二是登記管理機關和業務主管單位的關係。雙重負責的管理體製，是民間組織管理工作的核心。兩個部門在工作中存在這樣那樣的不和諧、不協調的問題和矛盾，是正常的。登記管理機關不能總是抱怨有關部門沒有負起責任，不能總是抱怨人家不合作，總是抱怨人家給工作帶來了麻煩，並因之認為應當放棄雙重負責的管理體製。這是不對的。要認識到這一體製是符合當前我國民間組織管理工作的實際的。我國民間組織數量大、分布廣、類型多，發育程度參差不齊，民政部門的管理力量有限，做好管理工作，離不開業務主管單位。我們隻有多主動、多溝通，和業務主管單位各負其責，密切合作，才能做好管理工作。
三是總量控製和適度發展的關係。由於曆史原因，過去我們在登記方麵實行的是總量控製、從嚴審批的原則。這是必要的。但隨著社會經濟的發展，民間組織必然大量湧現，這也是社會發展的規律。麵對這樣的形勢，堵不是辦法，必須用大禹治水的疏導辦法，才能見效。我們的觀念應該從從嚴審批轉變到依法登記上來。關鍵是要結合當地的社會經濟發展的實際，製定民間組織的發展規劃，有步驟、有計劃，有重點的適度發展。
四是城市和農村的關係。過去，民間組織主要集中在城市，我們的工作重點也在城市。但近年來農村基層民間組織、特別是農村專業技術協會發展迅速，在增加農民收入、引導農民改變產業結構、促進農村的社會經濟發展方麵，發揮了積極作用。我們必須予以極大的關注，要改變重城市輕農村的觀念，雖然我們在培育發展這些草根組織方麵做了一些工作，但還需要加大力度。五是具體登記管理事務和宏觀指導的關係。登記管理機關的同誌、特別是省級以上登記管理機關的同誌不能沉溺於自己手中的一點審批權，一定要從具體的事務性工作中解放出來，研究一些重大的、深層次問題。在下大力氣調查研究的基礎上，找出一些管理工作中亟須解決的、重要問題的解決辦法。
例如，行業協會的發展問題，農村專業技術協會在解決三農問題中的作用問題，社區民間組織問題，探索發展公益性民間組織路徑問題，涉外民間組織登記問題，等等。這些問題解決了，就能極大地發揮民間組織在社會經濟協調發展中的積極作用，管理工作的成效也就在其中了。談到調查研究，還有一個借用“外腦”的問題。應該說近年來登記管理機關的幹部素質有了較大提高，也寫出了一大批優秀的調研報告，為製定法規政策提供了大量的第一手材料和智力支持，‘成果顯著。但從總體講，研究問題的能力還不強、還不夠，還有差距，還不能適應形勢發展的需要。更重要的是，機關幹部還需花費大量的時間和精力，去處理許多具體的日常行政事務。這就需要借用“外腦”，發揮社會上專家學者的力量，把熱心民間組織管理工作的有識之士，團結到我們周圍，共同研究問題，彌補我們的不足。在這方麵，我們也需要轉變觀念。
三、要把管理工作的重點放到提高民間組織的素質上來
改革開放以來，我國民間組織迅速發展，已成為我國社會組織結構的重要組成部分。在社會經濟發展中，發揮了越來越廣泛的積極作用。但是還存在很多問題。如，一些民間組織行政色彩濃厚，政社不分，等靠要思想比較嚴重，缺乏自身可持續發展能力，群眾形象地把這些民間組織形容為“二政府”；還有一些民間組織自律機製不健全，內部管理混亂，對外缺乏誠信，在社會上招搖撞騙，最近因為亂評比、亂收費被民政部取締的中國保健食品協會，就是一個反麵典型；再就是民間組織結構不合理，還不能適應社會經濟協調發展的要求。這一切阻礙了民間組織作用的發揮。調查顯示，在我國各級民政部門登記的24萬多個民間組織中，作用發揮比較好的隻占三分之一。
產生這些問題的原因是多方麵的。但我們長期以來重審批登記輕監督管理是重要原因。現在我們要按照科學發展觀的要求，把管理工作的重點轉到提高民間組織整體素質上來，轉到引導民間組織發揮積極作用上來。為此，應當做好以下幾方麵的工作。
一是要緊緊抓住建立完善民間組織的自律機製和誡信建設問題。登記管理機關要抓緊製定切實可行的政策規範，幫助民間組織建立以章程為核心的內部管理製度，促使民間組織建立、完善自律機製。要完善章程審核製度，指導民間組織進行內部改革，督促民間組織接章程自我約束管理。在民間組織中，完善理事會民主議事製度和民主決策程序。凡是法人單位的民間組織，都要按規定建立監事會，發揮監事會的內部監督作用。要通過一係列的政策措施，促進民問組織自我管理、自我發展的能力，使民間組織不斷發展，做到自主、自律、自強，使民間組織有能力承擔起自己的社會責任，為社會提供優質高效的公共服務。同時，要製定措施，鼓勵民間組織樹立“誠實守信”的非營利機構形象，提高社會各界對民間組織的信任度，提升民間組織自身的公信力。