葉企孫對唯物史觀懷有深深的敬意。他從來就認為一個物理科學家，特別是注重實驗的物理科學家和唯物論有著天然的關係。他還知道，若用唯物論觀點指導科學史研究，必定會結出燦爛絢麗的學術之花，並且會順風順水皆大歡喜。但在中國漫長的社會裏，科技的發展並不僅僅是唯物論的推動。唯心論作為唯物論生長的必要條件，二者是相互對立又互相依存的關係，失去了任何一方，作為對立的一方就會枯萎和蛻變。唯物論和唯心論各有其認識與方法之用，用於揭示某種事物生成的秘密，完全可以互為條件解決無法自足的印證。特別是科學發明，它的生成因素很多，絕不可以生拉硬扯進唯物或唯心兩分法的簡單歸類裏，否則它會陷入反對一種傾向而掩蓋另一種傾向的偏頗之中。在研究科學史中，如果說唯心論和形而上學完全阻礙了科學的發展，西方科學家全是資產階級代表人物，這就未免過於簡單化和片麵化。簡單化和片麵化，都會影響我們接近曆史真實，這不是科學家應有的態度。
研究科學史首先要有科學態度。
當時正是“大躍進”的年代，在那樣一個知識分子集體失語的背景下，葉企孫的聲音顯得執拗而又清朗。生活水準可以下降，政治待遇可以不要，但涉及祖國科學史的書寫大事，他還是會發出自己獨特的聲音。
1964年8月，北京舉行科學討論會。這是一次世界級的科學討論會，許多國家都派出了代表團前來參加會議，葉企孫被排除在外。
與會期間，毛澤東主席接見了各國科學家，特別是見到日本代表團團長阪田昌一時，毛澤東握住日本客人的手說：“我看過你的《基本粒子的新概念》這篇文章，寫得好！我同意你說的話，‘基本粒子’並不是最後的不可分的粒子……”毛澤東對科學的倚重和敏捷的思維立時活躍了現場氣氛，也拉近了主客間的距離。陪同毛澤東主席接見的原中宣部科學處處長於光遠告訴大家說，毛主席早在1957年莫斯科會議上就說過，一分為二是普遍現象，原子分為原子核和電子，原子核又分為質子和中子，質子又有反質子等等。自然，毛澤東的這些話同樣也成了討論會上的中心議題，並且由此衍生出科學範圍以外的諸多話題。後來，這個原本相當學術的科學話題被政治所用，一些人甚至將這些爭論看做是階級鬥爭或者是階級鬥爭在黨內的反映，是唯物論和唯心論的鬥爭……
為了配合政治形勢，一些原本埋頭於專業的科學家不得已出來對一些所謂的資產階級權威進行批判，在社會上曾產生過很大的影響。
朱洪元先生就是一例。
朱洪元是我國著名理論物理學家，在高能粒子物理領域取得多項重要成果，他與葉企孫的高足胡寧先生一起引領開辟了粒子內部結構理論研究的新領域，其學術貢獻受人嘉許。但這樣一位受人尊敬的科學家，卻於1965年7月3日在北京科學會堂的報告上對普朗克、瑞利·金斯、愛因斯坦等世界超一流物理大家冠以“唯心主義”、“形而上學”的帽子加以撻伐，並將全文在當年第九期《紅旗》雜誌上發表，一時引得學術界嘩然。
這時候沉默既久的葉企孫再次站了出來，以具真名真姓的果決，在1965年第四期《自然辯證法研究通訊》上發表了他在世的最後一篇文章，表現了一位偉大科學家的坦誠襟懷—
幾點意見
一、對曆史上著名的科學家必須具體地分析，給予正確的評價，我有幾點不成熟的意見，提出來供大家討論。
（一）最近朱洪元同誌說，普朗克在1900年提出量子的假設後，用了15年時間企圖消除量子假設同經典理論間的矛盾，阻礙了科學的進展。這個說法可能有問題。普朗克當時采取的一些做法，是為了盡量考驗經典理論可能做到什麼地步，這是有必要的。而且他在這15年中的成就為經典統計理論過渡到量子統計理論準備了條件，在物理學上也是有貢獻的。
（二）朱洪元同誌還說，由於形而上學的束縛，從愛因斯坦提出光量子說到德布羅意的物質波理論，時間長達19年之久。這不能單純歸結為受到形而上學的影響以致發展遲了。例如實驗條件也需要發展的過程，如果電子衍射的實驗早些做出來，粒子的波動性也可能早些被發現。科學史上有不少這類的例子。如陰極射線的最後發現，引導到這發現的開端工作可從法拉第說起，而從法拉第到湯姆生，中間經過了約50年。在這50年中，物理學工作者在努力於提高真空度。隻有真空度提高了，陰極射線的效應才能被觀察到，陰極射線才能為人們所發現。把實驗條件尚未具備而未能更早發現的東西都稱為是形而上學影響的結果，這未免有些簡單化了。
（三）朱洪元同誌提到瑞利·金斯企圖“掩蓋”矛盾，這種說法恐怕有問題。瑞利·金斯同普朗克一樣，也是在企圖探索經典理論究竟能說明現象到哪種地步。他們所提出的公式直到今天還有其適用的地方，而且它的提出，在考驗經典理論的適用性上還是有好處的，便於暴露經典理論同新的實驗事實之間的矛盾。
（四）對於愛丁頓的估價問題。愛丁頓一生在天文學方麵作出了劃時代的貢獻，如關於恒星演化的學說，關於光的壓力（擴散）與星質的重力（聚縮）之間在恒星演化時所起的矛盾作用的學說。但他確是發表了許多錯誤的哲學見解，這些見解使他在若幹物理學著作中走了錯誤的路。例如關於光譜的精細結構的常數，他用錯誤的理論導出它應該是1/137（分母是一整數）。他的理論雖然是錯誤的，但也推動了物理學工作者去重新準確測定這個常數和與它有關的幾個基本常數。精細結構常數的實驗值現在大家公認為是1/137.1……否定了愛丁頓的理論。
二、科學史上確是有些例子，表明一個有唯心觀點的或有形而上學觀點的科學家也作出些重要的科學貢獻，為什麼是這樣？這是一個值得大家討論的問題。
葉企孫當時已漸漸被遮擋在社會主流之外，是被打入另冊的人。當整個社會集體失語，更多的清醒者是懷著幽怨去看斷橋的風景，看大廈坍塌的過程。他們悲憤的過往在這一刻得到了補償，甚至有隱隱的快感。但是，葉企孫不會這樣做。他的偉大魅力也表現在這樣的時刻：一個被時代放逐的人，當他發現國家民族的進步、科學事業的發展出現問題，他仍然會挺身而出，發出屬於那個時代的警世恒言。
1965年第四期的《自然辯證法研究通訊》裏，葉企孫的這篇千字文成為一個科學家求索真理的最後絕唱。正是有了這篇文章，當我們檢索那段曆史時，我們才能深切感受到一位大師在一個特殊年代的內在質量。這是一個高度，一個檢驗大師的最後刻度。一個人或許在某個領域堪稱翹楚獨領風騷，但在關鍵時刻權衡個人得失，說違心話，做違心事，以謀個人名利，就很難稱之為大師。這是一個相當苛刻的高度。不管怎樣苛刻，總是有人做到，有人做不到。陳寅恪可以做到，趙九章可以做到，但與他們同時代的一些人卻沒有做到，因此，我們很難稱他們為大師。
葉企孫，堪稱中國最後一位大師，一位完美的大師。他如高山令人仰止。陳岱孫先生稱其“哲人往矣，風範長存”。顧毓琇先生讚說“物理泰鬥，風範永存”。李政道先生更是敬仰有加，激頌葉企孫先生為“萬世師表”。這些偉大人物的祝詞是在葉企孫先生魂隨黃鶴數十年之後才由衷而發，發句句含情，字字泣血。麵對葉企孫這樣一筆曾被湮滅的精神寶藏，我們不該認真追尋他的風骨，以裨益當下的時代嗎？
《自然辯證法研究通訊》是一份在科學、哲學界頗有影響的雜誌。由中科院哲學研究所自然辯證法研究組主辦。主辦人之一的於光遠，時任中宣部科學處處長兼該組組長。於光遠原名鬱鍾正，是清華大學物理係第八級畢業生，與錢三強、王大珩、戴中扆（黃葳）等係同班同學。於光遠改行之後，仍與清華大學理學院的學友們保持著緊密聯係，也正是他的這種在科學、哲學兩條戰線都有專長的角色，在那個特殊年代裏，在有限的範圍內發揮了微妙的“平衡”作用。葉先生的這篇文章，就是他在思想領域內維持“平衡”的結果。
這同樣是需要膽識的。
當時社會上正是“階級鬥爭年年講、月月講、天天講”的時候，高教部也轉發了《毛主席談話紀要》，毛澤東在談到教育問題時說：“階級鬥爭是你們的一門主課”，“階級鬥爭都不知道，怎麼能算大學畢業？”在中央，更是因有了康生、陳伯達這樣的“階級鬥爭專家”而雞犬不寧。時任中央黨校校長的楊獻珍對“大躍進”、“共產風”等做法表示異議，認為是主觀唯心主義和形而上學的產物，而對任何東西強調過頭就會違反對立統一規律和自然規律，因此他提出“對立統一，合二而一”這個概念。康生將楊獻珍的這些本屬思想理論上的爭論定性為“反社會主義、反馬克思主義、反毛主席”，是“資產階級在黨內的代言人”，將其囚禁8年之久，僅在中央黨校受到株連的就多達154人，自殺2人，社會上受株連的則不計其數。這些慘劇就發生在於光遠的身邊，以他特殊的身份和地位，是很容易被康生之流抓住“把柄”的，像他發表自己老師的這篇文章，在那個年代，毫無疑問會被打成“反黨反社會主義”，因此就會拔出蘿卜帶出泥，就會出現“株連九族”的危險。
《自然辯證法研究通訊》是毛澤東常放案側的一本雜誌，因為這個緣故，備受世人矚目。毛澤東曾在公開場合多次講過這份雜誌，講過他在這份雜誌上看到的各種文章。他是一位思想家，他喜歡思想探險，大概他遊曆過太多太多思想的峰巒，有時也喜歡到自然科學的領域去探訪一番。這個領域對他是陌生的，神秘的，而且是極富挑戰性的。他曾給在蘇聯學習的兒子這樣說道：“趁著年紀尚輕，多向自然科學學習，少談些政治。政治是要談的，但目前以潛心學習自然科學為宜……總之注意科學，隻有科學是真學問，將來用處無窮。”（龔育之《自然辯證法在中國》，北京大學出版社1996年版，第88—89頁）毛澤東對自然科學的鍾情躍然紙上。但也正是這種看重，使他對《自然辯證法研究通訊》格外留意，並且常常從中引出諸多聯想。這種聯想不僅為他的詩歌創作提供了靈感，比如“坐地日行八萬裏，巡天遙看一千河”這樣的神來之筆，更多的時候還是用在了他的關於社會革命的嚐試中。他發表關於原子論猜想文章時，正是他的階級鬥爭和繼續革命理論推行的時候。1965年第九期《紅旗》雜誌發表了科學界、哲學界圍繞毛澤東談話討論專輯之後，文藝界緊接著就開展了對《海瑞罷官》的批判，它們相互映照，成為呼應“文化大革命”的最重要的序曲。
這樣一份牽動人們敏感神經的雜誌，葉企孫先生能在其上以一位真正科學家的姿態完美謝幕，應該感謝他的學生們—據說除於光遠之外，還有編務龔育之、許良英、範岱年以及後來的何祚庥、羅勁栢等，他們均是清華大學物理係的學生，或是葉先生學生的學生。
葉企孫晚年治史，與畫家齊白石“衰年變法”時正好同歲。然而，齊白石餘年重新抖擻，成就了他在中國美術史上崇高的地位。而葉企孫的餘年，終究是出師未捷，以悲劇收場，這似乎是他晚年最大的不幸。
早年寫《中國算學史略》時葉企孫就說過，“精譯之作，俟諸異日”，為中國寫一部高質量的科學史，是他多年的心願。英國人李約瑟來中國收集有關中國科技史的資料時，他盡心盡力協助。但畢竟是外國人為中國人修書，葉企孫終究意難平。他多次對自己的學生說過，外國人尚且如此，我們中國人為什麼不能？我們在古漢語上的優勢要比他們大許多，在全麵理解中國古代科技文化方麵要優於外國人。他因此表示要寫一部屬於我們自己的中國科學史。他一直作著這方麵的準備。從抗戰開始，每到一地，他就注意收集有關科學史方麵的資料，諸如善本繪事，圖影典籍，甚至實物遺存。解放後，他每個星期天不變的規律就是進城到古玩行書店、舊貨市場去淘寶，尋找有關科學史的蛛絲馬跡。成立科學史組之後，他煞費苦心，購來許多參考書籍，李約瑟來訪時看到這些藏書後大加讚揚。另外，他還認真培養科學史研究者們的專業素養和治學態度，為日後修史作準備。他主張一定要把中國科學史放在世界範圍內去考察和研究，妄自菲薄和妄自尊大都是不對的。書寫科學史是一份嚴肅神聖的工作，不是抄抄寫寫，人雲亦雲，羅列編織，錯了也不負責任，寫文章要經得起時間的考驗。席澤宗回憶道：
葉老對國內報刊上出現的大吹中國第一和首創的做法不滿。他認為古人由直觀和猜測得到了一些東西，有些雖與現代科學的發現有吻合之處，但二者不能等同，不能一下子就說我們早了多少年。因為古人在說到正確的同時，也說到了許多錯誤的東西，哪些是正確的，哪些是錯誤的，恐怕他們自己也不知道。而且，這種原始的東西，如果在外國古書中去找，也不一定沒有。因此“世界第一”不能隨便說，必須把中國科學史放在世界範圍內仔細研究才行。
1956年3月李約瑟和王玲、普拉斯在英國《自然》雜誌上發表了一篇《中國天文鍾》（見《科學通報》1956年6月，第100—101頁），其後又將它擴大成為一本專著，轟動一時。此文提出了一個重要的論點，近代鍾表的關鍵部件（卡子）起源於宋代蘇頌於元祐七年（1092年）製成的水運儀象台中的錨狀擒縱器。此文發表後，我國研究機械史的一位專家立即說他在文章中也注意到過蘇頌的貢獻。葉老看了他的文章以後說，這是眉毛胡子一把抓，並沒有把它的重要意義說出來，李約瑟之所以能抓住要害，是因為他與熟悉西方鍾表史的專家普拉斯合作。因此更加強了他搞中國科學史必須了解外國的觀點。1966年春天，他在自然科學史研究室開講世界天文史也是從這一點出發的，可惜隻講了埃及、巴比倫和阿拉伯部分，“文化大革命”就爆發了。“文革”後期，他從獄中出來以後，又在家中給個別人講過近代物理學史。
葉老認為，一個研究單位要把工作重點放在提高上。1955年冬，我要到紫金山天文台去參加一個學術會議，拿通知給他看。他看見日程上多是學習和介紹蘇聯天體演化學，很不以為然。他說不結合自己的實際工作，漫無邊際地學習別人，流於空談，沒有意思。紫金山天文台應該結合自己的條件，多作些觀測和研究才是最重要的。我到南京把葉老的意見傳達給他們，台領導都認為很對，其後他們在工作中也確實有貫徹。對於科學史的工作，他認為不能隻是抄抄寫寫，羅列一大堆資料而沒有自己的見解；也不能人雲亦雲，錯了也不負責任。寫文章要經得起時間的考驗，一篇文章30年以後還站得住，才算過硬。任何時代都會寫出很多東西，但能作為珍品流傳下來的隻是極少數。葉老確實是嚴格要求，我每寫好一篇文章請他看時，他先要問是科普文章還是學術論文。科普文章一概不負責修改，並且勸我少寫，他認為天文界搞的科普太多。若是學術文章，則要逐字逐句斟酌，往往連其中數字都要重新算過。他對數字非常注意，有時告訴我，他從報紙上看到一些數字消息，我去查時並不能直接得到，發現是經過他推算後得到的。（席澤宗《葉企孫先生的科學思想》，見《一代師表葉企孫》，第187—189頁）
經過一係列準備，科學史組馬上進入收獲的季節了。然而，這一天終於到來的時候，葉企孫才發現自己顆粒無收，空手而歸。
他曾經參與主編《中國天文學史》，斯時已流行集體合作，參與者每人撰寫一章。他是主持者，又負責定調搭架子，因此他負責寫第一章，好為後麵的人鋪路架橋。他寫得很著力，鋪陳有序，功力深厚，他提出促進天文學發展除生產經濟等5個因素外，還有人類的好奇心、星占術等等，並沒有著意突出唯物史觀。盡管這是一章令人稱道的好文章，卻屢屢得不到通過，並且因形勢需要不斷被要求更改增刪，一來二去，完全失去了一位科學家的獨立見解和學術判斷。他的撰寫熱情大大減退，到後來，連他寫的第一稿也不知所終，他也不再過問此事。
1956年，意大利召開國際科學史討論會，我國有兩位學者受到邀請，一位是竺可楨，另一位就是葉企孫。有關方麵已經通知了葉企孫本人，並要他在規定時間內作好出訪的準備。但在即將成行的最後一刻，有關方麵取消了葉企孫的出訪，僅讓竺可楨一人參加了會議。
有關方麵沒有任何解釋。
身處這樣一個環境，葉企孫一直到終了也沒有完成他的治史夙願。