亞曆山大在這裏對軍隊作了一些調整。他解散了他的希臘盟軍。他給每個人都發了全餉並犒賞一份禮物。派人護送他們返回家園。如果他們願意留下來，也可以個人名義重新入伍。不少希臘士兵選擇了留下來。
解散希臘盟軍是亞曆山大一生中的一個轉折點，他的盟軍統帥的頭銜也就隨著盟軍的解散而去掉了。這也意味著為希臘複仇的戰爭結束了，科林斯同盟作為他的統治工具，仍然保留，因為他在和希臘諸城邦打交道時仍用得著，但亞曆山大在戰爭中和希臘人的特殊關係已經不複存在了。自此以後，亞曆山大率領的就不是什麼同盟軍而隻是帝國大軍了。
亞曆山大還命令帕米尼歐把在蘇薩、波斯波利斯等地掠獲的金銀財寶帶到埃克巴塔納衛城，交給哈帕魯斯，由哈帕魯斯負責保管這批價值18萬泰倫特（約3.24億美元）的財寶。同時給他留下6000馬其頓部隊負責警衛。
在作了這些安排後，亞曆山大不顧一些將士的不滿，又開始追擊大流士。他命令帕米尼歐率領雇傭軍、色雷斯部隊和地方騎兵以外的其他騎兵，通過一條雖較艱險卻較近的捷徑追擊；他自己則率領皇家衛隊、騎兵偵察兵、馬其頓方陣兵、弓箭手和艾吉裏亞部隊繼續他的追擊大流士的大進軍。亞曆山大率部飛速前進，由於行軍速度太快，許多馬匹倒下了，許多士兵也因疲勞過度而掉隊了。但亞曆山大並沒有因此而放慢速度，繼續飛速前進，隻用了11天的時間就趕到了拉迦（今德黑蘭附近），第二天又急行軍50英裏，到達帕提亞沙漠邊緣的裏海關口。但他還是慢了一步，大流士已經過了這個關口，逃到東邊的荒漠中去了，不過，許多跟隨他的人都離開他回家去了，還有他的一大批隨從投降了亞曆山大。亞曆山大麵對帕提亞沙漠沒有貿然前進，他讓部隊在這裏休息了5天，並任命了一個波斯人為米提亞總督。然後他率軍向帕提亞前進。帕提亞是波斯帝國的一個行省，相當於今天伊朗的呼羅珊地區。這裏土地貧瘠，人煙稀少，大流士又實行堅壁清野政策，這給亞曆山大的後勤工作造成很大困難。第二天，走到有人煙地區的邊緣時，因為再往前走，就進入荒漠地區，為了儲備今後的給養，亞曆山大專門派了一隊騎兵和少數步兵去收集糧秣。
這時，從大流士處逃來了巴比倫皇族巴基斯坦尼斯和原敘利亞總督馬紮亞斯的兒子按提貝拉斯，他們向亞曆山大報告說，巴克特利亞總督比修斯、騎兵司令那巴讚斯和阿拉科提亞和索格吉亞那的總督巴散提斯等人合夥劫持了大流士，剝奪了他的王權。聽到這一消息，亞曆山大立即挑選出一支精兵隊伍，隻帶上兩天的給養，以前所未有的速度追擊，而讓其餘的部隊以平常的速度隨後跟進。亞曆山大通宵達旦地急速行軍，一直到第二天中午，他才讓部隊稍事休息，又日夜兼程往前追趕。天亮時，到達那個來投降的巴基斯坦尼斯逃離的營地，但敵人已經走了。在這裏得知，大流士確實是被比修斯等劫持了，並被囚禁在一輛篷車裏帶走了。比修斯已取而代之掌握了一切大權，巴克特利亞騎兵和跟隨大流士逃跑的波斯部隊都支持他，因為現在在他的轄區，而他又和大流士有親屬關係。忠於大流士的少數波斯軍隊和希臘雇傭軍雖不讚成廢黜大流士，卻也無可奈何，隻能逃入深山。比修斯等人之所以廢黜和劫持大流士，是因為他們認為，大流士已失人心，但他們可用大流士作和亞曆山大談判的籌碼，用大流士換取有利的條件。亞曆山大決定繼續全力追趕。當地人給他指了一條近路，但這條路上既無人煙，又無水。亞曆山大為了更快地前進，命令500騎兵把馬讓給他挑選的裝備精良的步兵。他親自率領這500步兵上馬，抄近路快速追趕。由於沿途無水，一路奔馳下來，所有的人都幹渴難忍，一些士兵發現了一點水，他們便用銅盔盛著水送給亞曆山大，而亞曆山大又把水還給他們。眾將士都被亞曆山大這一舉動感動了，高聲歡呼讚美。他們立即上馬繼續趕路，當夜前進了50英裏。離開拉迦後，5天行軍200英裏。
破曉時，亞曆山大和緊隨他的60名部下終於趕上了敵人，被追得狼狽不堪的波斯人一見亞曆山大追來，大部分隻顧逃命，作鳥獸散了，隻有少數人掉頭進行抵抗，但被亞曆山大一陣衝殺，也跑了。比修斯帶著關在大篷車裏的大流士逃了一段路，見亞曆山大很快就要追上來了，那巴讚斯和巴散提斯立即把大流士刺傷，棄之不顧。他們自己卻帶著600騎兵逃掉了。亞曆山大追上時，除見丟棄一地的金銀財寶外，士兵們還在一輛馬車上發現了奄奄一息的大流士，他被用金色的鏈子捆著，身上被梭鏢刺得傷痕累累，一個士兵給他喝了一點水，他說，他感謝亞曆山大善待他的家小，說完，這位波斯國王，這位萬王之王就死了。
一直在追逃跑者的亞曆山大返回時，見到的隻是大流士的屍體。我們不知亞曆山大當時是種什麼心情，他可能為沒有生擒他的這個對手而遺憾，他也可能為這樣一個大帝國的國王就這樣可憐地死去而感到惋惜，他脫下自己的戰袍蓋在大流士的屍體上，下令將他的遺體送到波斯波利斯他母親處，以君王之禮把他和波斯的曆代國王葬在一起。
大流士死時（公元前330年夏）50歲，在位18年，雖沒有什麼了不起的政績，也沒有突出的劣跡。在波斯人的眼中，他並不是一無是處的昏君，甚至有人認為：“大流士身居王位，當之無愧，因為他比所有其他的波斯人都勇敢。”他曾在一次一對一的格鬥中，打敗過一個卡迪西亞首領。他的不幸在於他的對手是亞曆山大，是亞曆山大這樣一位曆史上少見的軍事天才。和亞曆山大相比，他的確顯得愚蠢、膽怯和虛弱。他一敗再敗，最後落得個眾叛親離，成為亡國之君，慘死在自己的親信手下。這對於他個人來說，確實是個悲劇，但就曆史而言，波斯王朝的覆滅也許並不是壞事。
大流士死於他自己人之手，這對於亞曆山大來說，可能是最好的結果。如果他生擒了大流士，殺了他，可能會引起波斯人的仇恨，不殺他也會有很多麻煩。現在好了，亞曆山大還可以借為大流士複仇，去追殺比修斯等人，去征服還沒有征服的地方，他後來正是這樣做的。
大流士之死使亞曆山大可以向世界宣告，那個曾經在亞洲、非洲和歐洲稱王稱霸200多年的大帝國不再存在了，滅亡了。他亞曆山大現在不僅是希臘世界的主人，也是亞洲的主人、世界的主人了。亞曆山大的勝利是希臘人對亞洲人的勝利，在某種意義上說，也是希臘文明對波斯文明的勝利，但同時又是東西方文化的新的融合的開始，是一個新時代的開始。