火起後，警察總監吳炳湘、步軍統領李長泰率大批軍警趕到，逮捕了未及走脫的32名學生。在五四風暴麵前。北京政府慌作一團。當晚，國務總理錢能訓在家中召開了閣員緊急會議，研究對付學生的辦法。雖然反動派對學生的愛國舉動恨之入骨，但在鎮壓學生運動的具體措施上卻存在著分歧：操實權的段祺瑞、徐樹錚、段芝貴及曹汝霖、陸宗輿等人，力主嚴厲鎮壓；總統徐世昌、教育部長傅增湘等無實權人物，則反對操之過急，主張采取懷柔和軟化政策。因此，在處理被捕學生的問題上，司法、憲警當局意見並不一致。
同一天晚上，各校學生也在召開大會，討論營救被捕同學和繼續堅持鬥爭等問題。蔡元培參加了北大學生大會。出於同情之心，他表示自己可以負責營救被捕學生；同時，勸告學生照常上課，不要再繼續開會。然而，愛國學生卻一致主張，組織起來，實行罷課，並在當晚成立了北大學生幹事會。
5月5日，北京各大專學校實行總罷課，通電各方，請求支援。下午，各校學生在北大法科召開了全體聯合大會，討論營救被捕同學。北京十幾所學校校長也出席了大會，並組成了以蔡元培為首的校長團，準備營救被捕學生。次日，北京中等以上學校學生聯合會宣告成立，學生運動在組織上更趨統一。學生的愛國要求，得到了社會各階層人士的普遍同情和支持。各校教職員和一些社會人士紛紛向政府呼籲，請求釋放被捕學生。甚至連安福國會某些議員，也表示彈劾政府。
在巨大的社會輿論壓力下，北京政府鑒於五七國恥臨近，難保不造成“絕大風潮”，為“彌患於無形”，不得不“息事寧人”。經蔡元培等的交涉，5月7日，有條件地釋放了被捕學生。但是，表麵上的緩和隻能是短暫的。5月6日，徐世昌在大總統訓令中聲稱：“倘再借名糾眾，擾亂秩序，不服彈壓者，著即依法逮捕懲辦，勿稍疏弛。”【《五四愛國運動檔案資料》，中國社會科學出版社1980年版，第184頁。】次日，北京政府又出動大批巡警、馬隊、步隊、強行解散了原定在中央公園召開的國民大會。
由於北大是新文化運動的中心，五四示威遊行的策源地，反動當局對蔡元培校長極為不滿。加之蔡對學生深表同情的支持，又多方奔走營救被捕學生，更使當局難以容忍。五四晚間的內閣緊急會議上，已有人主張撤銷蔡的校長職務。不久，當局即內定，以馬其昶取代蔡元培，出長北大。被捕學生獲釋後，蔡已準備了辭呈。9日晨，他秘密離京，經天津南下滬杭暫住。
蔡元培因同情學生而被逼出走之事，震動了北京教育界。北大學生一麵上書教育部，要求“萬勿允許辭職，以維校務而平輿情”。【上海《民國日報》1919年5月13日。】一麵通電上海各報社及有關團體，請協助挽蔡。北大教職員也召開挽蔡大會，推選馬敘倫、馬寅初、李大釗、沈士遠等為代表，麵見教育總長傅增湘，要其設法挽蔡。5月11日，北京專門以上學校教職員聯合會成立，教職員一致簽名要求挽蔡。13日，北京各大學校長一致提出辭呈，以示與蔡元培共去留。北大學生則決定以全體罷課相抗爭。這時，全國各地要求挽留蔡元培的電函，紛至遝來。上海學生聯合會更發表宣言，限北京政府於一周內，“作正當明確之表示”，否則“誓籌最後之對付”。【《民國日報》1919年5月15日。】
經過各方麵的鬥爭，北京政府隻好作出讓步，5月14日，徐世昌以大總統名義，下令慰留蔡元培。後經廣大師生的懇請和各界人士的勸說，蔡於7月9日複電放棄辭職，9月返京，繼續主持校務。
北京政府在明令挽蔡的同時，也下令挽留假意辭職的曹汝霖、陸宗輿，並殺氣騰騰地恐嚇愛國學生。這表明反動政府絲毫也沒有改變庇護賣國賊、鎮壓愛國運動的立場。同情蔡元培的傅增湘，於5月15日被明令免職。而安福係的政客們又在大肆活動，妄圖乘機壟斷教育機關。這一切，進一步激怒了廣大師生。北京中等以上學校學生聯合會，經多次醞釀，決定於19日實行總罷課。
罷課開始後，規模便越來越大。學生們提出了內政外交等方麵的六項要求，並普遍建立起“十人團”，開展大規模的講演和提倡國貨低製日貨的活動，又出版發行《五七日刊》以擴大宣傳。許多學校還組織了護魯義勇隊，積極進行軍事訓練。
五四運動期間，新型知識分子發揮了巨大作用，李大釗、陳獨秀等人的表現尤為突出。五四前夕，李大釗在《晨報》副刊“勞動節紀念專號”上發表了《五一節 May
Day雜感》，提出了“直接行動(Direct
Action)的思想。通過學校報刊、社團的活動，他聯係了一批愛國知識分子。這些都為五四運動作了思想上的準備。5月18日，李大釗在《每周評論》上發表了《秘密外交與強盜世界》一文，深刻揭露了帝國主義的侵略本質，提出了“改造強盜世界，不認秘密外交，實行民族自決”三大信誓，號召人們“把這強盜世界推翻”！六三以後，他又與陳獨秀等人進一步提出對北京政權進行“根本之改造”，並參與散發《北京市民宣言》的活動，有力地推動了五四運動的向前發展。陳獨秀在巴黎和會之前，曾對威爾遜抱有幻想。隨著和會上中國外交的失敗，他的思想也發生了急劇變化。五四運動爆發後，他以如椽之筆，寫出了一篇篇振聾發聵的警世雄文，揭露日本帝國主義和軍閥政府的罪行，熱情支持群眾的愛國行動。他曾起草、散發《北京市民宣言》，並為此而被捕入獄。他所提出的許多主張，如“強力擁護公理”、“平民征服政府”、“唯有直接行動，以圖根本改造”等，對五四運動的發展，具有直接的指導意義，也使他獲得了“五四運動時期的總司令”的美稱。
五四運動爆發的消息迅速傳開，全國各地紛起響應，各界成員競相參加，愛國勢潮迅速速卷全國。山東人民首當魯案之衝，有切膚之痛，鬥爭非常積極。5月5日，濟南各校學生紛紛組織團體，上街宣傳。7日，山東各界在省議會召開國恥紀念會，討論了罷課、罷市和抵製日貨等問題。不久，成立了全省學生聯合會。5月23日，濟南中等以上學校學生舉行總罷課。天津學生於5月7日舉行了示威遊行；隨後，成立了天津學生聯合會。大批學生走上街頭，發表演講、宣傳抵製日貨。23日，天津15所大中學校學生一律罷課。在上海，5月9日，舉行兩萬多人參加的國民大會，並遊行示威。11日，上海學生聯合會成立。26日，中等以上學校學生近2萬人全體罷課。5月9日，湖北武昌各校學生代表集議，致電北京同學，以示聲援。17日，成立了中等以上學校學生聯合會；次日3000多名學生上街遊行。6月1日，學生罷課，並上街講演，卻遭到反動軍閥的殘酷鎮壓。10日後，武漢三鎮相繼罷市，工人罷工事件也接連不斷發生。長沙各校學生在5月7日舉行了示威遊行，召開了國恥紀念大會，向人民廣泛宣傳愛國思想。6月3日，湖南學生聯合會成立，長沙及省內許多地方紛紛罷課。7月9日，湖南各屆聯合會成立，領導人民展開驅逐軍閥張敬堯的鬥爭。陝西雖僻處西北，消息閉塞，但在北京學生遊行的消息傳來後，西安中等以上學校學生代表舉行了聯席會議，決定以全體罷課、示威遊行來抗議政府的倒行逆施，並組織講演團，向商人、市民宣傳抵製日貨勸用國貨。5月下旬，西安學生原計劃的示威大遊行雖因故未能舉行，但不久即成立了陝西省學生聯合會，並出版會刊，報道省內及全國學運情況。30日，陝西學界通電全國，表示“寧可蹈海而亡身，誓不願棄地以資敵。”【《申報》1919年6月7日。】6月16日，各界人士在高陵縣舉行了西北救國會成立大會，並在會後列隊遊行。廣州、南京、蘇州、杭州、安慶、南昌、開封等地學生都舉行了罷課、遊行、講演等活動。在法國、日本等國深造的中國留學生也開展了各種愛國活動。
三、從六三到六二八
北京學生總罷課後，反動政府一方麵采用禁止學生舉行會議、檢查新聞、查封報館等野蠻、卑鄙的手段來破壞學生運動，另一方麵又對學生進行分化、瓦解活動。5月底，教育部宣布各校停課，提前放假，規定應屆畢業生照常舉行畢業考試。政府又利用部分學生顧慮個人前程和貪圖功名富貴的弱點，以便達到“考者考，回者回”和“有途自效”則“狂熱潛消”，從而瓦解愛國運動的目的。這樣，北京的學運一度轉入低潮，部分學生與罷課“漸漸分攜”，退出了運動，但大多數學生仍在繼續堅持。
6月1日，北京政府連下兩道命令，其一為曹、章、陸等賣國賊辯護；其二則要求學生立即複課，並誣蔑學生“縱火傷人”、“舉動越軌”。兩令對照，賣國有功，愛國有罪，學生們氣憤填膺。3日，學生大批湧上街頭，進行講演，結果被軍警捕去178人。次日，學生加倍出動，堅持講演，又被捕700餘人。北大法科、馬神廟理科校舍竟被辟為臨時監獄。5日晨，北京中等以上學校學生聯合會向全國各界發表《宣言》，痛斥反動政府的殘暴行徑。上午，5000多名學生再次上街講演，群情更為激昂，許多人背著行李，帶著牙刷、牙粉、麵包等，準備隨時坐監入獄。這時，上海“三罷”的消息已經傳來，北京政府唯恐風潮愈鬧愈大，隻好作出讓步。因此，當2000多名學生轟聲如雷齊奔北大法科，要求軍警將他們一同拘捕時，反動政府隻得撤走軍警，釋放了學生。
五四運動中，青年學生作為主力軍充分發揮了他們的先鋒和橋梁作用，以其高昂的愛國呼聲，奏出了五四交響樂的主旋律。不過單純的學生運動，其威力、效果和影響畢竟有限，隻有到六三以後，工學商農各界聯合行動，才把這場波瀾壯闊的愛國運動推到了高潮。所以，六三以後，五四運動便發展到了一個新階段，運動的中心由北京轉移到上海，運動的主力在學生之外，增添了工人階級這一支生力軍。市民、商人、農界等的加入，使愛國運動超出了知識分子範圍，具有了廣闊的深厚的社會基礎。
五四運動爆發後，上海各階層人民立即響應。當北京大逮捕的消息傳來後，上海學校發電呼籲各界“速起援救”。6月5日，日本內外棉第三、第四、第五紗廠的工人，首先罷工。接著，日華紗廠、上海紗廠、商務印書館、中華書局的工人及碼頭工人，滬寧、杭甬兩路部分工人也舉行罷工。在學生的誠懇要求和廣大店員的支持下，各商號也陸續罷工。上海大中學生、高等小學以至國民小學學生亦一律罷課，從而形成聲勢浩大的上海“三罷”運動。6日，上海交通運輸、鋼鐵、自來水、船舶、電器、煙草、印刷、清潔等行業工人和司機、水手紛紛罷工。至10日，罷工進入最高潮，上海市內外，海陸交通均已斷絕；電話公司、電燈、火柴、榨油廠的工人也舉行了罷工。“三罷”期間，工人階級覺悟有了迅速提高，表現出高度自覺的愛國主義精神。他們發文告、散傳單、遊行示威，以“格政府之心，救滅亡之禍”【《新聞報》1919年6月7日。】。堅決要求“斥退”並“永不起用”曹、章、陸等賣國賊，甚至提出，若政府拒不答應各項愛國要求，則“通告中外，不承認賣國政府”；並表示，無論南北軍隊，如有“起而討賊，工界……願盡義務，當兵作工”【《五四愛國運動資料》，第375頁。】。在罷工鬥爭中，傳統的行會幫口觀念受到了有力的衝擊，各行業的總同盟罷工，充分顯示了工人階級反帝、反封建的堅決性和徹底性。