這樣一位剛正不阿、濁世獨清的學者，可以想見他在“文化大革命”中所遭受的重創。因為慘遭批鬥，雙目失明的陳寅恪又添殘疾。即使這樣，也沒能躲過紅衛兵暴風驟雨式的揭批，淩辱備嚐，且被指為“走資派”陶鑄所庇護之“反動學術權威”，橫遭批鬥、抄家，藏書及珍貴文稿被洗劫一空，至1969年10月7日，在廣州中山大學寓所憂憤以終。
而吳宓的一生又何嚐不是如此。這個風流倜儻、博雅淹通的學者終生不改自己的判斷，一直在沉寂中堅持，堅持。吳宓一直堅持到了暮年去廣州探望陳寅恪，仍不“從時俗為轉移”。就在那次會麵臨別時，陳寅恪像當年初識吳宓時那樣又一次詩贈吳宓：
贈吳雨僧
問疾寧辭蜀道難，相逢握手淚瀾。
暮年一晤非容易，應作生離死別看。
因緣新舊意誰知，滄海栽桑事已遲。
幸有人間佳耦在，杜蘭香去未移時。
果然是生離死別。1978年1月，吳宓含冤去世。至死，也沒有改變自己的初衷！
相比陳寅恪和吳宓，葉企孫雖然在思想感情上與他們有許多共同點，世界觀和價值觀也幾近相同，但作為一位自然科學家，在處理專業和政治的關係、人與人之間的關係、人與社會的關係上還是不盡相同。或許是社會角色不同的原因，他與目光深邃的陳寅恪相比多了些激情和單純，比儒雅風流的吳宓又多了些穩重和理性。吳宓在留學期間流露出懈怠和悲觀時，葉企孫總是以銳意進取和臥薪嚐膽的精神去影響他，當陳寅恪、吳宓對政治和時局發表看法時，他又是一位傾聽者和學習者。在道德操守的高峰上，他們是淩雲絕頂的3塊奇石，隻不過陳寅恪是嶙峋的那一塊，吳宓的那一塊身披綠苔、給人以浪漫的想象，而葉企孫則是貌不驚人卻博得人們的驚讚。用平常心做非常事，成大事情做平凡人，這就是葉企孫一生的做人原則。像他這樣身份的科學家，在抗日戰爭中親率學生去抗日前線，又在日寇的眼皮底下運籌帷幄的，中國能有幾人？在昆明西南聯大時，他身為代理校長，卻情願為學生拍案而起，為烈士扶棺怒斥國民黨歹徒。他一心向往光明向往進步，對中國共產黨和新中國充滿信任和熱情，他原本對政治一無熱情二無興趣，但為了適應新時代，他努力學習政治，漸漸關心政治和時局，在他的日記中，用相當大的篇幅記錄了新中國的國際形勢、外交和軍事情況。他關心政治，但不參與政治，並主動疏遠政治，這是他與陳寅恪大同小異的地方。陳寅恪明確表示：“我決不反對政權，在宣統三年（1911年）時就在瑞士讀過《資本論》原文。但我認為不能先存馬列主義見解，再研究學術”，“因此，我提出第一條：‘允許中古史研究所不宗奉馬列主義著作，並不學習政治’”。葉企孫與陳寅恪一樣，求學時就看過馬克思、恩格斯和列寧的一係列著作。他主張學以致用，而不是形式化、表麵化，更不是去趕時髦。他曾問過一個學生，讀過幾部馬列方麵的書，學生答隻讀過《大眾哲學》。葉企孫說，隻讀過一本書怎能進行選擇和判斷？陳寅恪正因為認真學習過馬克思的一係列著作，才作出他一生的選擇：“不反對共產主義，但不讚成俄國式的共產主義。”因為他們知道的有關俄國的東西太多太多，比如斯大林專製主義的建立和形成。
一些學者曾這樣說：“正是從斯大林那裏，希特勒學到了對全體無辜人民進行斬草除根的藝術。我們不能抱著善心去抗擊希特勒對猶太人的暴行，卻同時對600萬蘇聯集中營的難民保持沉默。”同時，作為一位特立獨行的學者，一位有著獨立思想和自由意誌的大知識分子，平生最快意的事情大概就是能自由“選擇”了。
據說“知識分子”（intelligentsia）這個詞語是俄國人最早啟用的，當它傳入英國之後，英語中的知識分子（intellectuals）便植入了“疏離者”與“審視者”這樣的詞意。在“知識分子”的誕生地俄羅斯，知識分子的遭遇對後來使用這個名字的群體提供了借鑒和啟示作用。如果你以此為榮，你在使用這個名字時就要承擔它的全部曆史，承擔它的光榮和屈辱，痛苦和責任。你命裏注定不會從一而終，你永遠是以疏離者和審視者的身份完成你的一生。這就是一個真正的知識分子的命運。陳寅恪正是以知識分子的身份清醒地進行著自己的選擇，包括選擇自己的生活態度，選擇自己的學術判斷，選擇著自己的自由意誌。陳寅恪與葉企孫雖為好友，如一對並蒂蓮花開放在那個時代，但花朵的朝向卻不盡相同。葉企孫的理想是科學救國，而陳寅恪卻是以自由主義為核心展開了自己的人生追求。
自由主義在中國是一株奇異的植物。這是一株剛剛萌芽即遭冰凍霜打的植物。許多人甚至不知道它的全貌。毛澤東最早施以批判的自由主義，雖然包括11種表現，但就實質來講，所指的也隻是這株植物上的部分枝葉，顯然與自由主義的完整麵貌相去甚遠。
“自由主義”一詞源於19世紀初西班牙一個政黨的名稱，後來它在西方世界裏得到了廣泛的認同。在當下自由主義已是西方社會的一麵思想旗幟和主流思想，它不僅是許多人的政治信念，也是一種哲學思潮和社會運動。對政府而言，在社會體製構建和政策取向方麵，在達成社會預期目標的考量時，它應是當權者首要考慮的一種思維方法和重要元素。對個人而言，它還是一種生活方式。一個叫斯皮茲的自由主義者也像毛澤東一樣為自由主義者歸納了10條原則，他認為自由主義者必須：（1）尊崇自由甚於其他價值，即使是平等及正義也不例外；（2）尊重“人”而不是尊重“財產”，但是不要忽視財產在促進人類福祉方麵的積極作用；（3）勿信任權力，即使權力出自多數亦然；（4）不要相信權威；（5）要寬容；（6）堅信民主政治；（7）尊重真理與理性；（8）承認社會必然發生變遷的事實；（9）勿恥於妥協；（10）最重要的是保持批判精神。這大概就是自由主義的基本理念。由上可知，自由主義的真實麵貌，並不是我們通常所說的曆史視閾下的那種自由主義。盡管這種自由主義的理論是建立在個人主義之上的，但卻不是個人利益至上的個人主義，而是一個中性的指稱，它以個人作為其立論和論證的基點，其他的政治哲學和倫理原則都由此推導出來。有理論家稱此種論證方法為方法論個人主義，也因這種理論將個人作為社會分析的最小和最基本的單位，其他一切組織、團體、社群甚至國家都可歸結為個人，如同科學和哲學史上出現過的原子論一樣，於是一些理論家將這種個人主義稱之為原子主義。“事實上，自由主義者並不排斥集體、社會乃至國家的價值，個人主義也不是利己主義，從個人主義並不必然得出排斥一切集體取向和選擇的結論。它隻是說，判斷一種社會政策和價值觀的最終標準隻能是個人；個人自由是一個社會最基本的出發點，也是所有社會政策和立法的基礎。由個人而構成人群和社會，在發生學和本體論的意義上，個人都具有優先性。自由主義者堅信判定社會政策必須有一個最終的立足點，這便是個人。”（《自由主義基本理念》，顧肅著，中央編譯出版社2005年版，第4頁）