陳寅恪在王國維碑文上的絕唱“獨立之精神、自由之思想”以及“思想不自由毋寧死耳”，就是他追求自由和獨立的思想旗幟，也是他內心寂寞的轟鳴。來自中國傳統文化中的“君子獨立”、“君子不黨”的觀念塑造了他內心的獨立意識，而西方的自由、民主思想又給了他深度的浸染。從古代希臘的自由思想到羅馬的平等觀念，從憲政主義到多元民主，從斯賓諾莎到漢密爾頓，從古典自由主義到現當代自由主義，他都用心一一觸摸過和探究過。在缺失“思想不自由毋寧死”的中國文化傳統裏，陳寅恪與王國維或許正是因了自由主義思想的潤澤，才在20世紀為中國知識分子留下了這一聲遺世長嘯。
陳寅恪、吳宓就是抱著這樣的思想情感走完了自己的一生。
與陳寅恪、吳宓相比，葉企孫在政治方麵的訴求相對少些，作為自然科學家，相對人文學者，也單純許多。
也正是這單純，才讓葉企孫在曆次事件中均以“入世”的姿態居多。
也正是這份單純，使得他心靈上的創傷更加痛楚。這種痛楚，直入他的骨髓……
我們摘錄一段《中國科技的基石》一書中葉企孫的一位親屬當時受株連後被迫寫的“揭發”材料，從中我們可以看見葉企孫在那個年代精神上所受到的巨大傷害：
今年（按：指1967年）11月，某某某分子葉企孫被揪出，北大貼出打倒葉企孫的大字報，我去看了一下，才知道所謂“抗日遊擊”實際上是反共反人民的特務活動。新北大公社的大字報說，校文革和新北大公社早就掌握了葉的材料，並曾上報中央文革，因案情嚴重，牽涉到很多人，所以沒有公布。我看了大字報後覺得，案情是十分嚴重的。我應當很好地和他劃清界限。對於案情本身，根據新北大公社的大字報看來，領導認為不宜公布，所以對我來說，也是不該知道的。葉在1月中旬曾來我家，葉說被井岡山揪去幾天，他寫了交代材料。葉說：“你不知道我（19）38年那段曆史，我跟你講一講。”我說：“不要講，你應該向領導交代，我是不應該知道的。”葉聽了以後就沒講。我問他，過去有沒有交代過，為什麼不早早坦白交代。葉說他也是這樣認識的，一定坦白交代。葉說，他的問題是很嚴重的，過去沒有很好交代，隻是在為別人寫證實材料時講過一些。過去對於這個問題認識不足，有顧慮，因為牽涉到很多人，其中有呂正操，怕受打擊報複。葉又說，他不是CC特務，沒有參加過特務組織，也沒有參加過國民黨……葉又說，過去在重慶，曾設法營救過某某某分子熊大縝，當時曾通過陶孟和向周總理說過。
在3月底，他曾說過，他的問題是曆史反革命性質，要等到下次人大後才能定案。葉又說，照案情應該坐牢，也許可以寬大處理，在監外執行，可以住在家中。今年2月初，有一次葉忽然說，井岡山開辦學習班，要他和崔雄昆去，他未去。因此井岡山電台天天點名批判他。以後葉每次來我家都說一件事，並說他到王府井去，也可以聽到井岡山的廣播。還說有一種小聲的特殊廣播，是專門為他的。有時井岡山和新北大兩個電台為他的問題而辯論。一開始時我覺得所說的內容不合情理，後來愈來愈感到他的神經不正常。到3月中，我為了證實他所說的是錯誤的，特地去找過周培源，問他井岡山有沒有這種廣播。我跟周培源的交談內容如下：我說明來意後，周說他沒有聽說過井岡山有這種廣播，周問我，葉是什麼問題。我說我也不清楚，我隻是從大字報上看到了一些。接著我就把我看到的大字報的內容談了一下，並說葉過去在昆明曾講過為“遊擊隊”送信等。周說，過去在聯大時，大家略知道一些。（19）38年葉到昆明後，曾在當時錢端升所辦的一個雜誌上發表了一些文章，“介紹冀中遊擊區”（大意），當時很使大家驚異。周還說，汪德熙也去過冀中，後來又出來，去英國留學，這是大家知道的。熊大縝的事也是大家知道的。我向周說：“看來葉是神經失常了，能否給他做些思想工作，跟他說井岡山電台根本沒有這種廣播，是他自己的神經錯亂了，是幻覺。”周說：“你跟他說說就行了。”此外，周還問了問葉在井岡山總部被揪的情況。
3月中，葉說他一舉一動井岡山都有反應，他喝一口茶，電台就說他喝茶不對；他走出門，電台就叫他馬上回去等等。葉說井岡山一定有一套類似雷達的偵察係統，可以看見他的一切行動。我跟他講，你是學物理的，你知道電波不過土牆，根本沒有這種事，是幻覺。葉根本不信我的話。葉說你到我家來聽聽就知道了。葉還說，說不定現在就有這種“雷達”。我為了打破葉的幻覺，曾在3月下旬到葉家去了一次，葉說：“你注意聽，我現在喝一口茶，等一會兒馬上就會有廣播。”等了一會兒，我說，根本沒有。葉說：“有，是你耳朵聾，因此聽不見。”葉說他的耳朵靈敏度高，所以聽到了。我去的那天，他的工友老周不在家，過幾天，老周來找我，說他覺得葉的神經有毛病了。周說葉這幾天常說，電台廣播要他去中南海開會，說廣播不讓他去。老周說，是否勸葉去看看病。我說，我已向葉提議過多次，葉不願去。3月30日一清早，葉來我家，葉說，昨晚非常緊張，井岡山幾次敲鑼打鼓來找他，要結合他，幸好解放軍保護了他。葉還說，聽說科學院有人受傷了，聽廣播說吳有訓受傷了，不知有無此事。我說：“根本是你神經有毛病，吳有訓好好的。”葉說他不信，他想問問別人，問問趙忠堯。葉說：“你替我約一下趙忠堯。”我說可以。當時我的想法是，我先去跟趙忠堯打一個招呼，讓趙知道葉的神經不正常，也勸勸葉去就醫。我先去找了趙忠堯，把來意說了，大約在上午9時，我陪葉去趙家。趙說：“吳是好好的，恐怕是你聽錯了。”葉說，沒有聽錯，恐怕是電台的廣播講錯了。後來我和趙一直勸說，葉才同意上醫院。當天上午我陪葉上北醫三院神經科，診斷為“幻覺症”，給了些藥（內服冬眠靈）。下午葉就在我家休息。晚上老周來接他回去。
過了三四天，我因為知道葉一向不好好吃藥，所以又去看他一次，看看他吃藥的情況。老周說：“吃了兩天就不吃了，你快勸勸他吧。”我勸葉繼續吃藥。葉說，這種藥有問題，吃了一天到晚想睡覺。葉又說，他就是不願吃藥：“你不要再講了！”我看無法勸說，也無辦法。我又上了一次北醫，問了問醫生。醫生說，這種藥一開始吃了是老想睡，但過幾天就好了，現在病剛剛開始不久，一定要按藥方吃藥，如果病人實在不肯吃藥，可以改為每天晚上吃一次。以後在葉來我家時，我又勸他吃，他始終不同意，葉說他已經好了，現在不大聽廣播了，不用吃藥。實際上，他又說他還聽到廣播，但不是一舉一動都有反應了。以後他一直不肯吃藥和再去看病。到了5月初，他還是（說）聽說有專為他的廣播。
從2月初到5月初這一段時間，葉總是翻來覆去談他“聽”到的井岡山和新北大公社的廣播（實際上全是葉的幻覺）。葉常說，井岡山辦學習班，要他去參加。每天早上廣播一次要他去，因他不去，隔一會兒就廣播批判他，葉還說，井岡山和新北大公社兩個電台時常辯論他和崔雄昆的問題，誰是更大的特務。
看到年逾古稀的葉企孫精神上受到如此非人的折磨，對葉企孫處境非常同情的周培源出於保護的目的，就葉企孫一案向有關方麵發表了自己的意見：如果葉企孫是特務，應該交公安機關處理。雖然這是保護策略中的下下策，但麵對全國一片混亂的形勢，周培源也隻能這麼做。至少，這可以使葉企孫暫時擺脫紅衛兵的糾纏，免去皮肉之苦和性命之虞。