帶著天照大神賜給的三件神器，降臨在日向的高千惠峰。此後，三件神器便成了統治權的象征。
神武天皇即位時，將神器安放在正殿祭奠，不敢疏怠。而崇神天皇即位時，因懼怕與神器同殿共處，而將神器遷至大和笠縫邑，由女兒豐鍬入姬祭奠。同時，仿製了八咫鏡和天叢劍作為天皇的護身寶物置於宮中。
不過，根據《大寶律令》《養老律令》和《日本書紀》等日本古史書的記載，古代天皇踐祚時被授予劍和鏡，而沒有提到玉。所以，有的學者認為神器隻有劍和鏡兩件，或認為當初的三件神器中，隻有劍和鏡能象征天皇的國家元首地位，所以在新天皇踐祚時由神官傳授鏡和劍。而八阪瓊曲玉則是天皇祖先靈魂的象征，是天皇在皇宮中族長權力的象征。所以在新天皇踐祚時由女神官傳授鏡和劍。
後來，鏡的地位更加突出了，被安放在皇宮中的內所不得隨意搬動。新天皇踐祚時再授予劍和玉（後來也包括國璽），就表示作為天照大神的子孫執掌了國家的權力。
由傳授鏡、劍轉變成傳授劍和玉，可能是因為10世紀後期以來皇宮中發生了幾次大火，寶鏡被燒得殘缺不全不便傳授的緣故。日本的一些史書曾記載，在11世紀初期一條天皇當政時，皇宮失火，神器全部被燒。還有的史書記載，12世紀後期，武士階級平氏和源氏為爭奪國家權力而爭鬥，1185年平氏勢力失敗。而平氏擁立的8歲的安德天皇被尼姑抱著投海自盡，三件神器也隨之入海。後來鏡和玉又浮出水麵，由源義經帶回京都獻給了天皇。劍卻沒有再現，後來隻好將伊勢神宮獻上的寶劍作為代用物了。
在花山天皇時代的984年後，極具實力的藤原氏族將天皇當作任意操縱的玩偶，皇宮官府成了群盜經常出沒之所、犬狐棲身之地。殿上常有妖狐作祟，宮中不時可見野犬拖進來的殘缺不全的屍體。更為嚴重的是，皇宮幾次發生大火。有記載：1005年的大火燒毀了神器，朝廷不得不改鑄神鏡，並譴使臣專程去伊勢神宮謝罪。
可以斷言，所謂的三件神器經曆了千餘年的戰火動蕩、皇室更迭，很難絲毫無損地保存下來。盡管這樣，曆代天皇仍然依靠這三件神器來維護自身的正統和權威，三件神器隻有和天皇結合在一起時，才具有了象征皇位、皇權的意義。所以，三件神器是否真的流傳下來就不是十分重要的事情了。
其實，在金石並用的時代（公元前1世紀至2世紀），在北九州的氏族酋長們棺墓出土的隨葬品中，就有古中國的西漢銅鏡、劍等物品。當時，這些舶來品用來象征豪族的地位和權勢。實際上這些所謂的神器，隻不過是人類能工巧匠們精工細做的器物而已。
從“大王”、“倭王”到 “天皇”
日本古代的最高統治者，並不是一開始就被稱為“天皇”。根據熊本縣江田山的船山古墳出土的大刀上的銘文可見，日本古時將5世紀的反正天皇稱為“治天下□□□齒大王”，可以認為日本在“天皇”一詞出現之前，將其稱為“大王”。
據中國古籍《隋書》記載，公元600年時，“倭王姓阿每，字多利思比孤，號阿背雞彌，遣使詣闕”。“阿每”，即日語“天”的意思，可以理解為天皇一族自稱為天神的後代，“多利思比孤”，則是對當時執掌日本朝的聖德太子的稱呼的注音，“阿背雞彌”則是“大王”的意思。也就是說，直到6世紀末，日本的最高統治者還是稱“大王”而尚未稱之為“天皇”。
由於“大王”氏族的勢力不斷擴大， 加之在與外國交往時也需要一個能體現至尊地位的稱呼，來代替充滿野蠻、原始意味的“大王”。因此，“天皇”一詞就產生了。
“天皇”一詞原本是中國道教用語，在漢魏時就已經很流行了。隨著日本與大陸文化交流的加強，中國的道教經典和其他典籍傳入日本，由於“天皇”一詞對於編造了“天孫降臨”、“神武肇國”神話的人來說，很有吸引力。於是，他們就借用“天皇”這兩個漢字稱呼日本的最高統治者。當時被認為“天皇”這個詞不僅表示了天皇在日本統治階級中的至高無上的“神聖”地位，而且在與中國皇帝交往中也體現了平等的精神。
據《日本書紀》推古十六年（608）記載的，遣隋使攜帶的國書中則有“東天皇敬白西皇帝”的句子。另外，在日本已經發掘出的推古朝的許多文物中，也出現了“天皇”的字樣。由此可以推斷，在推古朝出現了“天皇”的稱呼，或者說是推古十五六年日本派遣遣隋使時，聖德太子決定正式使用“天皇”以取代“大王”的稱呼。
至於天皇的名字，在天皇譜係上早期天皇的名字其真實性很小，其名字和諡號都是後人參考傳說和天皇的“事跡”編造出來的。據說第44代元正天皇之前的曆代天皇的漢語諡號，都是八世紀後期文人淡海三船奉敕命編製的。起名字時的根據很多，如出生地、活動地、乳母姓氏等都有很大的影響。但從9世紀的第54代仁明天皇開始，此後的曆代天皇的名字都是從漢籍中選擇兩個有一定涵義的漢字為名，從第59代清和天皇起名“惟仁”以後，70代天皇中有49代天皇以“×仁”為名，這已經形成了一個慣例。