亞曆山大城是按照希臘模式建的，同時也吸收了一些埃及的風格，如埃及神廟和埃及人居住區的建設等，這裏也透視出亞曆山大是要使他的帝國成為希臘文化的傳播者，而同時卻又能廣泛融合各地的傳統文化。他的這一想法，在當時是非常超前的、崇高的。
正在亞曆山大熱心於他的城市的建設時，有人從愛琴海來到埃及，向亞曆山大報告，愛琴海上的位於赫勒斯滂海峽附近的提尼多斯島的波斯守軍已起義投誠，米提利尼已被攻克，開俄斯島、累斯博斯島和科斯島也都歸順了馬其頓。馬其頓海軍已進駐各島，那裏已完全成了馬其頓的天下。被俘的幾個島的僭主和波斯占領軍的頭目也已押送到這裏，聽候亞曆山大處理。亞曆山大放了那幾個僭主，而把其他的人關押起來。
朝拜阿蒙神
現在埃及已被兵不血刃地占領了，愛琴海已成馬其頓一家的天下了，波斯海軍已被完全消滅了。亞曆山大城也正在興建中，在這裏該做的或計劃做的都已做了，該是去追擊大流士的時候了。但是像過去常有的情況一樣，亞曆山大的下一步行動又一次完全出人意料，他沒有發兵亞洲，而是去利比亞，去拜訪那裏的阿蒙神。他把建城的事交給哈巴魯斯，讓塞琉古留守，統領軍隊。他自己則帶領一支2000人的衛隊、10位考古學家和地理學家啟程去利比亞的阿蒙神廟，隨同的還有他的親信將領托勒密。
這座阿蒙神廟坐落在利比亞沙漠的錫瓦綠洲，在希臘人的心目中，這座神廟的地位僅次於底比斯的阿波羅神廟，而且，由於它遠離希臘，又在沙漠中，就更具神秘色彩。阿蒙的神諭具有神驗，無人懷疑。據說，希臘的柏修斯和大力神赫拉克勒斯都曾來到這裏問卜，而柏修斯和赫拉克勒斯卻又都是亞曆山大的祖先。這可能是亞曆山大此行的一個目的，去向阿蒙神問卜，問問自己的未來。亞曆山大認為阿蒙神也是自己的祖先，他可以祈求阿蒙神的護佑，使自己的未來的一切行動都披上神的意旨的外衣。當然，他此行也可贏得埃及人的好感，有利於他在埃及的統治。如果他能取得神廟祭司們的支持，他就成了埃及的合法統治者。他對能否以阿蒙神的名義統治埃及是很重視的，因為他知道，他雖然很輕易地就占領了埃及，但要有效地統治它卻是不容易的。
亞曆山大此行的另一目的可能是軍事性的，他沒有按慣常的路線，從孟菲斯出發，穿越沙漠，直奔阿蒙神廟。而是沿著海岸向西。顯然，亞曆山大是要借此行偵察沿海的情況，因為這裏的西端有希臘重鎮昔蘭尼，他要弄清楚昔蘭尼的態度，他要知道，在他離開埃及去追擊大流士時，埃及的這一邊會不會遭到攻擊。因此，亞曆山大一直沿海岸而行，大有直奔昔蘭尼之勢，直到碰到了昔蘭尼派出的使臣，並接受了使臣遞交的獻城降表，才離開海岸，前往沙漠。
亞曆山大的穿越沙漠之行是十分艱苦的，甚至可以說，是一次死亡之旅。波斯國王岡比西和他率領的波斯大軍就曾在這茫茫無境的沙漠裏全軍覆沒。亞曆山大一行進入沙漠不久，就迷失了方向，除了沙漠，一望無邊的沙漠，什麼都沒有。連向導都不知往哪裏走。白天，酷熱簡直使人無法忍受，火熱的陽光，滾燙的沙子，似乎要把人烤焦。晚上，嚴寒卻也使人禁受不起，刺骨的寒氣幾乎要把人凍僵。幹渴、勞累、饑餓、酷熱、嚴寒，馬疲、人乏，一些人倒下了，更要命的是，他們不知往哪裏走，不知那神秘的神廟還有多遠。一些人心生不滿了，他們不知為什麼要去那神廟，不知為什麼要這樣穿越沙漠去那神廟。這時，鼓勵他們前進的，也許就是他們的國王亞曆山大也和他們一樣在忍受這旅途之苦。為了充饑他們開始殺馬，馬殺完了，便開始殺駱駝。但他們仍不知往哪裏走，要走多遠。據阿裏安的書裏記述：當時，在他們前麵出現了兩條大毒蛇，並向他們發出聲音，亞曆山大便令向導跟著蛇走，最後，蛇把他們帶到了神廟那裏。但也有人說是兩隻烏鴉把亞曆山大引導到神廟的。撒哈拉沙漠中的錫瓦綠洲，這裏有阿蒙神的著名廟