“朕貴為天子，想怎樣就怎樣，皇後這樣未免太過分了。”文帝氣憤地說。
“皇上應以天下為重，怎麼能夠因為一個女子而丟開天下呢！”高極力勸解。
“皇後也為此深感不安，非常後悔。所以才特命臣二人出宮找尋皇上，皇上息怒，臣等護送皇上回宮。”楊素也從旁相勸。
一直等到天黑，在高、楊素的勸慰下，楊堅怒氣才稍平，同意回宮。獨孤皇後早已在宮中閣道前迎候，一見文帝，便嗚咽流淚，跪在地上請罪。高、楊素見此情景，連忙好言規勸：“皇上回來了，皇後就不要再憂傷自責了，皇上到現在還沒有用晚飯呢。”
獨孤皇後說：“可真難為你們了。”
文帝終於開口了：“你們就留下來一起用膳吧！二位在外朝政事上為朕分憂，在內朝又為朕的家事挨餓，朕要好好謝謝你們。”經過這一番波折，獨孤皇後為討楊堅歡心，刻意修飾，夫妻重溫舊情，和好如初。
但是自高勸文帝“陛下豈能因一婦人而丟開天下”的話傳到獨孤皇後耳中後，獨孤皇後就一直銜恨在心。當時，在廢立太子的意見上，高與文帝有分歧，獨孤皇後知道後便暗地裏計劃要除掉他。
在此之前，高夫人去世，獨孤皇後對文帝說：“高仆射年事已高，不幸失去夫人，陛下哪能不為他續弦！”文帝把皇後的話告訴了高，高流涕拜謝道：“臣今已老，退朝之後，惟有齋居讀佛經而已。雖蒙陛下哀憐，至於納室，非臣所願。”但不久之後，他的愛妾卻生下個男孩。文帝聽到這個消息非常高興，而獨孤皇後本來就不喜歡男人納妾，高的愛妾在這時卻生下一子，皇後就更不高興了。因此她便在文帝前詆毀高道：“當初陛下要為他娶妻，他心裏想著愛妾，當麵欺騙陛下。如今他的詭詐已經暴露，陛下哪能再信任他！”文帝向來對獨孤皇後的話頗為重視，從此開始疏遠高。
一次議論討伐遼東事宜，高堅持認為不可出兵，文帝不聽勸告，任命高為元帥長史，隨從漢王諒遠征遼東。恰巧軍隊遇到風雨疾疫，失利而還。獨孤皇後又趁機詆毀道：“高當初不想發兵，陛下勉強派遣，妾早已知道高必將無功而還了。”出發前，文帝因為漢王年少，因此讓高做了最高指揮官。高認為責任重大，一心為公，沒有意識到自己可能遭到猜忌和讒毀。遠征過程中，漢王的意見多數沒被高采納，對此漢王非常不滿。軍隊回來之後，漢王對皇後哭訴道：“孩兒差點就被高給殺了。”皇後和文帝聽到後，更加憤憤不平。不久，高就因受人牽連，被免除職務，以齊國公返回家鄉。
錯立太子後悔莫及
文帝有5個兒子，都是獨孤皇後所生。文帝為此頗感自豪，他曾從容地對臣下說：“前代帝王，內寵多，兄弟間互相爭權奪利，廢立之事由此而生。亡國之道，莫此為甚，朕別無姬妾，五子同母，可謂真兄弟也！”但是文帝哪曾想到，即使是一母所生的兄弟，也會因皇位鬧出兄弟相殘、父子相爭的悲劇。
楊勇是文帝的長子，文帝稱帝後立楊勇為太子。軍政大事以及審核罪犯，文帝都讓太子參與決斷。有關國家大政製度，太子經常提出意見，文帝往往采納。太子非常好學，長於詞賦，性情亦寬厚和善，從無矯飾之行。
獨孤皇後為太子楊勇選定了元氏之女為太子妃，按照儀製另立雲氏之女為昭訓。元妃生性溫婉賢淑，端莊有禮，獨孤皇後認為她十分適合將來母儀天下，因而對她頗為器重；而雲昭訓卻是一個活潑乖巧的女子，相貌俏麗，楚楚動人，相比之下，獨孤皇後嫌她失於輕佻，立她為昭訓本有些勉強，按她的意思是讓太子盡量少接近雲氏。然而，太子的情感與母親的心意卻不同，他對元妃更多的是敬重，對雲昭訓卻十分寵愛，因此，平時多半是與雲氏纏綿一處。獨孤皇後知道後，心中大為不悅。
這時，楊勇的弟弟晉王楊廣便乘虛而入。他故意裝出一副節儉仁孝、不好聲色的樣子，廣泛結交大臣，處處討好母後。獨孤皇後見楊廣努力按自己的要求行事，心中自然十分喜歡，她對隋文帝說：“廣兒大孝，每聽到我們派遣的使節到他的守地，他必定出城恭迎；每次談到遠離朝廷、父母，他都悲泣傷感；他的新婚王妃也可憐得很，廣兒忙於政務根本無暇顧及她，我派使婢前往探視，王妃蕭氏常常隻能和她們同寢共食，哪裏像勇兒與雲氏，終日設宴取樂。勇兒真是親近了小人啊！”由於楊廣的有意圖謀和獨孤皇後的不實評價，楊勇的太子地位變得岌岌可危。
由於太子處境困窘，心存大誌的元妃為他而擔心焦慮，偏偏太子沒有心計，根本不把這件事放在心上，終於導致元氏抑鬱成疾，抱憾離開了人世。而昭訓雲氏更是一個不甚操心政事的女子，她醉心於兒女之情，這種性格很討楊勇的歡心，兩人卿卿我我，形影不離。就在元妃死後不久，雲昭訓生下了他們愛情的結晶——小王子。本來元妃的死就讓獨孤皇後耿耿於懷，如今太子又違反了她所訂下的規矩——“後庭有之，皆不育之，示無私寵”。因此，偏妃生子成了太子楊勇的罪孽，這使得皇後對他更加不滿。
這時，正好晉王楊廣從他的守地揚州入京晉見母後，心懷叵測的他在獨孤皇後麵前暗暗挑撥道：“太子對兒存有異心，屢次派人刺殺為兒，讓兒十分驚恐。”獨孤皇後本是一個非常精明的人，稍微理智些就不可能相信楊廣的惑言，但由於她已經對楊勇產生了很深的成見，所以不經考慮就聽信了楊廣的一麵之詞。憐愛和氣憤的情緒一起湧上她的心頭，於是坦白地對楊廣說明了她的心意：“勇兒已不成器，拋開正室，專寵雲氏。有我在，他尚且敢欺負你們兄弟，倘若日後成為天子，太子竟是庶出，你們兄弟哪裏還有生路啊！”
事情到了這種田地，廢除太子一事已毋庸置疑。開皇二十年十月，隋文帝在獨孤皇後主張下，以太子“情溺寵愛，失於至理，仁孝無聞，昵近小人”的罪名而將他廢為庶人。一個月後，在獨孤皇後的極力支持之下，晉王楊廣被立為太子。
仁壽二年八月，獨孤皇後病死。直到死前，她還認為自己替楊家的基業選了一個理想的繼承人。她不知道，就在她的靈柩前，楊廣也扮演了兩麵角色：當著眾人，他手扶靈柩，哀號痛哭，痛不欲生；回到家裏，宴飲歡笑，如同平時一樣。倒是她丈夫楊堅，在臨死前終於有所悔悟，可惜後悔莫及。精明一生的獨孤皇後怎麼也不會想到，她苦心保薦、極力推舉的愛子楊廣，僅用了短短十來年的時間就斷送了大隋王朝。