明朝提倡的是佛教，這與明太祖朱元璋的出身有關。朱元璋幼年時曾在寺院當僧侶，後與起義的英雄反抗蒙古人的統治，最終推翻元朝，自立明朝。當他即位後就提倡佛教，而喇嘛教是佛教其中一宗派，故明太祖也供奉，還封喇嘛為國師，明太祖以後的王室，皆信奉喇嘛教。另外明成祖在一次戰爭中，曾經得到一位禪宗僧人的輔助，禪宗是佛教的一派，以致明成祖對禪宗也有好感。
除佛教外，明朝還流行道教，但不如佛教般受重視。明朝亦有一、兩個王帝是篤信道教的，如明世宗，他甚至沈迷在設壇祭神的迷信中，以致多年不理朝政。
當時回教的信徒已分布在中國各地。如在甘肅、陝西、四川、山西、福建、廣東和雲南。不過回教在明朝並不興旺，隻是元朝留下的一些影響而已。
基督教的信仰，就在這樣的宗教氣氛底下傳入中國。這對基督教的發展，肯定是有影響。
明朝當時流行的主要是王守仁提倡的理學。這學說傳播得很快，當時王守仁的弟子更遍及全中國。可以說明朝的思想界，是王守仁理學的世界。理學所提倡的，主要是要人發揮人的良知，也就是發揮人類先天辨別是非善惡的心。王守仁認為應該發揮良知，以求達到知行合一的地步，成為聖人。所謂聖人，是指心性方麵的修養。理學的東西，聽起來很清高，實行起來很不容易。
從基督教信仰的角度來看，靠自己的力量，根本不能實行良知。明朝時代有些人一生都追求發揮良知，培養心性，什麼事都不理，他們的思想，因而流於空淡貧乏。發展到明朝後期，理學學派就變得更虛無飄渺，不切實際。
正在這時，天主教教士利瑪竇來到中國，不少朝臣和學者，均向他學習西方的科學。利瑪竇利用中國人這種好學科技的心理，一邊教科技；一邊傳福音，講解基督教的信仰，受到很多人的歡迎。
當時不少西洋的傳教士，千方百計想到中國來傳教，但用盡了各種方法，沒有結果。最後有傳教士主張用武力迫使中國允許傳教士進入傳教。慶幸這建議被一班有遠見的傳教士反對。他們主張堅持用“長期的忍耐”來等待中國打開福音之門。結果那些熱切的傳教士，集中在澳門等候。一位叫“沙內羅”的修道士，兩次去了廣州，為教士們請命，但都被拒絕。
在明朝，西方傳教士們曆經波折，這些，姑且不論，咱隻說說清妖這一段兒吧。
清妖起初對西方傳教士，不論天主教、基督教都不容許在中國傳教，中國的信徒也不可與西方傳教士來往。曾有因與傳教士來往，而被抓去治罪的事情。
後來呢，陸續的到在中國的有這麼幾個人比較出名，他們是；英國倫敦會的馬禮遜、美國公理會的裨治文、美國公理會的伯駕。
而他們也不能隨意傳教，因為當時的清廷還頒布了有關的律條：“如有洋人秘密印刷書籍，傳教惑眾，並滿漢人等受洋人委派傳教，及改稱名字，擾亂治安，為首者斬；信從洋教而不願反教者，充軍遠方。”
直到20年前清妖與英法聯軍一戰之後，衰象畢露，被洋人逼著開始允許英國，以及其他國家的人，在上海、寧波、福州、廈門和廣州，這五個港口居住、通商和傳教。
這就是所謂的五口通商。
聽到這裏，秦書萍突然就問道：“天王，我就不明白，前幾年，各處的洋人傳教士蜂擁著來我們這裏，咱們待他們也都親如弟兄，可是，為什麼最後他們都要離我們而去了呢？”
盧森再次被眼前的這個聰明女子的問話驚呆了，自己論說的煌煌萬言，可是，她還是一下子就抓住了問題的實質。
於是，他就給她略微的講了一下太平天國的教義與西方基督教義的迥異之處，他告訴秦書萍，早期的西方傳教士當然歡迎突然出現的這麼一大群信奉基督的人們，正因為如此，才有前期大量的西方傳教士的踴躍到來，以至於連洪天王的的老朋友羅孝全也來到了天京城。可是，很快他們就發現，洪天王的這一套絕大多數都是他與當年的楊秀清等人的獨創，根本不是基督教的本意。
曾經有一段日子裏，這些人試圖說服天國的掌權者們，想把他們拉回純正的基督教的景象當中來，可是，雖然付出了極大的努力，他們還是不得不承認，想說服這些用自己的性命打下這江南半壁天下的人們幾乎就沒有可能。
就這樣，西洋的傳教士們紛紛離開了原本他們心中火熱的聖地。