皇太極早就到困獸猶鬥的軍必會冒死一搏，尤二十一日白，清軍打退軍二全力突圍後。綜軍大營內的異調動以掌握的軍存糧況，皇太極滿有信心地對清軍眾將說“今夜敵必遁”。皇太極為強了塔山、杏山方的兵力署，專截殺軍。鑒於軍突圍倉促，行動剛剛開始即“兵散亂，黑夜難認”能“且戰且闖”，慌亂中弓甲大批輜也被棄於遍野。當軍突圍至尖山、石灰窯一帶時，早已枕戈待旦埋伏許久的清軍猛驟肆砍殺軍，同時清軍追兵也從軍後方殺來。於欠缺統一指揮和協同配混亂不堪的軍難以組織有效抵禦，結被早有準備的清軍殺大敗。軍全軍潰散屍橫遍野，除分脫，大軍潰兵被堵後追的清軍驅趕至海邊。在後隊對隊的複擁擠下大軍官兵被擠入海中，海岸有地勢全為清軍占據而過擁擠的軍又無上岸複戰。時值大潮海水滔入海必死無疑，被逼入絕境的廣大軍將士仍舊現出令人敬佩的民族氣節，不願投降願蹈海赴死的軍官兵達數萬眾。據朝鮮《沈館錄》記載，擁擠踏海的軍將士“視死如歸，鮮有乞降。擁荷將，立於海中，伸臂冀蔽，俾不中箭，不失敬禮，死而後已”。《清太宗實錄》亦記載，“彌山遍野，自杏山迤南，沿海至塔山一，赴海死不可勝計”，“棄馬匹、甲胄以數萬計，海中浮屍漂蕩多如雁鶩”。
隨洪承疇出征的諸官將中，遼東總兵王廷臣、東協總兵曹變蛟和遼東巡撫丘民仰沒有隨眾出逃，他們繼續留駐鬆山城。軍主帥洪承疇突圍不成也退返鬆山，會同王廷臣、曹變蛟和丘民仰同守孤城。而突圍軍中除大被清軍伏殲踏海覆亡，仍有分以成功逃脫。這中總兵吳桂、王樸逃入杏山城，總兵馬科、李輔奔入塔山城，而監軍張若麒、馬紹愉則海上乘漁舟逃回寧遠。經過一夜圍追堵截殲滅軍主力後，已經穩操勝券的皇太極又於二十二日，率軍鬆山進逼駐營於僅距鬆山、裏處，剛於軍炮火射。不免有輕敵大的皇太極認為軍已遭創難以再有動作。不二十二日夜，素以“驍勇過人”、“勇冠諸軍”著稱的東協總兵曹變蛟，率人馬兵分兩突闖圍衝營。曹變蛟衝鋒為清軍打退，曹變蛟仍不氣餒再率兵猛衝竟進襲至皇太極的中軍禦營，軍箭矢一射到皇太極中軍大纛上。為保聖駕皇太極的禦侍衛們發瘋似與軍搏殺，隨著大批清軍蜂擁而至，勢孤力窮的軍到底還是被打退回。可脫離險境的皇太極仍被驚出一身冷汗急忙將中軍後撤裏許，隨後皇太極龍顏震怒，以“不捍漢兵”的罪名將守衛大營的清軍將領斬殺，同時懲處幾百名護守不力的官兵。而皇太極不以失為，他繼續指揮清軍圍剿追殲軍潰殘兵。吳桂、王樸率剩人馬逃至杏山後，認為杏山城過小不足據守便再撤至城堅糧足的寧遠。皇太極算準了吳桂、王樸定會往寧遠逃，遂多鐸率兵伏於半途。二十六日，吳桂、王樸行至高橋時再遭清軍伏擊。清軍麵殺出將吳、王兩軍團團圍住，時軍早已奪氣喪膽哪還能是清軍對手，後吳桂、王樸二人僅以身免官兵全軍覆沒。至鬆錦大戰二階段結束，該階段軍損失慘。據《清太宗實錄》記載，不計踏海溺死的數萬軍，清軍陣斬軍萬千七百八十。十萬援錦軍中約有將近兩萬將士退守鬆山，另有兩萬潰兵成功逃回寧遠，餘九萬餘官兵俱戰歿。
隨著朝援錦大軍慘敗於鬆山，朝實上已再無力鬆錦方施以任何實際救援。朝曾順巡撫楊繩武、兵侍郎範誌完率軍赴鬆山圍，可援軍盡皆怯戰膽寒俱“斂兵不敢出”。任憑洪承疇在鬆山望穿眼也沒見到一個援兵影子，觀清軍野戰獲勝後，日益收緊對鬆山、錦州、杏山城的圍困。鬆錦大戰進入階段，也是後的奪城階段。
於清軍奪取了軍大批糧草，到資保障的皇太極可以全無顧慮地繼續圍困鬆山、錦州、杏山座孤城。城中首要圍困目標即是洪承疇據守的鬆山城，鬆山城內人多糧少處境萬分艱難。連朝自己認為，“米糧有限，主客聚食，月後，恐不可支”，“鬆山城內，兩萬士卒，堅守時間，不能久待——非餓死，則殺死”。半年時間裏洪承疇先後組織軍突圍，可鬆山城被圍水泄不軍又哪能突出，結被清軍無擋了回來。隨著時間推移鬆山城內糧食越來越少，初上至洪承疇眾官將下至士卒，每人每尚還能發一碗米腹，到入冬時就能每人發一碗米了。再後來“轉餉絕，闔城食盡”城內軍能殺馬充饑，甚至出現“人皆食”的恐怖景。待至崇禎十年（元1642年）二月，時鬆山城內軍已到了“欲戰則力不支，欲守則糧已竭，欲遁又未敢成隊而出”的地步。眼人一見便軍敗局已定，整座鬆山城完全籠罩在垂死絕望的陰森氣氛中。不甘束手待斃的鬆山副將夏承德遣人密約降清，約定二月二十八日夜應清軍登城。在夏承德內應下清軍順地鬆山南城牆登梯而入，至日清晨，鬆山城失陷。洪承疇巡撫丘民仰、總兵王廷、曹變蛟，還有祖大壽的堂弟祖大樂俱為夏承德叛軍擒獲獻俘於清軍。返回盛京的皇太極況即將洪承疇、祖大樂往盛京，餘拒不投降的巡撫丘民仰、總兵曹變蛟、總兵王廷臣官將百餘人，連同士兵千餘人悉數處斬。獻城歸降有功叛將夏承德下屬共千一百餘皆獲免死。而後皇太極又下令，將陷落的鬆山城“毀如地”。