為了安撫人心，避免部隊裏發生騷亂，亞曆山大在身體稍為好些時，令人將他抬到船上，然後乘船順流而下，來到部隊營地。他叫人把船的天篷掀開，好讓戰士們能看見他。但部隊仍不相信，認為船上運的是亞曆山大的屍體。直到船靠近岸邊，亞曆山大向人群揮手致意時，他們才相信他們的國王仍然活著，並情不自禁地爆發出一陣歡呼聲，有的高舉雙手感謝蒼天，有的把雙手伸向亞曆山大，有的高興得淚流滿麵。人們把亞曆山大抬下了船，近衛給他抬來了一副擔架，但他卻要人把他扶上馬。當大家看見騎在馬上的亞曆山大時，全軍歡聲雷動，經久不息。
亞曆山大這次涉險負傷，受到了他的一些摯友的責備，他們說，這樣狠勇冒險，是戰士的事，不是一個統帥應當幹的。他們的責備是對的，這件事，也暴露了亞曆山大性格中的弱點，為了達到目的，他往往不顧一切，甚至把自己的安危都置之度外。當然，亞曆山大也可能不隻是逞個人之勇，他是想用自己的奮不顧身的勇敢行動來鼓舞已日見消沉的士氣，但不管如何，作為一個統帥，孤身犯險，如遭不測，便會斷送整個部隊。不過，亞曆山大卻聽不進他的摯友的話，他已不能容忍別人對自己的行動的指責。他身邊已不缺阿諛奉承的人，有人見他聽了責備他的話不高興，便上前討好地說：“亞曆山大，見義勇為，此乃大丈夫。”這樣的話，亞曆山大感到十分中聽。
馬利亞人遭到沉重的打擊，幸免於難的馬利亞人不久派人來請降。歐克西德拉卡人的各城市和各地區的首領也來謁見，來謁見的還有其他一些重要人物，他們都帶著貴重的禮物。他們提出的投降的惟一要求就是繼續讓他們自由和自治。他們可以接受亞曆山大派去的總督，也可以向亞曆山大繳貢賦。亞曆山大讓他們送1000名部族的優秀人物來當人質。他們答應了，不僅如數送來了人質，還多送來了500輛戰車和車手。亞曆山大留下了戰車，卻把人質打發回去了。任命菲利普為他們的總督。
亞曆山大養傷期間，造了一大批新船，傷好後，又重新開始他順流而下的航行。沿途繼續接受一些部族的歸順，征服那些拒不歸順者，在戰略要地建立新城市，留下一些部隊駐守戰略要地。亞曆山大把阿塞西尼斯河和印度河的彙流處作為他的堂弟菲利普轄區的邊界，給他留下一支包括有色雷斯部隊全部的足夠駐守全地區的部隊，還命令他在兩條河流的彙合處，修建一座城市，並在那裏創建船舶修造所。
亞曆山大的目的仍和他過去一樣，想用各種辦法來擴大征服地區並鞏固對所征服地區的統治，但無論是屠殺和懷柔，對某些印度人、特別是印度的婆羅門都不起作用，不少印度人的反叛都是由婆羅門煽動的。例如，穆西卡那斯，在亞曆山大大兵壓境下，投降了，亞曆山大讓他繼續享有主權，並派軍隊駐守其首府。但後來，在婆羅門的教唆下又反叛了，亞曆山大采取了極其嚴厲的手段懲罰反叛者，一些支持反叛的城市被夷為平地，居民被販賣為奴。穆西卡那斯和那些教唆他反叛的婆羅門都被押到自己的國土絞死。婆羅門是印度人的精神領袖，是古老的印度文明的代表者，是古代印度宗教的代言人。他們對不同的希臘文明抱有無法消除的敵視情緒。亞曆山大對以婆羅門為代表的印度文明既敬又懼，因為他難於把這兩種文明融合在一起，也無法使婆羅門屈服於他的統治。有這樣一個很難確定真假的故事。亞曆山大捉住了10個被稱為裸身大智者的印度哲學家，據說，他們對難題對答如流，亞曆山大可能想借機打擊一下他們，也可能是出於好奇，決定出幾道題讓他們回答，答錯者處死。為了顯示公平，他讓一個年紀最大的裸身大智者做裁判人。
亞曆山大問第一個人的問題是：生者多還是死者多？答：生者多。因為死者已不複存在。問第二個人的問題是：最大的獸在陸上還是在海上？答：陸上產大獸，因為海隻是地球的一部分。第三個人被問什麼動物最狡猾，答：人尚未發現的動物。第四個人被問：“你為什麼要煽動土王造反？”答：“因為我希望他或是活下去，或是體麵地死去。”第五個人被問：晝與夜何者長些？答：“晝長，但僅指一日而言。”亞曆山大對這一回答非常驚訝，印度人解釋說，對於難答的問題應當答以深奧的答案。亞曆山大接著問下一個人：一個人必須怎樣才能真正被人敬愛？那個印度人回答：“此人必須非常威嚴但又不使人畏懼。”第七個人被問：一個人怎樣才能成為神？答：“為他人所不能為。”亞曆山大問第八個人的問題是：生命與死亡，何者更堅強？這個人回答：“是生命，因為生命將忍受極多的苦難。”最後一個人被問的問題是：人活多久最為適宜？答：“活到死亡比生命看起來更稱心如意。”問完了，也答完了，亞曆山大轉向那個被指定做裁判的人，令他作出判決。這個印度人說，依他之見，回答得一個比一個糟。這些印度智者的回答，如果不評說錯和對，的確個個都閃耀著智慧的光芒。他們在麵臨生死抉擇的關頭，仍從容不迫對答如流，他們的這種無畏態度，他們的睿智，可能也打動了亞曆山大。亞曆山大不僅把他們全都放了，還送了些禮物給他們。
亞曆山大派克拉特拉斯率領一部分部隊，包括大部分輜重隊、老兵、傷兵和大象，經阿拉科提亞人和紮蘭迦亞人的地區，到卡曼尼亞去。他自己則繼續在河上航行，來到帕塔拉地區，也就是印度河三角洲，發現這裏的城鎮和鄉村都空無一人，原來這裏的人得知亞曆山大要來，早逃走了。亞曆山大一麵派部隊把逃亡的人趕回來，要他們照舊居住和生活；一麵令人在帕塔拉城的要塞上修築工事，並在這裏修建港口和船塢。同時還派部隊到附近的沙漠地區去打井，以便使那些地方適宜於人們生活。顯然，亞曆山大是要把這裏作為他的帝國的最東南的重要據點。
印度河在帕塔拉分為兩條大河入海，亞曆山大帶著船隊裏的最好的水手，分別駕著一批一排半槳船、全部三十槳大船和一些輕快船從右邊的那條河下駛入海。由於附近的印度人都逃走了，找不到熟悉河道的領航員，船隊航行困難重重，起航的第二天，碰到了一場猛烈的暴風雨，河麵上頓時巨浪滾滾，船隻被狂風巨浪拋上摔下、東搖西擺，大都被損壞，還有一些完全破碎了。幸好有一些在被毀前拉到了岸上，才避免了船隊全部毀滅的後果。亞曆山大修補好破損的船，又建造了一些新船，並派人抓了一些印度人做領航員，船隊又重新起航了，但在船隊駛入一處寬闊的河道時，遭到一股從海上吹過來的狂風的襲擊，在滔天的巨浪中，水手連槳都舉不起來，為了避風，船隊在領航員的指引下，駛進了一條小河汊子。幾個小時後，令亞曆山大和他的部下大吃一驚的事發生了，他們原來停泊在水裏的船隻，現在被高高地擱在地上。這是海洋潮汐起落的常有的情況，他們在地中海從來沒見過。過了一段時間，洶湧的潮水衝過來了，被擱淺的船隻又漂了起來，但那些未落平穩的船隻，或被潮水衝得互相碰撞，或被衝翻，損失不小。船隻修好後，駛到下遊的一個島邊停泊，這個島很大，島上還有淡水，亞曆山大在島上祭祀了神，據他說，他祭的神都是阿蒙叫他祭祀的。然後他又驅船駛向大海，據他自己說，他要看看海外還有沒有其他國家。亞曆山大麵向一望無際的海洋，可能認為他已經到了世界的最南端了。他向海神普塞頓獻祭，祈求海神保佑他的海軍安全到達幼發拉底和底格裏斯兩河的入海口。亞曆山大到達了他所認為的世界的南端，在充滿了自豪感的同時，可能會為自己沒能到達世界的東端而遺憾。他現在要真正考慮如何回去的問題了。他已經打發克拉特拉斯率領包括老、弱、殘在內的一部分軍隊從一條較安全的路返回了。他要考慮其餘的部隊如何回去了。
可怕的歸途
亞曆山大從海上回到帕塔拉後，為了考察從哪條河道入海較安全，又組織船隊從另一條入海水道駛向大海。這次航行很順利，途經一個大湖，安全地到達大海。他讓船隻在海岸停泊，自己帶領一部分騎兵，沿海岸走了三天，視察部隊返航時附近陸地的情況，令士兵沿路打井，以便部隊返航時有淡水供應。他還另派了一支部隊到更遠的海岸上去視察和打井，完成任務後再返回。他自己率領船隊回到帕塔拉，在大湖處修建另外一個港口和其他船塢，並留下軍隊駐守。他又在這一帶征集了全軍四個月的給養，為返航做好必要的準備。
返航的時候到了。亞曆山大把部隊分成兩部分，一部分乘船沿海航行，由海軍司令尼阿丘斯率領，他們的航行不隻是單純地要回去，而且負有開辟一條從印度河到兩河流域的航道的重任。在亞曆山大的腦海中，可能時時刻刻都在計劃如何擴大他的帝國和如何把他的大帝國連成一整體。因此這條航道的開辟對於他的帝國來說，具有極其重要的意義。亞曆山大自己不乘船，而是率領其餘的部隊沿海岸前進，既為尼阿丘斯率領的航行於海上的部隊挖水井、設糧庫，保證艦隊的後勤供應，又可征服沿途尚未歸順的部族，開辟一條陸地上的通途。
公元前325年9月，亞曆山大率部從印度河三角洲出發了，踏上了他的部下向往已久的歸程，跟隨他的部隊人數不多，可能隻有15000人左右，隨行的還有隨軍人員、商人、科學家、婦女和兒童。
尼阿丘斯率領的艦隊，包括約150艘艦船、5000名水手和一些雇傭兵、弓箭手和投槍手，沒有和亞曆山大同時出發，因為當時正刮西南季風，不適宜航行。他們等到十月東北季風到來時，才啟程返航。
亞曆山大率部離開帕塔拉後，走了很遠的路，來到阿拉比亞斯河。這裏有一個長期獨立的印度部族歐瑞坦人，亞曆山大打算給他們一個突然襲擊，打垮並征服他們。他讓赫斐斯申率領一部分部隊留守，自己率領一支精兵去襲擊歐瑞坦人。他渡過水少河窄的阿拉比亞斯河，連夜行進，天亮時越過了沙漠的大部分，接近了有人煙的地區，然後他讓步兵以行軍序列前進，而自己則率領分成許多中隊的騎兵，分別出擊，以便在最短的時間內掃蕩盡量多的地區。抵抗的歐瑞坦人不是被騎兵砍殺，就是被活捉。後來進抵歐瑞坦人的一個最大的村莊，亞曆山大覺得這個地點很好，將來一定會繁榮，便讓赫斐斯申負責在這裏建一座新的亞曆山大城。