江南地代是全國最富庶的地方，農民的田地收成頗為豐厚，而一些官僚看紅了眼，覺得應該從農民身上撈些好處，所以很多為官之人借著自己的勢力向百姓強取豪奪。其他地方和很多貪官也想從這裏撈些好處，都爭著來這裏為官。他們以“朝廷之命官”為由，也向當地百姓伸出了“黑掌”，官宦們不滿足於已有的莊田，那些土豪劣紳也霸占農民的土地。農民失去了土地，還要繳繁重的稅務，使得百姓怨聲載道、民不聊生。之前朝廷派去的官員，要麼因貪官汙吏的關係盤根錯節管起來棘手而走掉，要麼和當地的惡霸同流合汙、欺壓百姓。
皇帝為此事也是夜不成眠。隆慶三年，皇帝決定派海瑞任南京右僉都史，前往蘇州查辦此案。海瑞任職之後，首先革除弊政，將這些作惡多端之人逮捕法辦，為百姓退田還地，百姓得到了失去的土地之後熱心耕耘生產，但是百姓雖然在收成上有了起色，卻賦稅繁重，每次繳完糧稅，百姓的糧食都所剩無幾，海瑞決定減除農民繁雜的稅負，農民沒有了繳稅的負擔，都喜出望外，生產力在短時間內得到迅速恢複和發展。
江南地代的淞江和太湖都會入海，沿江地區的許多土地在得到灌溉的同時也經常遭水患，所以當地的物價暴漲，那些貧困的農民因買不起糧食而遭饑荒之苦。當地政府雖然采取措施大量放賑，但是由於饑民太多，還是無法解決災民的吃飯問題，大量災民逃荒異鄉，到處怨聲載道。海瑞為了幫助處於困難之中的饑民，決定修複水利，但是修複水利需要很大一筆資金，讓百姓出是不可能的，現在他們連飯都吃不飽，哪裏還有錢去修建水利？海瑞便想出一個方法，讓朝廷出一批銀兩來助水利修複。他便向朝廷寫了《開吳淞江疏》上書皇上，申請“修複水利”。他說：“太湖之水從3條水道入海，其中，婁江、東江都是小河流，唯有淞江是最重要的入海通道。但是，一段時間以來，主管水利的官員沒有很好盡職，撫按亦未將興修水利提到重要議事日程，終於導致淞江的淤塞，一遇大的降水，必將洪水四溢，為害甚重。因此，為國計民生，應該立即疏通淞江。”皇上便同意出資修複水利。疏通淞江是為了造福江南百姓，所以當地饑民紛紛參與工程，使得工程在得到資金保障的同時順利進行。終於，原來僅4丈之寬的河流被擴至7丈之寬，還在河堰堤壩鑿洞以便排澇。興修水利徹底解決了太湖周邊的水患問題，幫助災民渡過了難關。
海瑞為當地老百姓謀利造福，不僅贏得了當地人民的稱讚和愛戴，對於造福後代子孫也打下了良好的基礎，使他成為曆史上永垂不朽的一代名臣。
備棺進諫
海瑞在職期間做了很多出色的成績，他在淳安、興國的政績顯著，經濟上升很快，社會也比較穩定，受到人們的讚揚，而且他想進一步為民謀利，革除一切不合理的封建製度和思想觀念，促進社會發展，但是直言進諫就明擺著是反對皇上的治國之道，可是為了國家和人民，他必須這麼做。
嘉靖四十四年，海瑞不顧個人生死，吩咐家人為他買一口壽材，他說：“我準備進宮去向皇帝上奏，這個奏折是批評皇帝的，皇帝肯定會生氣，我的命估計是保不住了，故此早做準備。”家人阻勸無效，隻好按照他的意思去做。一切料理妥當之後，他將奏折上報皇帝，來到客房，等待裁決。
皇上看到奏疏之後果然龍顏大怒。當他看到“陛下之誤多矣，大端在修醮”，更是怒不可遏，狠狠地把奏折摔在地上，下令道：“立即把這個海瑞抓來，不要讓他跑了。”站在一旁的宦官黃錦說：“海瑞根本不想逃跑，他在上書前就買好了棺材，現在隻等著皇上降罪呢！”皇帝聽到此話就覺得這個人很奇怪，又拿起奏折看了起來，看完之後，他也覺得海瑞說得有理，就說：“他想當比幹，可我不是紂王啊（比幹是紂王的叔父，因直言猛諫紂王，被剖心而死）！”
在奏本中，海瑞用詞激烈，但處處體現了他對皇帝的一片忠心。麵見皇帝後，他說：“厲行節約、振作精神，這一切並不要陛下多費很多工夫。皇上隻要抓住事務的根本，文武百官就可以各盡其職，地方各級幹部就可以使工作正常進行，這樣，陛下所掌握的社會發展目標就可以實現了。”此番話讓皇帝深有所悟，他覺得海瑞是一個忠臣，便更加重用他。