舒爾哈齊在北京受到高規格接待，不按期回去，這讓敏感的努爾哈赤產生懷疑。他擔心，舒爾哈齊投靠了明政府，或者是明政府為了對付自己，在自己的圈子裏，扶持了舒爾哈齊。
舒爾哈齊回到建州之後，努爾哈赤依然沒有給他安排工作。舒爾哈齊意識到，跟這位不講道理的哥哥，說什麼都沒用。他不想成為建州的叛徒，不想見到滿洲人自相殘殺。於是，舒爾哈齊賭氣搬到黑扯木居住，遠離了努爾哈赤。
努爾哈赤下令，要舒爾哈齊馬上回到建州，態度異常強硬。舒爾哈齊對努爾哈赤的代表說，自己在建州一不能帶兵，二不能從政，已經是多餘的人。既然是多餘的人，就沒有必要再回到建州。
舒爾哈齊這樣說，目的是想提醒哥哥，要他回去也不難，但一定得恢複他的名譽，給他應有的權力和地位。現在滿洲強大了，日子好過了，但也不能把他當作磚頭，想擺在哪裏就擺在哪裏。
舒爾哈齊不在努爾哈赤的視線之內，更讓努爾哈赤寢食難安。舒爾哈齊就像一根魚刺，紮在努爾哈赤的喉嚨裏，必須馬上動手術拔掉。
舒爾哈齊是建州圈子裏的二把手，在圈裏圈外有一定的影響力，不能說殺就殺的。怎麼辦？
殺，肯定不可行。放在外麵任其活動，也不可行。
努爾哈赤不想再偽裝了，下令逮捕舒爾哈齊在建州的兩個兒子，阿爾通阿和紮薩克圖，殺之，並沒收舒爾哈齊在建州的家產，燒死他的親信武爾坤。
於是，努爾哈赤不敢貿然派人到黑扯木抓舒爾哈齊，擔心他會轉投他處。他給舒爾哈齊寫了一封信，在信中，他回憶了往昔兄弟倆的崢嶸歲月，又分析了兩個人的矛盾根源。最後，他說他的新宅已經建成，希望兄弟過來看看，喝頓酒，好好談一談。
舒爾哈齊看到努爾哈赤的親筆信，老淚縱橫。他對哥哥的要求不高，隻要求哥哥理解、信任、支持他，他甘願做哥哥成就大業的好幫手。
兄弟倆如約見麵。舒爾哈齊利用這次機會，闡明了他的立場和觀點，提出他認為並不過分的要求。
努爾哈赤相信舒爾哈齊對滿洲、對自己的忠誠。但是，這位可憐、善良弟弟，錯就錯在對哥哥的事兒知道得太多。
努爾哈赤秘密逮捕了舒爾哈齊，把他關在秘密的地方，一直關到1611年8月19日。
那一天，舒爾哈齊去世。
在逮捕舒爾哈齊的同時，努爾哈赤就派人去請常書和納齊布，說舒爾哈齊從黑扯木過來了，要他們速來自己的新居，一起喝酒。
常書和納布齊聽說舒爾哈齊歸來，很是高興，急忙趕過來。當他們走到努爾哈赤家門口的時候，就被埋伏的甲士攔腰斬殺。
努爾哈赤這樣處理忠誠的弟弟，內心是有愧疚的。為了減輕自己的愧疚感，他把舒爾哈齊的兒子阿敏過繼到自己的膝下，當親兒子培養，並把舒爾哈齊在建州的股份一分為二，分給阿敏和代善。
努爾哈赤用卑鄙的伎倆，除掉了他的心腹大患，成為建州圈子裏不可爭議的一哥。就在他向自己的權力顛峰邁進時，圈子裏另一個二把手，又成了他的心病。