亞曆山大繼續率軍向迦德羅西亞和歐瑞坦人的邊界前進。歐瑞坦人和迦德羅西亞人已經聯合起來，在亞曆山大必經的峽穀入口紮營，擺好了打一仗的陣勢，但一聽說亞曆山大來了時，大部分人卻又都棄陣逃跑了。歐瑞坦人的頭目隻好前來投降，並代表他們全族表示歸順。亞曆山大讓他們把歐瑞坦人都召集起來，叫他們放心回家，保證不會傷害他們。亞曆山大派阿波羅發尼斯當歐瑞坦人的總督，派近衛軍官利昂那塔斯為當地駐軍司令，撥給他一部分軍隊。令他在這裏建城，並為即將路過這裏的艦隊提供其必需的給養。亞曆山大就是這樣，不斷地征服新的地區和部族，建立新的城市。
隨後，亞曆山大率軍向迦德羅西亞（南俾路支）前進，所經過的地區大都是沙漠。沙漠裏生長著許多沒藥樹，樹幹上產一種樹膠。沙漠裏還產一種甘鬆根，又多又香。隨軍的腓尼基商人非常熱衷於收集沒藥樹樹膠和甘鬆根。他們讓騾子馱上這些東西走。沙漠裏還生長其他一些奇怪植物。但亞曆山大的部隊行進在這樣的沙漠裏，逐漸陷入困境。路途坎坷，供應難籌，特別無法忍受的是，部隊常常找不到飲水。部隊人馬不得不利用夜間趕路，以避開白天令人難熬的酷熱。每晚長途跋涉在離海很遠的地方。因為迦德羅西亞沿海完全是一片荒漠，亞曆山大曾派人到海邊考察一下，看看那一帶有沒有淡水和其他必需品，結果令人失望，那裏淡水奇缺。這樣就使亞曆山大原來的計劃落空了，因為他本來計劃沿海邊走，一路視察現有的海港，並盡可能地為海軍創造一些方便條件，如，挖井、準備拋錨的地方等。後勤供應組織的周到是亞曆山大軍事勝利的重要條件，但現在後勤供應陷入困境，亞曆山大不僅無法給他的海軍提供必需的物資，他自己率領的部隊也嚴重地缺糧缺水。
糧食的匱乏已使糧食的分配無法正常進行。亞曆山大來到迦德羅西亞境內的一處糧秣較充足的地方，搞到了一些食物。他下令把這些食物包紮起來，貼上蓋有自己圖章的封條，分配給各運輸隊，讓他們運到海邊去。飽受饑餓之苦的士兵，甚至警衛，竟在運送途中，劃開加封的給養包，把食物分吃了。他們實在餓極了，已顧不上考慮這種行為是否會受到國王的懲罰了。亞曆山大知道後，饒恕了這些犯法的人，並派部隊到各處去盡量多搞一些糧食，隻要是可以吃的，如椰棗和羊，都盡量多收買一些。
但是，這隻是困難的開始，更可怕的歸途在後麵，對於某些人來說，歸途將成為不歸之路。到迦德羅西亞的首府還有一段漫長的令人生畏的路。從歐瑞坦地區出發，到最後到達迦德羅西亞首府總共走了整整60天，多數人都認為，亞曆山大的部隊在亞洲所經曆的一切苦難加起來，也比不上他們在這段行軍路上所遭受的罪。事前曾有人告訴亞曆山大這條路非常難走，從來沒有誰率領部隊走過這條路。有一個女酋長從印度逃跑時走過這條路，幸存者隻有12人；居魯士曾到過這裏，企圖侵入印度，結果由於一路荒無人煙，全軍損失了絕大部分。據說，亞曆山大聽了這樣一些傳說後，反而激起了要和居魯士一比高低的鬥誌，毅然決定走這條路。尼阿丘斯說，亞曆山大走這條路，是因為海軍艦隊距這裏不遠，他可以有望得到海軍給他提供的給養。不管出於何種原因，亞曆山大走這條路是一個完全錯誤的決策，使原來一直組織得很好的後勤工作陷於癱瘓，使部隊遭受了不必要的嚴重損失。
在迦德羅西亞沙漠，夜晚的溫度也在35度以上，白天更熱如火爐。巨大的流動沙丘使部隊不斷改變行軍方向，沙土既深又燙，踩在上麵就像受火刑，每邁出一步都非常艱難。酷熱和幹渴使大批人馬倒下了，特別是隨軍的婦女和兒童，死亡的非常多。馱運重物的牲口大都因疲勞、幹渴而倒斃了，沒有倒斃的也被部隊士兵殺了吃肉，然後報告說它們是累死的或渴死的。亞曆山大雖然知道士兵殺牲口吃肉，也隻能假裝不知道，因為他知道大家都參與了這種犯罪活動。在這種極端困難的情況下，軍隊的團隊精神也減弱了，病號和累壞了躺倒的人，無人照顧了，甚至沒有人扶起他們前進。
這段路上的有些災難完全出乎意料。迦德羅西亞這樣一個幹旱地區，在季風吹來時，卻又暴雨成災。有一天，部隊好不容易找到一條有水的小溪旁宿營，半夜，沒見天下雨，小溪卻突然暴漲，洪水排山倒海般湧來，隨軍的婦孺大多被山洪席卷而去，亞曆山大用的帳篷連同裏麵的一切也都蕩然無存，殘存的牲口竟被一掃而光。戰士們好不容易才擺脫了洪水，保住了性命，但除了武器外，什麼都沒有了，有的甚至連武器也丟了。這次洪水造成的災難可能不比沙漠小。
亞曆山大在這可怕的歸途中，在極端困難的情況下，顯示了作為一個偉大統帥應有的品質，和將士們同甘共苦，以身作則。在沙漠中行軍，亞曆山大和戰士們一樣，徒步前進，忍受著幹渴和酷熱。有一次，一支找水的部隊在一個小得可憐的水坑，費了很大勁才淘出一點點水，然後他們飛快地跑回來，把盛在頭盔裏的那點水送給國王，亞曆山大接了過來，向他們表示感謝；他雖渴得要命，卻毫不猶疑地當著全軍的麵，把那點水潑在地上。他這一潑，贏得了全軍的歡呼，大家心情振奮，好像都喝到了亞曆山大潑出的那點水。
亞曆山大不隻是和將士們一樣忍受著同樣的苦難，而且能在看似無望的絕境中，保持信心，臨危不亂，想方設法把部隊帶出困境。這支艱苦行進在沙漠裏的軍隊，後來迷路了，狂風把一切可顯示方向的標誌都吹得模糊不清了，在茫無邊境的大沙漠裏，看到的隻有沙丘沙岡，向導也不知應往哪裏走。這時亞曆山大顯示了他的傑出才能，他親自帶領一些人前去探路，走到了海邊，並在海邊的砂石下麵找到了清新的淡水，這真是救命之水，於是，亞曆山大派人把全軍都帶了過來。部隊就沿海岸走了7天，一路都有水喝。後來，向導認出了路，部隊便又向內陸行進。
亞曆山大終於率領部隊走出了沙漠，到達了迦德羅西亞首府，部隊在這裏休息數天後，開始向卡曼尼亞進軍。進入卡曼尼亞後，與克拉特拉斯率領的部隊會合了。克拉特拉斯從印度返回，途經穆拉山口和坎大哈，一路並沒遭遇亞曆山大所遭遇的困難，雖也曆盡艱辛，但部隊和大象都順利而安全地到達目的地。
尼阿丘斯率領的艦隊，如同亞曆山大艱難地在沙漠中跋涉，曆盡艱辛地沿著海岸航行。那裏的海岸一帶盡是些不毛之地，人跡罕見，給養難尋。他們要不斷登岸，籌集淡水和食物，開始他們還可得到亞曆山大的幫助，後來，亞曆山大自顧不暇，當然就顧不上他們了。和亞曆山大一樣，他們也常常缺糧缺水。艦隊上岸尋找淡水和食物時，碰到過吃生魚為生的、還生活在石器時代的莫克蘭民族，並和他們打了一仗。在這種情況下，研究海岸、開辟航道的任務完全被拋在腦後了，艦隊隻是為生存下去而奮鬥。特別使艦隊害怕的是鯨魚群。這些鯨魚噴出小山高的水柱，可以毫不費力地把艦隊的一些較小的船撞翻。每當碰到鯨魚群時，尼阿丘斯就讓船隊像準備海戰那樣擺開，號角齊鳴，士兵高聲呐喊，紛紛用長矛和長標槍向鯨魚刺去，鯨魚立即被嚇得潛入水中。士兵們高興得大聲歡呼，讚美他們的司令的勇敢機智。由於大海神秘莫測，而有各種怪異的傳說，有一次，艦隊駛近一個小島，舵手說，這是太陽神的聖地，人隻要登上這個島就會無影無蹤。尼阿丘斯根本不相信這是真的，他以他希臘人慣有的勇於探索的精神，毫無畏懼地登上了這一小島，用事實證明這一傳說的荒誕不經，也提高了他自己在士兵中的威信。
尼阿丘斯離開印度河，航行了80天，到達了阿爾穆茲海峽，艦隊在艾馬尼斯河河口停泊，尼阿丘斯帶領了幾個人上岸，在卡曼尼亞的古拉什凱德找到了亞曆山大。亞曆山大見到他們時，見他們個個麵黃肌瘦，蓬頭垢麵，還以為他的艦隊隻剩下這幾個人了，當尼阿丘斯報告說，艦隊已到達波斯灣，隻損失了4艘船時，亞曆山大欣喜過望，高興得流出了眼淚。
三支大軍終於會合了，亞曆山大的遠征軍勝利地班師回朝了。不過班師途中付出的代價太大了，有人估計，死於荒漠和海上的人數有45000人，幾乎是亞曆山大整個軍事力量的三分之一。特別是亞曆山大率領的那一路，出發時，連同隨軍人員，可能有4萬之眾，而生還的隻有15000人。由於損失的巨大，有人認為亞曆山大所選擇的回師之路是錯誤的。不過，對於亞曆山大來說，他要征服沿海尚未征服的部族，開辟一條從印度河到兩河流域的航道的目的基本達到了。尼阿丘斯不僅勝利返航，而且對沿途的曆史和地理作了較為詳細的記錄，諸如天氣、風浪、海潮以及沿岸的一些土著民族及其奇風異俗等都一一作了記述。可以說，尼阿丘斯第一次探明了一條尚未為人知的海岸，在東西方之間創出了一條海上通道。其意義是巨大的。
公元前325年年底，為了慶祝征服印度和勝利班師，亞曆山大在卡曼尼亞舉行了盛大的祭神活動和體育和文藝比賽。祭祀海神波賽冬、祛邪者阿波羅和赫拉克勒斯，向主神宙斯謝恩。慶祝活動持續了好幾天，以致後來有人說，慶祝活動好像成了酒神節的尋歡作樂。
慶祝結束了，尼阿丘斯奉命率領艦隊駛向底格裏斯河。公元前324年初，亞曆山大派赫斐斯申率領大部分軍隊、運輸隊和象隊經卡曼尼亞沿海去波斯，他自己則帶領輕裝步兵、近衛騎兵沿著通向波斯境內的帕薩伽代城的道路前進。就在6年前，他們第一次進入波斯，現在他們從印度返回這裏，心中肯定充滿了自傲、喜悅和不可一世的自豪感。但亞曆山大的腦海中，除了自豪感，可能正在考慮如何鞏固他的帝國和進行新的征服活動。