此後左宗棠在出任陝甘總督過湖北遇見曾國藩的弟弟曾國荃時，曾談到他和曾國藩絕交的原因，說過錯在曾文正者七八，而己亦居其二三。這話不無道理，曾國藩太看重自己的名聲，而左宗棠一貫語無遮攔，這是他們關係破裂的根由。但同為一代名臣，終不會因恩怨而在公務上掣肘對方。左宗棠督陝甘建功西域時，對友人說：“我和曾國藩不和，如今他總督兩江，恐他在餉源上卡我脖子，壞了我的功業。”然而曾國藩為左宗棠西征籌餉，始終不遺餘力，而且推薦自己最得力的湘軍將領劉鬆山隨之西征，左宗棠在陝甘新疆建功立業皆賴此軍。因此後人評論說：文襄之功，文正實助成也。說得不無道理。而左宗棠始終不承認這一點。他每每和部下聊起來，必罵曾國藩。而諸將多為曾國藩舊部，聽了自然不舒服，出來後都憤憤地說：“你個人和老曾不睦，跟我們囉唆這些幹什麼，耳朵都被磨出繭子了！聽了半天，也沒覺得你有什麼理，根本不能自圓其說。”
曾國藩在以後的所作所為上顯然要比左宗棠顯得更大度一些。曾國藩去世前不久，左宗棠將要西征，曾國藩與常州呂庭芷之間有一段對話，曾說：“你對左宗棠怎麼看？平心論之。”呂答：“他處事之精詳，律身之艱苦，體國之公忠，竊謂左公之所為，今日朝廷無兩矣。”這時曾國藩擊案起身，雙目放光地大聲說：“誠然！此時西陲之任，倘左君一旦舍去，無論我不能為之繼，即起胡文忠於九泉恐亦不能為之繼之。君謂之朝端無兩，我以為天下第一耳！”
左宗棠一生最大的貢獻就是收複新疆。在晚清名臣皆是“內戰內行，外戰外行”的情況下，他率軍抵抗外敵，收複新疆，為晚清腐敗政治中唯一的亮點，也為中國保住了一百幾十萬平方公裏的國土。因此，梁啟超先生說左宗棠為“五百年來第一偉人”！這也是左宗棠至今仍享有崇高威望，為後人緬懷的主要原因。《阿古柏伯克傳》的作者包羅傑說：“中國收複新疆，毫無疑義，是一件近五十年中在亞洲發生過的最值得注意的事件，同時這是一個多世紀以前乾隆出兵這個地區以來，一支由中國人領導的中國軍隊所曾取得的最光輝的成就。”
而左宗棠平定新疆後，清廷擬封左宗棠一等公爵。慈禧太後認為從前曾國藩克複金陵，僅獲封侯。左宗棠是曾國藩所推薦的；而左宗棠在新疆建功所依靠的將領劉鬆山和湘軍又是曾國藩所派遣的，假如左宗棠封了公爵，那麼朝廷對曾國藩就太薄了。於是封左宗棠一等恪靖伯晉二等侯，以示稍亞於曾國藩。所以，左宗棠在晚年，更不滿於曾國藩，逢人便罵曾國藩，經常是喋喋不休。
當1872年曾國藩離世時，人們紛紛猜測左宗棠可能不會致祭時，左宗棠卻送來了他的挽聯：“知人之明，謀國之忠，自愧不如元輔；同心若金，攻錯若石，相期無負平生。”這是左宗棠對曾國藩和他們兩人關係由衷而做的評價。
在西北軍營中，一日晚餐後，與幕賓閑談，左宗棠說：“人們都說曾左，為何不說左曾呢？”眾人均無言以對。忽然一少年狂士起身答道：“曾國藩心目中時刻有左宗棠，而左宗棠心目中從來無曾國藩，隻此一點，即知天下人何以說曾左而非左曾了！”舉座大驚。左公起身拱手謝道：“先生之言是也，曾公生前，我常輕之，曾公死後，我極重之。”曾公生前，左常輕之，有一副曾、左合作的對聯為證：曾出上聯——“季子敢言高，任不在朝，隱不在山，與吾意見常相左！”（嵌入左季高即左宗棠名字）左對下聯，“藩臣當衛國，近不能戰，退不能守，問君經濟有何曾？”（亦巧嵌入曾國藩）
曾公死後，左極重之，其對曾國藩評價甚高的挽聯即可說明之。1872年4月14日，左宗棠在給兒子的家書中說：“曾侯（曾國藩）的逝去，我非常之悲痛。從前我與曾國藩彼此之間的爭論，可以說是除去世事的變化，一點也沒有待人處世寓於心機的意思，在這感情悲傷沒有閑暇的時候，還有理由與他負氣嗎？‘知人之明，謀國之忠’兩句話也久見於我寫給朝廷的奏章中，並非我從前對他詆毀今天對他讚譽，孩兒你應當知道我的心思。我與曾國藩所爭的是有關軍國大計方麵不同的意見，而不是爭權競勢所能比的。對那些心術不正妄加評論之詞，何不一笑置之呢？”
然而對曾國藩的評價一事上，左宗棠卻像個孩子似的出爾反爾。薛福成長期在曾國藩手下做幕僚，他記述了曾國藩去世後左宗棠的一些意氣事。
據薛福成記載，曾國藩病逝後，左宗棠對死去的曾國藩依然耿耿於懷，隻要有機會就不忘貶之。左宗棠收複新疆後，奉旨入京任軍機大臣兼在總理衙門行走，管理兵部事務時，沿途官員設宴迎送，回來後都說，左宗棠在席上喋喋不休，不外兩件事：一是自己如何平定新疆叛亂，一是痛罵曾國藩。實在是煩人。1881年夏，左宗棠調任兩江總督，官府設在南京，官員去晉見他，出來後搖頭不迭，同樣是被左宗棠的聒噪困擾。江蘇鄉紳潘季玉，以地方上的公事到南京，回來對人說，我拜見老大人後，寒暄了沒幾句，他就把話頭引到西征事上，滔滔不絕，我根本插不上嘴。接下來，就是罵曾文正公，罵得一塌糊塗。我還沒來得及稟報下情，差役看時候不早，遞給老大人一杯茶，就端茶送客了。第二天，潘季玉再次到都督府，剛一坐定，左宗棠即大罵曾國藩，一直罵到終席，妙語連珠，冷嘲熱諷，潘季玉隻好撤回。數日後，又去拜見，左宗棠又是先罵曾國藩，再講西征平叛，連帶著把李鴻章也罵了。後來雙方起立告別，潘季玉想插嘴請示一下地方上的事，沒想到話頭又被左宗棠引到西征上，嚇得潘季玉趕緊跑出來，再也不敢抱彙報下情的想法了。
晚年的左宗棠逢人便講西征、罵曾國藩，群僚皆以為苦，頗有怨言。這也是左宗棠被人廣為詬病之處。然瑕不掩瑜，左宗棠從一介布衣到一品大員，從窮酸書生到柱國奇才的傳奇人生，在清末曆史上留下了光彩的一筆。